PDB-3szg: Crystal structure of C176A glutamine-dependent NAD+ synthetase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3szg

タイトル

Crystal structure of C176A glutamine-dependent NAD+ synthetase from M. tuberculosis bound to AMP/PPi and NaAD+

要素

Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

キーワード

LIGASE / Glutamine-amidotransferase / Glutaminase / Glutamine-dependent NAD+ synthetase / Ammonia tunneling / ATP binding / NAD / Nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chuenchor, W. / Doukov, T. / Gerratana, B.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Regulation of the intersubunit ammonia tunnel in Mycobacterium tuberculosis glutamine-dependent NAD+ synthetase.
著者: Chuenchor, W. / Doukov, T.I. / Resto, M. / Chang, A. / Gerratana, B.

履歴

登録	2011年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3szg.cif.gz	1006.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3szg.ent.gz	837.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3szg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3szg_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3szg_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	3szg_validation.xml.gz	100.6 KB	表示
CIF形式データ	3szg_validation.cif.gz	139 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sdbC 3seqC 3sezC 3sytC 3dlaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3syt-1 3dla-1 3seq-1 6ofc-1 3sez-1 3sdb-1 6d8w-d 5fdn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
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SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

304 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
609 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	177.940, 177.940, 214.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:402 or resseq 409:441 or resseq 453:542 or resseq 560:679 )
2	1	1	chain B and (resseq 1:401 or resseq 409:441 or resseq 453:542 or resseq 560:679 )
3	1	1	chain C and (resseq 1:402 or resseq 409:441 or resseq 453:542 or resseq 560:679 )
4	1	1	chain D and (resseq 1:402 or resseq 409:441 or resseq 453:542 or resseq 560:679 )

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glutamine-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthase [glutamine-hydrolyzing] 分子量: 74823.352 Da / 分子数: 4 / 断片: Glutamine-dependent NAD+ synthetase / 変異: C176A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MT2513, MTCY428.08, nadE, Rv2438c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A5L6, UniProt: P9WJJ3*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing)

#1: タンパク質

Glutamine-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthase [glutamine-hydrolyzing]

分子量: 74823.352 Da / 分子数: 4 / 断片: Glutamine-dependent NAD+ synthetase / 変異: C176A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2513, MTCY428.08, nadE, Rv2438c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A5L6, UniProt: P9WJJ3*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing)

-
非ポリマー , 5種, 760分子

#2: 化合物	ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略) 分子量: 665.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₆O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 1.6 M K2HPO4, 100 mM NaH2PO4, EVAPORATION, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→39.124 Å / Num. obs: 161605 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER	phenix	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DLA

3dla

解像度: 2.25→39.124 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	8064	4.99 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1937	161514	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.005 Å² / k_sol: 0.398 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.9481 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-17.9481 Å²	0 Å²
3-	-	-	35.8962 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.124 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20314	0	322	745	21381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	21125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.735	28743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.576	7657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	3147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3740

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4999	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4999	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.106
1	3	C	5010	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.096
1	4	D	5010	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.2756	0.3951	242	0.3451	4595	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2756-2.3023	0.3711	254	0.3125	4843	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3023-2.3304	0.36	264	0.2944	5058	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3304-2.3599	0.312	268	0.2791	5074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3599-2.391	0.3344	267	0.2657	5088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.4237	0.2999	266	0.2521	5061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4237-2.4583	0.3102	269	0.2527	5122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4583-2.495	0.3324	267	0.2466	5086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.495-2.534	0.2855	269	0.2436	5117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.5755	0.2895	267	0.2348	5072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5755-2.6199	0.2853	269	0.2354	5128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6199-2.6676	0.266	268	0.2205	5100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6676-2.7189	0.2658	268	0.221	5098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7189-2.7743	0.2742	270	0.2088	5133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7743-2.8346	0.249	268	0.2136	5094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8346-2.9006	0.2764	269	0.2196	5119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9006-2.9731	0.2463	270	0.2001	5139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9731-3.0534	0.2392	269	0.1924	5105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0534-3.1432	0.2255	269	0.1875	5132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1432-3.2446	0.2432	271	0.1744	5163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2446-3.3606	0.1862	271	0.1642	5140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3606-3.495	0.21	271	0.1713	5153	X-RAY DIFFRACTION	100
3.495-3.654	0.2085	270	0.1637	5146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.654-3.8465	0.1861	271	0.1495	5162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8465-4.0872	0.1965	273	0.1542	5187	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0872-4.4024	0.1797	273	0.1464	5184	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4024-4.8447	0.1519	273	0.1363	5218	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8447-5.5441	0.1835	276	0.1559	5252	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5441-6.9785	0.2102	278	0.1928	5282	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9785-39.1298	0.1809	284	0.1801	5399	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0476	0.0257	0.023	0.0881	-0.0464	0.0505	-0.0359	0.0506	0.0887	-0.0094	0.013	0.1155	-0.0356	-0.0131	-0	0.2708	0.005	0.0002	0.3193	0.0494	0.3652	-28.2108	14.8367	-69.0986
2	0.0692	-0.014	-0.011	0.0682	0.0626	0.0477	0.0052	0.08	0.2243	-0.0621	-0.0087	0.1469	-0.0639	-0.0234	0	0.3906	0.0365	0.0193	0.3026	0.0641	0.6803	-16.4814	58.1314	-62.471
3	0.1072	0.0054	-0.0658	0.0485	0.0062	0.0543	-0.0168	0.0007	0.1033	-0.0034	-0.0001	0.0226	-0.0104	-0.0217	-0.004	0.2332	0.003	0.0379	0.2157	0.0665	0.1456	15.5165	26.1155	-72.5925
4	0.0667	0.04	0.0298	0.0626	-0.0556	0.0522	-0.0166	0.0416	0.065	-0.0355	-0.043	-0.2243	-0.0104	0.0503	-0.0007	0.1887	-0.0304	0.0458	0.2289	0.0528	0.3412	58.7836	15.4807	-64.4237
5	0.0197	0.0171	-0.0078	0.0381	-0.0116	0.0698	-0.0186	-0.0001	-0.0244	-0.0134	-0.0306	-0.0315	-0.0054	-0.0612	-0.2039	0.1888	0.0051	0.044	0.199	0.1039	-0.0147	17.6202	-26.7963	-36.8902
6	0.0631	-0.0707	-0.0316	0.092	-0.0108	0.0435	-0.0023	-0.0273	-0.0399	0.0292	-0.0406	-0.2232	0.0043	0.0412	0	0.1861	0.0099	0.0175	0.2537	0.0571	0.3194	60.2584	-16.0932	-50.254
7	0.2752	-0.0088	-0.0184	0.0488	-0.0084	0.0096	-0.0168	0.0137	0.1433	0.0203	-0.0437	-0.0318	-0.0357	0.0006	-0.0136	0.2336	-0.0041	-0.0056	0.2154	0.0265	0.0705	28.8465	16.8517	-40.4257
8	0.0856	0.0244	-0.0054	0.0847	-0.0401	0.0118	-0.0143	-0.0167	0.1579	0.0361	-0.0411	-0.0852	-0.0431	-0.0056	0	0.3775	-0.0045	0.0233	0.2438	0.0273	0.6209	16.562	59.5919	-52.3306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 321:679)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:320)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 321:679)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 0:320)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 321:679)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 1:320)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 321:679)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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