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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t42 | ||||||
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タイトル | Human aldose reductase in complex with a nitrile-containing IDD inhibitor | ||||||
![]() | Aldose reductase | ||||||
![]() | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Tim Barrel / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, L. / Cohen, A.E. / Boxer, S.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Electrostatic Fields near the Active Site of Human Aldose Reductase: 2. New Inhibitors and Complications Caused by Hydrogen Bonds. 著者: Xu, L. / Cohen, A.E. / Boxer, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 998.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1007.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pznS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36180.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-3T4 / { |
#4: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 4.2 詳細: The hanging drop method was used to obtain crystals (EasyXtal Tool 24 culture plates, Qiagen). WT hALR2 was co-crystallized with the oxidized form of coenzyme NADP+ (Sigma) and inhibitor 2 at ...詳細: The hanging drop method was used to obtain crystals (EasyXtal Tool 24 culture plates, Qiagen). WT hALR2 was co-crystallized with the oxidized form of coenzyme NADP+ (Sigma) and inhibitor 2 at room temperature (ratios of protein / inhibitor / coenzyme = 1/2/2). Hanging drops were made by the mixing mother liquor (0.06 M citric acid, 0.04 M Bis-tris propane, 12% (w/v) PEG 3350, pH 4.2) with holoenzyme solution (10 mg/mL, 20 mM hepes, pH 7.0). Crystals were observed after three days of equilibration, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 73538 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.33 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / % possible all: 87.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PZN 解像度: 1.28→22.29 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.38 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→22.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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