PDB-3sys: Improved crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccK1 (OpdK)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sys

タイトル

Improved crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccK1 (OpdK)

要素

Vanillate porin OpdK

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

van den Berg, B. / Eren, E.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels.
著者: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B.

履歴

登録	2011年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sys.cif.gz	325.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sys.ent.gz	263.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sy7C 3sy9C 3sybC 3szdC 3szvC 3t0sC 3t20C 3t24C 2qtkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y2x-1 2qtk-2 2y2x-2 3jty-4 3jty-3 3jty-1 2qtk-1 3jty-2 3oed-1 3t24-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vanillate porin OpdK

B: Vanillate porin OpdK

ヘテロ分子

97.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vanillate porin OpdK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Vanillate porin OpdK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.142, 96.840, 121.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Vanillate porin OpdK 分子量: 43936.496 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 28-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: opdK, PA4898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUR5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	... ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-VNL / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / vanillate / 4-ヒドロキシ-3-メトキシ安息香酸イオン分子量: 167.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 25% PEG 400 0.1 M Na-citrate 50 mM NaCl 25 mM Na-vanillate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 116995 / Num. obs: 116761 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 44.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2QTK

2qtk

解像度: 1.65→19.907 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	1945	1.72 %
R_work	0.1813	-	-
obs	0.1816	113061	96.69 %
all	-	116895	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.6 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1248 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.0029 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.1218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5861	0	312	667	6840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	8397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.391	2331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	837
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6496-1.6909	0.2573	126	0.2374	7138	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6909-1.7365	0.227	133	0.2093	7489	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7365-1.7876	0.2408	134	0.1958	7642	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7876-1.8453	0.198	135	0.1791	7657	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8453-1.9112	0.2185	135	0.1734	7793	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9112-1.9876	0.1955	138	0.1618	7937	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9876-2.078	0.1836	141	0.1562	8022	X-RAY DIFFRACTION	99
2.078-2.1874	0.1723	141	0.1587	8094	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1874-2.3243	0.1858	142	0.1609	8092	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3243-2.5034	0.2025	144	0.17	8125	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5034-2.7548	0.2099	141	0.1768	8195	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7548-3.152	0.1959	144	0.181	8243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.152-3.9661	0.1787	145	0.1732	8327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9661-19.9088	0.2214	146	0.2116	8362	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1954	-1.1478	0.4798	0.7113	0.2161	0.7014	-0.0822	0.4493	0.4285	0.0159	-0.0893	-0.2493	-0.0227	0.192	0.1776	0.1754	-0.0436	0.0039	0.2732	0.0442	0.1621	-16.8038	21.4566	-25.1402
2	3.9497	-0.4446	0.4281	0.6637	-0.1517	1.9779	-0.0353	0.516	-0.6728	0.1611	-0.0651	0.0495	0.4258	0.2254	0.1368	0.263	0.0204	0.0512	0.3502	-0.0526	0.2618	-11.831	6.7438	-26.7296
3	1.4597	-0.457	0.2501	0.4442	-0.0656	2.1195	-0.0743	0.1539	0.1397	-0.036	0.0275	-0.0299	-0.2773	-0.0236	0.0497	0.1392	-0.0133	0.0044	0.1006	0.0186	0.1199	-29.9195	18.5681	-13.4917
4	1.5862	0.3966	0.1559	0.6019	0.0888	0.7556	-0.039	0.0517	0.0219	0.0021	0.0135	0.0087	0.0243	0.0974	0.0225	0.1307	0.0043	-0.004	0.1099	0.0123	0.1129	-13.9868	15.7838	-3.5233
5	2.8191	-0.8333	0.4086	0.5819	0.369	0.7944	-0.0042	0.3693	0.2736	0.0329	-0.1293	-0.1319	0.021	0.1278	0.1475	0.1736	-0.0001	0.0014	0.2329	0.0034	0.1644	-15.0644	-27.9726	-24.5008
6	4.9601	-0.1831	0.1242	3.2751	-0.665	3.9895	0.0027	0.512	-0.9486	-0.1228	-0.2244	0.0366	0.7682	0.1776	0.191	0.3085	0.0377	0.0611	0.2729	-0.0932	0.264	-8.7275	-43.4197	-27.6689
7	1.5534	-0.2251	0.1677	0.2574	0.0149	0.8207	-0.0261	0.0801	-0.0237	-0.0053	-0.0359	0.0398	0.05	-0.036	0.0701	0.1182	0.0033	0.0124	0.0957	-0.0003	0.1227	-22.6421	-30.7253	-7.7651
8	1.0414	0.1062	-0.2245	0.9474	-0.361	1.5705	-0.0251	0.0829	-0.031	-0.0618	0.0142	0.0291	0.0126	0.0747	0.0068	0.1405	0.0171	-0.0178	0.1529	0.0076	0.1514	-5.3884	-33.6314	-8.7532

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 59:90)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 91:219)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 220:390)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 4:61)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 62:89)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 90:321)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 322:390)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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