PDB-3sy3: GBAA_1210 protein, a putative adenylate cyclase, from Bacillus an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sy3

タイトル

GBAA_1210 protein, a putative adenylate cyclase, from Bacillus anthracis

要素

GBAA_1210 protein

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

structural genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / CYTH-like superfamily /

adenylate cyclase (アデニル酸シクラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: GBAA_1210 protein, a putative adenylate cyclase, from Bacillus anthracis.
著者: Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sy3.cif.gz	296 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sy3.ent.gz	253 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tj7-1 3tj7-2 6ht6-d 6gib-d 3lfl-2 1t06-d 6onn-2 6onn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02500

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GBAA_1210 protein

B: GBAA_1210 protein

C: GBAA_1210 protein

D: GBAA_1210 protein

ヘテロ分子

91.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GBAA_1210 protein

B: GBAA_1210 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GBAA_1210 protein

D: GBAA_1210 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.322, 85.997, 76.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.120, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GBAA_1210 protein 分子量: 22701.773 Da / 分子数: 4 / 変異: F43S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS1117, BA_1210, GBAA_1210 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81TQ6, UniProt: A0A6L8P3N5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1 M phosphate buffer, chymotrypsin, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.14→37.3 Å / Num. all: 46815 / Num. obs: 46815 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.817 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.14-2.18	2.9	0.524	2.16	2228	1.061	95.1
2.18-2.22	3.2	0.517		2285	1.02	98
2.22-2.26	3.4	0.497		2345	1.114	99.5
2.26-2.31	3.6	0.48		2338	1.075	100
2.31-2.36	3.8	0.46		2309	1	100
2.36-2.41	3.8	0.442		2349	1.096	100
2.41-2.47	3.9	0.393		2340	1.148	100
2.47-2.54	4	0.316		2366	1.147	100
2.54-2.61	4	0.271		2345	1.208	100
2.61-2.7	4	0.235		2343	1.309	100
2.7-2.79	4	0.206		2352	1.368	100
2.79-2.9	4	0.15		2320	1.457	100
2.9-3.04	4	0.124		2361	1.594	100
3.04-3.2	4	0.094		2382	1.84	100
3.2-3.4	4	0.072		2310	2.117	99.9
3.4-3.66	3.9	0.064		2369	2.598	99.8
3.66-4.03	3.9	0.059		2357	3.111	99.8
4.03-4.61	3.8	0.055		2348	3.54	99.7
4.61-5.81	3.6	0.05		2363	3.542	99.6
5.81-50	3.4	0.047		2405	3.812	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.14→37.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 13.89 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2478	2332	5 %	RANDOM
R_work	0.1962	-	-	-
all	0.1988	46743	-	-
obs	0.1988	46743	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.61 Å² / B_iso mean: 44.7822 Å² / B_iso min: 13.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.83 Å²	0 Å²	0.66 Å²
2-	-	4.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→37.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5652	0	50	173	5875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.954	7977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.873	3	9492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.509	5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.229	25.541	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.146	15	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.676	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.862	1.5	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.199	1.5	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.658	2	5756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.754	3	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.609	4.5	2209

LS精密化シェル

解像度: 2.139→2.195 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	139	-
R_work	0.284	3030	-
all	-	3169	-
obs	-	3469	91.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3418	-0.2861	0.2893	0.8266	-0.4512	0.4267	-0.039	-0.1408	0.0747	-0.006	0.0027	0.0492	0.0567	-0.01	0.0363	0.0258	0.0204	0.0152	0.0562	-0.0085	0.0284	30.8493	49.6478	47.8789
2	1.1341	0.6238	-0.235	1.3444	-0.0384	0.5989	-0.0256	0.1966	-0.0393	-0.0901	0.0861	-0.0652	-0.0157	-0.1098	-0.0605	0.0208	0.0075	0.0001	0.0485	-0.0047	0.0367	50.6762	38.9243	34.3024
3	1.5296	-1.4682	-0.1988	1.6089	-0.0142	0.7878	-0.0086	-0.0442	0.0881	0.0948	0.0401	-0.0596	-0.0134	-0.159	-0.0315	0.0711	-0.0393	0.0111	0.0702	0.0083	0.0309	74.841	38.3752	12.9608
4	3.3425	-0.8102	-0.1257	0.907	0.0196	4.0452	0.0145	-0.2463	0.6278	0.0602	-0.0086	-0.0937	-0.6586	0.4746	-0.0058	0.1458	-0.0734	0.0267	0.1364	0.0012	0.1728	90.1311	49.1987	-5.7546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	193 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	193 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	193 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	193 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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