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- PDB-3t22: Crystal structure of OxyR mutant from Porphyromonas gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t22
タイトルCrystal structure of OxyR mutant from Porphyromonas gingivalis
要素Redox-sensitive transcriptional activator OxyR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / beta-alpha-barrels / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LysR substrate-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Svintradze, D.V. / Wright, H.T. / Lewis, J.P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
著者: Svintradze, D.V. / Peterson, D.L. / Collazo-Santiago, E.A. / Lewis, J.P. / Wright, H.T.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The iron-oxygen molecular switch in the anaerobic bacterium Porphyromonas gingivalis
著者: Lewis, J.P. / Yanamandra, S. / Ghosh, A.K. / Svintradze, D.V. / Sengupta, D. / Jones, K. / Iyer, D. / Peterson, D. / Wright, H.T. / Anaya-Bergman, C.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR
B: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR
C: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR
D: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4224
ポリマ－102,4224
非ポリマー00
水6,810378
1
A: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR
B: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2112
ポリマ－51,2112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
C: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR
D: Redox-sensitive transcriptional activator OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2112
ポリマ－51,2112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.209, 64.356, 81.312
Angle α, β, γ (deg.)111.75, 90.56, 111.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Redox-sensitive transcriptional activator OxyR


分子量: 25605.510 Da / 分子数: 4 / 断片: Regulatory domain (UNP residues 90-308) / 変異: C199S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: oxyR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20K61
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 3000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月23日
放射モノクロメーター: MSC Varimax confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→23.24 Å / Num. obs: 69702 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HO7

3ho7


解像度: 2.2→18.358 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The structure factor file contains 69444 reflections with the resolution range of 1.90-23.24 A. However the resolution of 2.2-18.358 A with 44680 reflections was used for the refinement. The ...詳細: The structure factor file contains 69444 reflections with the resolution range of 1.90-23.24 A. However the resolution of 2.2-18.358 A with 44680 reflections was used for the refinement. The decision of cutting the high resolution reflections was based on the low intensity signals for 1.90 A resolution which were keeping R factor high during the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2736 2272 5.09 %RANDOM
Rwork0.2339 ---
all0.2638 46952 --
obs0.236 44680 90.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.001 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7083 Å2-0.9649 Å20.2759 Å2
2--17.6209 Å2-5.5998 Å2
3---3.2645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.358 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6725 0 0 378 7103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2059264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3092636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27850.38811940.36374198X-RAY DIFFRACTION89
2.2785-2.36960.36922090.32024215X-RAY DIFFRACTION89
2.3696-2.47720.33042280.2814200X-RAY DIFFRACTION90
2.4772-2.60740.34142390.27884188X-RAY DIFFRACTION90
2.6074-2.77030.32912440.28234193X-RAY DIFFRACTION90
2.7703-2.98340.34952240.29384255X-RAY DIFFRACTION91
2.9834-3.2820.31242270.26694253X-RAY DIFFRACTION91
3.282-3.75340.28812240.23444280X-RAY DIFFRACTION91
3.7534-4.71560.20372510.18144301X-RAY DIFFRACTION93
4.7156-18.35830.24312320.19664325X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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