PDB-3t4k: Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with N-be...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t4k

タイトル

Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with N-benzyladenine

要素

Histidine kinase 4

キーワード

hormone receptor / sensor histidine kinase / PAS domain / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Hothorn, M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for cytokinin recognition by Arabidopsis thaliana histidine kinase 4.
著者: Hothorn, M. / Dabi, T. / Chory, J.

履歴

登録	2011年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3t4k.ent.gz	206.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t4k_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t4k_full_validation.pdf.gz	470.5 KB	表示
XML形式データ	3t4k_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	3t4k_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t4jSC 3t4lC 3t4oC 3t4qC 3t4sC 3t4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t4l-d 3t4o-d 3t4t-d 3t4j-d 3t4q-d 3t4s-d 6sge-d 2r9g-2 2ew8-d 5v9p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (13)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (8)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine kinase 4

B: Histidine kinase 4

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.140, 60.140, 297.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Histidine kinase 4 / Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / ...Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / Cytokinin receptor CRE1 / Phosphoprotein phosphatase AHK4 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 4 / Protein ROOT AS IN WOL 1 / Protein WOODEN LEG 分子量: 30735.533 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 149-418 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AHK4, At2g01830, CRE1, RAW1, T23K3.2, WOL / プラスミド: pMH-HSsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) 参照: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-EMU / N-BENZYL-9H-PURIN-6-AMINE / BENZYLAMINOPURINE / ベンジルアデニン分子量: 225.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁N₅ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 3,350, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→46.11 Å / Num. all: 62050 / Num. obs: 62050 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 17.02
反射シェル	解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4122 / R_sym value: 0.495 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T4J

3t4j

解像度: 1.77→46.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.559 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20963	3107	5 %	RANDOM
R_work	0.18004	-	-	-
all	0.18154	58941	-	-
obs	0.18154	58941	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.828 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0.42 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4226	0	41	514	4781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.957	6185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.657	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.62	23.64	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.132	15	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.199	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.674	1.5	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	1.5	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.158	2	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.836	3	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.909	4.5	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	200	-
R_work	0.25	3902	-
obs	-	-	91.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8477	6.0808	0.6865	20.7923	-5.2634	6.0842	0.6466	0.9115	-0.5008	2.5706	-0.1024	-0.5916	-0.5931	2.18	-0.5442	0.5234	0.0759	-0.0712	1.6167	0.0319	0.3143	-4.5861	7.3047	66.9321
2	0.0926	0.0643	-0.9662	0.0935	-1.4657	25.2337	-0.0533	-0.1044	-0.044	-0.002	-0.0455	0.0043	0.3032	-0.0554	0.0988	0.1208	-0.0286	0.0193	0.3244	0.0411	0.1695	-5.1786	9.9551	35.3344
3	2.8771	0.3967	0.0822	1.1909	0.1272	1.5257	0.1003	-0.1582	0.1287	-0.015	-0.0927	0.0857	-0.0134	-0.2226	-0.0076	0.0483	0.0299	-0.0018	0.1899	0.0216	0.1291	-3.5891	19.7964	15.9075
4	6.2234	-1.3629	1.546	4.9703	-1.0943	13.899	-0.0772	-0.0698	0.1832	-0.0057	-0.0657	-0.0303	-0.7193	0.1087	0.1429	0.0688	0.0239	0.0205	0.1119	0.0219	0.1779	10.6506	29.7963	10.5942
5	2.5551	0.444	-0.5844	2.1611	0.4097	2.2639	-0.0019	-0.2037	0.1379	0.2082	-0.0217	-0.1716	-0.1607	0.1848	0.0237	0.0524	0.0113	-0.008	0.2172	0.014	0.1009	10.5937	22.3211	20.1036
6	2.4503	-1.0727	-1.8316	3.0453	2.5206	5.4726	0.0298	-0.0757	-0.1657	0.1744	-0.1235	0.1167	0.1585	-0.0462	0.0937	0.0179	0.0089	0.003	0.1864	0.0654	0.1405	7.262	13.4806	22.5914
7	11.7188	8.4858	-14.3557	7.0143	-10.1577	17.6551	0.5259	0.2201	0.5426	0.4857	0.0706	0.5308	-0.6079	-0.3124	-0.5964	0.1833	-0.0155	0.0673	0.3896	0.0105	0.2539	-6.2318	21.0773	44.4946
8	8.521	-2.3705	-5.754	4.7938	3.2899	7.8834	0.1357	-0.6549	0.3797	0.2529	-0.0201	-0.2985	-0.0398	0.6362	-0.1155	0.183	-0.0314	-0.0068	0.4392	0.056	0.1748	7.7894	15.7843	45.9462
9	6.227	-8.011	13.5918	18.4067	-6.7738	44.0711	1.0959	0.6725	-0.5704	-2.8424	0.3913	0.7526	-0.1144	3.3519	-1.4872	0.7485	-0.641	0.1202	1.2873	-0.1996	0.9077	6.1407	18.6855	59.4965
10	4.781	-0.642	-5.5179	1.1678	0.5319	12.6699	-0.0037	-0.5026	-0.0865	0.1726	-0.0756	-0.1295	0.5213	0.5781	0.0793	0.1241	-0.0136	0.001	0.385	0.0976	0.1647	5.0264	9.5232	45.2306
11	6.3709	-1.3805	1.3404	9.3445	-7.7268	18.312	0.0924	-0.6304	-0.4153	0.5682	0.2432	0.4371	0.2079	-0.2728	-0.3355	0.168	0.0143	-0.0271	0.3067	0.0445	0.1621	-16.4444	-11.9705	52.8642
12	0.1043	-0.1548	-0.0845	14.2768	-14.2181	14.7426	-0.0533	-0.0922	-0.0124	0.3346	-0.1962	-0.2367	-0.1633	0.4369	0.2495	0.1231	0.0081	-0.0351	0.3183	0.0313	0.1273	-16.2656	4.6425	30.132
13	4.2169	0.4433	-0.137	2.7426	-0.0497	2.3465	0.1187	0.1351	0.0249	-0.1779	-0.1862	-0.1347	-0.0514	0.0948	0.0675	0.0243	0.0375	-0.0078	0.2221	0.025	0.1105	-15.9089	10.2802	12.6553
14	5.457	-0.631	0.2307	6.8881	-0.7894	6.4106	0.0013	0.3302	0.1824	-0.6022	-0.0304	-0.1316	0.0231	0.0786	0.029	0.0858	0.0635	-0.0315	0.2508	-0.0174	0.0893	-32.2928	8.9909	1.466
15	4.6683	-0.8637	2.6968	1.9262	-0.5832	1.64	0.2086	0.0163	-0.3153	-0.0685	-0.0745	0.0747	0.196	-0.0283	-0.1341	0.1056	0.0279	0.0183	0.2914	0.0157	0.117	-30.5625	2.7718	8.3674
16	2.6241	-2.0949	0.7278	4.6641	-1.5562	2.022	-0.0399	-0.1265	0.0874	0.2745	0.0162	-0.0331	-0.0373	-0.0152	0.0237	0.0446	0.0163	-0.0219	0.2794	0.0077	0.0906	-28.7459	7.1819	21.9755
17	6.7078	-2.3661	2.0256	3.3828	-0.7226	4.1776	0.0766	0.1013	-0.7294	0.3374	0.1289	0.4041	0.4243	-0.115	-0.2055	0.2453	0.0238	-0.0253	0.3219	0.0271	0.2177	-26.4874	-9.8717	38.1045
18	4.0051	0.6818	-0.0378	0.4472	0.2557	0.2659	0.0276	0.1519	0.0642	0.2819	-0.0844	0.057	0.1352	-0.1546	0.0569	0.3549	0.0355	-0.0024	0.3437	0.0499	0.1184	-23.9724	-0.7	37.8622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	126 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	229 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 325
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	326 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	340 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	364 - 369
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	370 - 393
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	127 - 144
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	145 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	167 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	207 - 227
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	228 - 259
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	260 - 333
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	334 - 373
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	400
19	X-RAY DIFFRACTION	18	B	374 - 393

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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