PDB-3t3c: Structure of HIV PR resistant patient derived mutant (comprising ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t3c

タイトル

Structure of HIV PR resistant patient derived mutant (comprising 22 mutations) in complex with DRV

要素

HIV-1 protease

キーワード

HYDROLASE / peptidase / viral particle

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Kozisek, M. / Konvalinka, J. / Saskova, K.G.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: Mutations in HIV-1 gag and pol Compensate for the Loss of Viral Fitness Caused by a Highly Mutated Protease.
著者: Kozisek, M. / Henke, S. / Saskova, K.G. / Jacobs, G.B. / Schuch, A. / Buchholz, B. / Muller, V. / Krausslich, H.G. / Rezacova, P. / Konvalinka, J. / Bodem, J.

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t3c.cif.gz	98.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t3c.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/3t3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/3t3c	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1hvh-d 4a6c-d 2bpz-d 2zye-d 3lzu-d 2qd8-d 5upz-d 2pym-d 4qj8-2 4zip-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 protease

B: HIV-1 protease

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.689, 57.689, 129.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-6- TRP

#1: タンパク質	HIV-1 protease 分子量: 10672.452 Da / 分子数: 2 変異: T4S, L10V, I13A, K14R, K20I, A22V, L33I, E35D, M36I, S37D, R41K, K43S, G48A, I54V, I66F, H69K, T74S, V82A, I84V, L89I, L90M, T91S 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expression into inclussion bodies 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BRU ISOLATE / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: protein+inhibitor: Cpr 4mg/ml in 5mM MES ph 6.0, 1mM EDTA, 0.05% beta-mercaptoethanol, 5-molar inhibitor excess, reservoir: 50mM Na Acetate + 50mM MES pH 5.25, 0.6M Ammonium Sulphate, VAPOR ...詳細: protein+inhibitor: Cpr 4mg/ml in 5mM MES ph 6.0, 1mM EDTA, 0.05% beta-mercaptoethanol, 5-molar inhibitor excess, reservoir: 50mM Na Acetate + 50mM MES pH 5.25, 0.6M Ammonium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: protein+inhibitor: Cpr 4mg/ml in 5mM MES ph 6.0, 1mM EDTA, 0.05% beta-mercaptoethanol, 5-molar inhibitor excess, reservoir: 50mM Na Acetate + 50mM MES pH 5.25, 0.6M Ammonium Sulphate, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 13515 / Num. obs: 13505 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 50.71
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 9.433 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	662	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18159	-	-	-
all	0.18404	-	-	-
obs	0.18404	12750	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.189 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	56	143	1697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	2.003	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.181	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.404	24.426	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.67	15	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.235	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.304	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.456	1.5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.711	2	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.225	3	718
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.758	4.5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	49	-
R_work	0.232	914	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9556	-7.7634	0.7716	8.6676	-0.9741	4.797	-0.6443	-0.7104	-0.6046	1.3386	0.3663	0.8929	-0.3194	-0.0116	0.278	0.1347	-0.0379	0.1236	0.0631	-0.0087	-0.0258	-10.271	-2.809	-4.351
2	11.3567	0.038	4.839	5.9144	1.6424	4.0445	0.1242	-0.1093	-0.592	0.1954	0.2947	0.7172	0.1879	-0.3297	-0.4189	-0.1016	-0.1102	0.0398	0.1021	0.0766	0.0247	-17.178	-11.192	-15.837
3	10.1512	3.834	-2.2274	8.0698	-4.8388	8.179	-0.0934	-0.6358	-0.497	-0.0265	0.0802	-0.1475	0.1837	-0.5352	0.0132	-0.1389	-0.0004	0.0224	0.1374	0.0252	-0.1813	-11.163	-6.626	-16.122
4	3.2415	8.4669	0.8559	27.3134	6.2473	3.3222	-0.5103	0.1509	0.021	-0.4103	0.4408	0.2721	-0.1601	0.0769	0.0695	-0.0969	-0.0082	-0.0297	0.059	0.0221	-0.0718	-10.49	-4.176	-24.643
5	12.893	4.6391	0.6312	2.7382	2.8879	6.654	-0.2674	0.7175	0.1271	-0.5026	-0.0641	0.3273	0.0943	0.0345	0.3315	0.0538	-0.042	-0.0278	0.1159	0.0254	0.1513	-13.507	-11.211	-32.174
6	13.927	4.7349	1.5351	6.2622	-1.2485	0.8429	-0.1889	0.1865	-0.467	-0.2732	-0.0198	-0.0804	-0.0865	0.1887	0.2088	0.0185	-0.1264	0.0321	0.1966	0.0067	-0.1068	-3.452	-7.805	-31.459
7	2.2015	0.2304	0.6731	4.0961	1.2755	9.992	-0.0993	-0.112	0.0481	-0.0446	0.1576	0.7787	-0.2931	-0.8275	-0.0583	-0.0743	-0.0001	0.0122	0.1316	0.0299	0.1174	-21.905	-5.436	-22.553
8	2.5874	1.927	-0.4654	1.4383	-0.2365	4.0162	-0.3049	0.1568	-0.0522	-0.1137	0.0907	0.4467	0.0075	-0.0429	0.2142	-0.1003	-0.0355	-0.0093	-0.0234	-0.0008	-0.0825	-11.763	-6.849	-24.246
9	1.586	2.0927	2.9089	7.0511	2.996	5.5006	0.0453	0.0088	0.3689	0.2306	-0.0094	0.6634	-0.4225	-0.1225	-0.0359	0.0088	0.0324	0.0925	0.0352	-0.0459	0.0112	-14.938	4.482	-14.782
10	3.9466	-3.9952	-5.992	4.1622	5.1012	16.994	0.0302	0.1363	0.7846	0.6458	-0.6887	0.4575	0.5493	-0.7765	0.6585	0.2162	-0.0186	0.106	-0.0278	0.0083	0.1184	-12.389	10.693	-14.795
11	36.3956	20.1203	24.8981	12.4794	11.3606	21.2916	-0.5359	0.4063	0.9611	0.3516	0.0482	0.1156	-1.1287	0.9486	0.4877	0.1491	-0.1671	0.039	0.0684	0.0241	-0.0151	-3.867	10.594	-18.613
12	6.1927	1.9144	0.1953	13.4092	-2.3376	6.4514	0.1422	-0.0395	0.6403	0.7198	-0.5016	-0.6094	-1.0867	0.8428	0.3594	0.0822	-0.1705	-0.0183	0.1336	0.0203	-0.0737	3.355	6.677	-14.16
13	11.7063	-2.7066	2.9587	4.5342	3.3892	7.5256	-0.3531	-0.1253	0.3776	0.2164	-0.191	-0.8008	-0.9075	1.6721	0.5441	0.0557	-0.2633	0.0048	0.4997	0.1542	0.0752	14.438	2.007	-14.78
14	18.0097	4.8512	15.0601	5.6224	-2.4501	22.4039	0.0521	0.1125	-0.5757	-0.5924	-0.0655	-0.7036	0.487	0.7032	0.0134	-0.1485	0.0385	0.0791	0.0126	-0.0196	-0.0393	5.061	-8.506	-20.257
15	2.5311	1.3014	0.4969	3.8388	-1.8621	6.5031	-0.0745	0.0286	-0.0641	0.2983	-0.2867	-0.3702	-0.396	1.0899	0.3612	-0.0159	-0.2155	-0.0148	0.3102	0.0338	-0.0295	10.175	0.739	-12.481
16	7.7783	-7.68	1.3993	8.9493	-0.431	6.3634	-0.582	0.0793	0.6285	1.3069	-0.1636	-0.266	-1.2891	0.6204	0.7456	0.4726	-0.2954	-0.0521	0.2852	0.0439	0.068	3.79	8.656	-4.295
17	4.7322	0.9158	-3.4379	2.469	-0.8256	4.5469	-0.0566	0.0671	0.004	0.1122	-0.1698	-0.0423	-0.386	0.5826	0.2264	-0.0386	-0.1318	0.0104	0.1332	0.0103	-0.1675	4.112	1.271	-14.379
18	14.1488	-1.3169	4.7369	4.1228	-2.2074	11.3736	0.335	-0.5674	0.5265	0.5366	-0.0651	0.2441	-0.4488	-0.1163	-0.2699	0.0876	-0.0383	0.1599	-0.0652	-0.0641	-0.0964	-9.646	3.15	-6.146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	28 - 33
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	34 - 48
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	49 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	58 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	72 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	88 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1 - 6
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	7 - 13
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	14 - 30
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	31 - 44
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	45 - 51
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	52 - 66
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	67 - 74
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	75 - 91
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	92 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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