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- PDB-3t0r: Crystal Structure of MjTX-I, a myotoxic Lys49-phospholipase A2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t0r
タイトルCrystal Structure of MjTX-I, a myotoxic Lys49-phospholipase A2 from Bothrops moojeni
要素Phospholipase A2 homolog 1
キーワードTOXIN / Lys49-phospholipase A2 / Myotoxin / Venom Glands
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog MjTX-I
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / Marchi-Salvador, D.P. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of MjTX-I, a myotoxic Lys49-phospholipase A2 from Bothrops moojeni
著者: Salvador, G.H.M. / Marchi-Salvador, D.P. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 homolog 1
B: Phospholipase A2 homolog 1
C: Phospholipase A2 homolog 1
D: Phospholipase A2 homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4115
ポリマ－55,0564
非ポリマー3541
水2,036113
1
A: Phospholipase A2 homolog 1
B: Phospholipase A2 homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8833
ポリマ－27,5282
非ポリマー3541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Phospholipase A2 homolog 1
D: Phospholipase A2 homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5282
ポリマ－27,5282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Phospholipase A2 homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1192
ポリマ－13,7641
非ポリマー3541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Phospholipase A2 homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7641
ポリマ－13,7641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Phospholipase A2 homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7641
ポリマ－13,7641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Phospholipase A2 homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7641
ポリマ－13,7641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.593, 125.848, 65.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細According to Small Angle X-ray Scattering experiments

-
要素

#1: タンパク質
Phospholipase A2 homolog 1 / MjTX-I / Myotoxin I


分子量: 13764.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 参照: UniProt: P82114, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32% (w/v) PEG 4000; 0.1 M Tris HCl; 0.15 M Magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
PH範囲: 8,5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.421 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si curved crystal asymmetrically-cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.421 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→33.44 Å / Num. all: 15300 / Num. obs: 15300 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43.016 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 20.64
反射 シェル解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.69 / Num. unique all: 1541 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLL

1qll


解像度: 2.49→33.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 26.875 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26671 759 5 %RANDOM
Rwork0.23123 ---
obs0.23297 14529 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3547 0 24 113 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1511.9764930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7595469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.34724.228149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.06115609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.3631523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1531.52349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.86723708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.54531305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9534.51222
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.59933654
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.554 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 54 -
Rwork0.3 1010 -
obs--92.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87610.54920.57242.09070.86370.5244-0.074-0.03930.09650.03970.0596-0.1054-0.0384-0.02120.01450.08540.02340.0090.13820.01910.156936.111963.314132.7092
20.3150.8960.26583.44060.12161.09690.03470.081-0.09940.27220.112-0.19780.014-0.0273-0.14670.0657-0.00950.03650.16660.05230.191433.102731.437828.2515
30.846-0.4488-0.06294.11010.85232.8526-0.0735-0.08250.1065-0.01370.28330.06070.12450.104-0.20980.09980.1018-0.02360.1497-0.00880.084316.787477.31530.7287
41.0233-0.47250.54354.30311.27922.4087-0.1879-0.1217-0.17660.7840.43780.13740.0783-0.2436-0.24980.25040.1510.0960.20120.12240.096216.849146.0666-2.0331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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