[日本語] English
万見
- PDB-3t1x: MglB R124A E127A Monomer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t1x
タイトルMglB R124A E127A Monomer
要素Gliding protein MglB
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase activating protein / bacterial polarity / motility / alpha/beta protein / catalytic GAP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of TOR signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to amino acid stimulus / molecular adaptor activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable gliding protein (MglB)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Miertzschke, M. / Vetter, I.R. / Koerner, C. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structural analysis of the Ras-like G protein MglA and its cognate GAP MglB and implications for bacterial polarity.
著者: Miertzschke, M. / Koerner, C. / Vetter, I.R. / Keilberg, D. / Hot, E. / Leonardy, S. / Sogaard-Andersen, L. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gliding protein MglB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5571
ポリマ－14,5571
非ポリマー00
水00
1
A: Gliding protein MglB

A: Gliding protein MglB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1132
ポリマ－29,1132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.250, 74.250, 76.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 Gliding protein MglB


分子量: 14556.671 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-139 / 変異: R124A, G65S, E127A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA1131 / プラスミド: pGexET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q5SJ83

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1M CHES, 30% PEG 400 , pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.05 Å / Num. obs: 4223 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T1S

3t1s


解像度: 2.91→19.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.697 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.609 / SU B: 66.725 / SU ML: 1.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.7 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.46861 212 5 %RANDOM
Rwork0.40545 ---
obs0.40864 4012 100 %-
all-1567 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----4.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→19.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1012 0 0 0 1012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.9911410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3095133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63323.63644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.83915174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.732158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2771.5665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.52121050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7353374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3194.5360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.91→2.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.693 13 -
Rwork0.504 238 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る