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- PDB-3syv: Crystal structure of mPACSIN 3 F-BAR domain mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3syv
タイトルCrystal structure of mPACSIN 3 F-BAR domain mutant
要素Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
キーワードENDOCYTOSIS / Alpha helix / Membrane modeling
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane tubulation / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of endocytosis / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of calcium ion transport / regulation of endocytosis / calcium channel inhibitor activity / cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / phospholipid binding ...plasma membrane tubulation / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of endocytosis / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of calcium ion transport / regulation of endocytosis / calcium channel inhibitor activity / cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / phospholipid binding / endocytosis / endosome / lipid binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains ...Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bai, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Rigidity of wedge loop in PACSIN 3 protein is a key factor in dictating diameters of tubules
著者: Bai, X. / Meng, G. / Luo, M. / Zheng, X.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
B: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
C: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
D: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
E: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
F: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
G: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
H: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,4418
ポリマ－323,4418
非ポリマー00
水1,964109
1
A: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
B: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8602
ポリマ－80,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area27870 Å2
手法PISA
2
C: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
D: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8602
ポリマ－80,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area27910 Å2
手法PISA
3
E: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
F: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8602
ポリマ－80,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
4
G: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3
H: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8602
ポリマ－80,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.570, 108.901, 222.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3


分子量: 40430.082 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-341 / 変異: P121Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pacsin3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99JB8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0M Lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.9 Å / Num. obs: 99512 / % possible obs: 98.68 %
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 17.957 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33683 5196 5 %RANDOM
Rwork0.28063 ---
obs0.28345 98202 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16361 0 0 109 16470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02116732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0381.9222482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85452007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70122.663920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.909152867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.20315197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.22239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4951.510016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.304215710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00236716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2784.56772
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 357 -
Rwork0.357 7200 -
obs--98.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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