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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sxr
タイトルCrystal structure of BMX non-receptor tyrosine kinase complex with dasatinib
要素Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity ...phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / protein phosphorylation / cell adhesion / intracellular signal transduction / apoptotic process / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BMX, SH2 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...BMX, SH2 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1N1 / Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sack, J. / Muckelbauer, J.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2011
タイトル: X-ray crystal structure of bone marrow kinase in the x chromosome: a Tec family kinase.
著者: Muckelbauer, J. / Sack, J.S. / Ahmed, N. / Burke, J. / Chang, C.Y. / Gao, M. / Tino, J. / Xie, D. / Tebben, A.J.
履歴
登録2011年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
B: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6847
ポリマ－62,4202
非ポリマー1,2645
水3,819212
1
A: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7943
ポリマ－31,2101
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8904
ポリマ－31,2101
非ポリマー6803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.680, 67.130, 169.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX / Bone marrow tyrosine kinase gene in chromosome X protein / Epithelial and endothelial tyrosine ...Bone marrow tyrosine kinase gene in chromosome X protein / Epithelial and endothelial tyrosine kinase / ETK / NTK38


分子量: 31210.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 411-675 / 変異: Q432K, Q611M, D617T, Q620E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGMX1, ATK, BMX, BPK, BTK / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51813, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1N1 / N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE / Dasatinib / ダサチニブ


分子量: 488.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN7O2S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 26852 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 37.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9255 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8796 / SU R Cruickshank DPI: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 1348 5.02 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1892 26844 99.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6985 Å20 Å20 Å2
2--5.6069 Å20 Å2
3---2.0915 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4242 0 81 212 4535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014436HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.125987HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1557SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes674HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4436HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion524SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5097SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 150 5.15 %
Rwork0.2103 2760 -
all0.212 2910 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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