PDB-3t4s: Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with kinetin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t4s

タイトル

Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with kinetin

要素

Histidine kinase 4

キーワード

hormone receptor / sensor histidine kinase / PAS domain / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hothorn, M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for cytokinin recognition by Arabidopsis thaliana histidine kinase 4.
著者: Hothorn, M. / Dabi, T. / Chory, J.

履歴

登録	2011年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t4s.cif.gz	254.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t4s.ent.gz	207.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t4s_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t4s_full_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示
XML形式データ	3t4s_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	3t4s_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t4jSC 3t4kC 3t4lC 3t4oC 3t4qC 3t4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t4t-d 3t4o-d 3t4j-d 3t4q-d 3t4l-d 3t4k-d 5fh6-d 4r3a-d 2ewm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (13)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (8)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine kinase 4

B: Histidine kinase 4

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.860, 59.860, 297.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-108- HOH

#1: タンパク質	Histidine kinase 4 / Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / ...Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / Cytokinin receptor CRE1 / Phosphoprotein phosphatase AHK4 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 4 / Protein ROOT AS IN WOL 1 / Protein WOODEN LEG 分子量: 30735.533 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 149-418 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AHK4, At2g01830, CRE1, RAW1, T23K3.2, WOL / プラスミド: pMH-HSsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) 参照: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-H35 / N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE / カイネチン分子量: 215.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉N₅O / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 3,350, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→19.59 Å / Num. all: 83408 / Num. obs: 83408 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 25.59
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 6057 / R_sym value: 0.819 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T4J

3t4j

解像度: 1.6→19.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.473 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19952	4185	5 %	RANDOM
R_work	0.17769	-	-	-
all	0.17879	79213	-	-
obs	0.17879	79213	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0.4 Å²	0 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4205	0	39	549	4793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.958	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.912	3	7552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.423	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.487	23.586	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.507	15	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.075	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	1.5	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.213	1.5	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.234	2	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.996	3	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.144	4.5	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	345	-
R_work	0.275	5668	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9323	0.8161	-4.7316	14.3546	-0.8522	7.9296	-0.0984	-1.5228	-0.0905	1.9154	0.1152	-0.2869	0.061	2.3021	-0.0168	0.4588	-0.027	-0.046	1.1056	0.1399	0.1953	-4.4227	6.5715	66.2369
2	0.1029	0.0531	-0.8138	0.0975	-1.3734	21.7833	-0.0432	-0.1027	-0.032	0.0094	-0.0215	0.0103	0.3487	-0.114	0.0647	0.1282	-0.0446	0.0154	0.2316	0.0478	0.1539	-5.2304	9.8322	35.3936
3	2.2762	0.3926	0.4379	1.254	0.0217	1.4656	0.0935	-0.0865	0.1107	-0.0362	-0.0951	0.0657	-0.0697	-0.2291	0.0016	0.0507	0.036	0.0044	0.1624	0.0268	0.1292	-3.5408	19.4745	15.731
4	4.0115	-0.8554	0.4979	4.9113	0.2621	11.9123	0.0188	0.0411	0.2288	-0.1096	-0.1048	-0.0401	-0.6385	0.136	0.0861	0.1091	0.0226	0.0273	0.1184	0.0407	0.1696	10.7154	29.5053	10.7514
5	2.6379	0.1736	-0.4112	2.3436	0.5402	2.2283	0.0227	-0.1267	0.1795	0.1951	-0.0319	-0.1976	-0.2113	0.1213	0.0092	0.061	0.0107	0.0002	0.1569	0.0249	0.1046	10.3658	22.1892	20.0244
6	2.2618	-0.9913	-1.6184	3.0091	2.2916	5.2219	0.0561	0.0093	-0.1442	0.2441	-0.1203	0.1034	0.2113	-0.0844	0.0642	0.0346	0.0072	0.0056	0.1455	0.0683	0.1285	7.0996	13.2558	22.5372
7	10.1345	7.0254	-13.2859	5.4096	-8.9913	17.5184	0.4191	0.1263	0.4188	0.3596	0.0571	0.3892	-0.5125	-0.2241	-0.4763	0.209	-0.0257	0.0615	0.3105	0.0139	0.2239	-6.3271	20.9351	44.3391
8	8.3044	-2.3536	-4.9843	3.9842	2.5049	6.3448	0.0436	-0.4804	0.3729	0.2661	0.0554	-0.2547	-0.0412	0.466	-0.099	0.2033	-0.0307	-0.0126	0.3188	0.0464	0.1673	7.777	15.5652	45.7426
9	23.8903	-38.5812	30.4135	79.7038	-42.3415	41.6972	-0.2297	0.267	0.6521	-0.7217	0.5822	-2.4178	-1.0524	0.7652	-0.3525	0.6422	-0.4038	0.381	1.1784	0.0108	1.6909	5.8693	17.9828	59.3535
10	4.2052	-0.6421	-5.0395	1.1823	0.6599	11.0474	-0.0304	-0.4153	-0.1339	0.2522	-0.0854	-0.1095	0.4109	0.3649	0.1158	0.1466	-0.0116	-0.0044	0.2882	0.0826	0.1629	4.8953	9.4119	45.2097
11	5.2865	-0.0409	0.4715	7.1503	-4.6544	14.1708	0.0561	-0.5514	-0.3004	0.4791	0.0665	0.2664	0.3218	-0.053	-0.1226	0.1985	0.0275	-0.0254	0.2706	0.0448	0.164	-16.4761	-11.7365	52.7108
12	0.2339	-0.5681	0.398	10.7158	-11.8241	13.3237	-0.0903	-0.076	0.011	0.312	-0.132	-0.2263	-0.2224	0.2476	0.2223	0.1277	-0.0066	-0.0463	0.2531	0.0256	0.1326	-16.2877	4.3873	30.2546
13	3.773	0.3717	-0.1991	3.0333	-0.0965	2.5471	0.1205	0.1132	0.023	-0.1456	-0.1685	-0.174	-0.0394	0.0665	0.048	0.0187	0.0305	-0.0074	0.1919	0.0328	0.1014	-15.9789	9.9968	12.7128
14	5.2977	-0.2522	0.3112	6.9889	0.1248	6.4838	-0.0741	0.4	0.1844	-0.6227	0.0884	-0.109	-0.0671	0.1612	-0.0142	0.0808	0.0428	-0.0222	0.2599	0.0011	0.0958	-32.2421	8.6908	1.3971
15	5.4683	-0.0544	2.1206	1.684	-0.7093	1.5607	0.1448	0.1618	-0.4035	-0.0865	-0.06	0.0296	0.2529	-0.0453	-0.0849	0.0924	0.0226	0.0085	0.2524	0.0064	0.1086	-30.4947	2.3874	8.3712
16	2.3475	-1.4884	0.5292	3.9147	-1.4127	2.3112	-0.0096	-0.0989	0.0929	0.2898	-0.0142	-0.0196	-0.0277	0.0497	0.0238	0.0387	0.0099	-0.0186	0.232	0.0149	0.0858	-28.631	6.9609	22.0102
17	4.8142	-1.7412	1.6035	2.9921	-0.4993	2.7831	0.0663	-0.025	-0.5577	0.2822	0.0647	0.3273	0.3055	-0.1265	-0.131	0.2471	0.0167	-0.0134	0.262	0.0399	0.2094	-26.5809	-9.9236	38.1692
18	2.0163	-0.9806	1.5946	2.2385	-1.2552	4.3918	-0.1222	-0.2122	-0.0816	0.5167	0.168	0.0651	-0.1949	-0.185	-0.0458	0.1269	0.0282	0.0029	0.2591	0.0509	0.1506	-26.4315	-2.4947	37.4087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	127 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	229 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 325
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	326 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	340 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	364 - 369
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	370 - 393
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	128 - 144
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	145 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	167 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	207 - 227
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	228 - 259
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	260 - 333
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	334 - 373
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	374 - 393

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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