PDB-3t11: Dimeric inhibitor of HIV-1 protease.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t11

タイトル

Dimeric inhibitor of HIV-1 protease.

要素

HIV-1 Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 Protease / beta barel / Retroviral aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Brynda, J. / Rezacova, P. / Saskova, G.K. / Kozisek, M. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Dimeric inhibitor of HIV-1 protease.
著者: Brynda, J. / Rezacova, P. / Saskova, G.K. / Kozisek, M. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2011年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t11.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t11.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t11_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t11_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3t11_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3t11_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u8gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jfp-d 4rvj-1 3nwq-d 3ggx-3 4yhq-d 1hvs-d 3so9-d 7upj-d 1heg-1 1hvr-d 3kfs-d 1upj-1 1msn-d 3s85-3 6opw-d 1izh-d 1hsg-d 3s85-5 4gye-d 1gno-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 Protease

B: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.755, 49.221, 122.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 99
2	1	1	4	B	1 - 99
1	1	2	4	C	1
2	1	2	4	D	1

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	HIV-1 Protease / PR / Retropepsin 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 501-599 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-3T1 / (3S,11S)-11-(3-chloro-4-hydroxy-5-methoxyphenyl)-3-phenyl-2,3,4,5,10,11-hexahydro-1H-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-1-one 分子量: 446.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₃ClN₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.76 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: MAR345 / 日付: 2000年3月1日 / 詳細: GOEBEL MIRRORS
放射	モノクロメーター: GOEBEL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→38.37 Å / Num. obs: 9704 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.147 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.22→2.27 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / R_sym value: 0.51 / % possible all: 71

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.9 Å	31.43 Å
Translation	3.9 Å	31.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8G

1u8g

解像度: 2.22→26.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.723 / SU ML: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.3402 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	466	4.8 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.186	9197	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→26.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1508	0	67	71	1646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	2.035	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.859	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.167	25.273	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.445	15	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.07	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.791	1.5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.444	2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.158	3	644
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.181	4.5	611
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	745	MEDIUM POSITIONAL	0.63	0.5
1	A	745	MEDIUM THERMAL	0.98	2
2	B	32	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
2	B	32	MEDIUM THERMAL	1.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	42	-
R_work	0.229	601	-
obs	-	-	95.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1123	0.1093	-0.4245	1.5364	-0.6047	1.3827	0.1455	0.0809	0.0363	-0.1088	-0.0436	0.1064	0.1836	-0.0535	-0.1019	0.0948	0.025	-0.0231	0.064	-0.0145	0.0161	-11.127	-8.341	14.83
2	0.0192	-0.0315	0.1744	1.5497	-1.3294	2.5247	0.0268	0.0079	0.0193	-0.1425	-0.1164	0.068	0.162	0.0958	0.0896	0.0798	0.0245	0.0095	0.0624	0.0047	0.0577	-5.345	-2.545	5.185
3	1.6119	-1.2708	2.0463	1.0025	-1.6133	2.601	0.0144	0.1083	0.0591	-0.0223	-0.0902	-0.0466	0.0223	0.1527	0.0758	0.1036	-0.0162	0.0141	0.0802	0.0301	0.0224	-2.221	9.587	2.865
4	0.4834	0.4797	-0.0761	1.7967	-1.5641	1.6917	0.0828	-0.0196	0.0209	0.0379	0.1431	0.2265	0.0361	-0.1577	-0.2258	0.0829	0.0383	-0.0049	0.0655	-0.0055	0.0709	-13.749	-5.992	20.2
5	0.7564	0.3528	0.3538	1.9403	-0.1932	0.4936	0.0202	-0.058	0.0113	0.1263	0.0331	0.0671	-0.0943	-0.0451	-0.0533	0.0692	-0.0099	0.0248	0.1045	-0.0075	0.0195	-8.788	-1.447	30.529
6	2.9469	0.5729	-0.7789	1.5237	-1.4714	1.4403	0.1972	-0.1752	-0.1003	0.2494	-0.2615	-0.0747	-0.2498	0.2405	0.0643	0.1261	-0.0564	-0.0151	0.0698	0.0069	0.0077	2.585	1.654	33.968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	86 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	10 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	63 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 62

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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