PDB-3t1t: MglA bound to GDP in P1 tetrameric arrangement

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t1t

タイトル

MglA bound to GDP in P1 tetrameric arrangement

要素

Gliding protein mglA

キーワード

HYDROLASE / G domain containg protein / bacterial GTPase / Bacterial polarity / motility / alpha/beta protein

機能・相同性

機能・相同性情報

GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Miertzschke, M. / Vetter, I.R. / Koerner, C. / Wittinghofer, A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structural analysis of the Ras-like G protein MglA and its cognate GAP MglB and implications for bacterial polarity.
著者: Miertzschke, M. / Koerner, C. / Vetter, I.R. / Keilberg, D. / Hot, E. / Leonardy, S. / Sogaard-Andersen, L. / Wittinghofer, A.

履歴

登録	2011年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t1t.cif.gz	162.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t1t.ent.gz	136.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t1t_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t1t_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3t1t_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	3t1t_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t12C 3t1oC 3t1qC 3t1rC 3t1sC 3t1vC 3t1xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t1v-1 3t1v-3 3t1o-2 3re9-d 5ail-2 4xtm-d 4gpf-3 2zmn-6 3t1o-1 2way-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gliding protein mglA

B: Gliding protein mglA

C: Gliding protein mglA

D: Gliding protein mglA

ヘテロ分子

90.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gliding protein mglA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gliding protein mglA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Gliding protein mglA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Gliding protein mglA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.690, 62.860, 81.470
Angle α, β, γ (deg.)	99.91, 100.14, 108.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Gliding protein mglA 分子量: 22233.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1132 / プラスミド: pGexET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q5SJ82, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 65% MPD, 0.1M Tris-HCl , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97874 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.73 Å / Num. obs: 66489 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique all: 4922 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PRO	DC	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→44.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 3.648 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A very preliminary model from low resolution SeMet data was used.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25378	3325	5 %	RANDOM
R_work	0.20986	-	-	-
all	0.225	63777	-	-
obs	0.21207	63162	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	-0.23 Å²	0.6 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0.57 Å²
3-	-	-	1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5945	0	112	140	6197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	6333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.006	1.999	8630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.355	5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.738	23.191	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.147	15	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.304	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.328	1.5	3812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.276	2	6200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.917	3	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.834	4.5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	246	-
R_work	0.253	4660	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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