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- PDB-3sws: Crystal Structure of the Quinone Form of Methylamine Dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sws
タイトルCrystal Structure of the Quinone Form of Methylamine Dehydrogenase in Complex with the Diferric Form of MauG
要素
  • (Methylamine dehydrogenase ...) x 2
  • Methylamine utilization protein MauG
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / MauG / methylamine dehydrogenase / TTQ / c-heme / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain ...Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Methylamine dehydrogenase (amicyanin) / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine utilization protein MauG
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Jensen, L.M.R. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Quinone Form of Methylamine Dehydrogenase in Complex with the Diferric Form of MauG
著者: Jensen, L.M.R. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2011年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylamine utilization protein MauG
B: Methylamine utilization protein MauG
C: Methylamine dehydrogenase light chain
D: Methylamine dehydrogenase heavy chain
E: Methylamine dehydrogenase light chain
F: Methylamine dehydrogenase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,79023
ポリマ－197,2716
非ポリマー3,51917
水36,1922009
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26520 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area59720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.222, 99.422, 102.832
Angle α, β, γ (deg.)64.77, 74.77, 75.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF

#1: タンパク質 Methylamine utilization protein MauG


分子量: 41146.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-387 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WT-MauG produced
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG, Pden_4736 / 発現宿主: Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51658, 酸化還元酵素
#2: 抗体 Methylamine dehydrogenase light chain / MADH / The beta subunit of immature methylamine dehydrogenase (preMADH)


分子量: 15039.577 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mature MADH produced
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: Pd 1222 / 遺伝子: mauA / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P22619, UniProt: A1BBA0*PLUS, EC: 1.4.99.3
#3: タンパク質 Methylamine dehydrogenase heavy chain / The alpha subunit of immature methylamine dehydrogenase (preMADH)


分子量: 42449.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mature MADH produced
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A1BB97, EC: 1.4.99.3

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非ポリマー , 9種, 2026分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Drops contained 1uL protein with 3uL reservoir solution. Protein solution: 100uM WT-MauG and 50uM MADH in 10mM potassium phosphate pH 7.5. Reservoir solution contained: 25% w/v PEG 8000, 0.1M ...詳細: Drops contained 1uL protein with 3uL reservoir solution. Protein solution: 100uM WT-MauG and 50uM MADH in 10mM potassium phosphate pH 7.5. Reservoir solution contained: 25% w/v PEG 8000, 0.1M sodium acetate, 0.1M MES pH 6.2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月26日 / 詳細: Biomorph mirrors (Kirkpatrick-Baez configuration)
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 158031 / Num. obs: 154080 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7900 / Rsym value: 0.472 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L4M

3l4m


解像度: 1.86→49.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.126 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1782 7734 5 %RANDOM
Rwork0.1362 ---
obs0.13833 146343 97.15 %-
all-150636 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.476 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0.01 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13234 0 235 2009 15478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02214067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1421.97519231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59151769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13223.849691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.707152105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0815110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.22011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02111178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2071.58622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.897213857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.14135445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7764.55342
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.907 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 525 -
Rwork0.176 10185 -
obs--90.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2958-0.07460.03860.6401-0.34750.78070.03060.11920.0631-0.0696-0.0932-0.02110.00410.04620.06260.02320.0230.010.05610.02650.028315.684544.5779-68.455
20.4936-0.09180.10040.4192-0.15740.6901-0.00360.0134-0.00010.0054-0.021-0.03160.0407-0.04070.02460.0211-0.0132-0.00090.012-0.00490.022711.223728.429.2379
30.371-0.0453-0.04440.25340.01430.13120.00990.02620.0076-0.00610.00530.0205-0.0262-0.0231-0.01520.02250.0031-0.0020.02050.00210.0306-6.708135.402-42.751
40.24990.01680.01870.17070.1290.29750.015-0.0045-0.05790.0288-0.0074-0.01190.0574-0.0051-0.00760.0268-0.0043-0.00860.00120.00470.0376-0.416514.038-28.1152
50.3231-0.1525-0.09810.411-0.09020.338-0.0082-0.0642-0.03360.03880.02130.01540.0488-0.0503-0.01310.0329-0.01270.00760.07310.00120.0228-9.699732.56140.739
60.2031-0.025-0.0250.14380.12620.34240.0029-0.05290.0568-0.005-0.00270.0022-0.068-0.0622-0.00020.0280.01570.00420.0327-0.00730.0431-7.826755.0529-12.8899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 359
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 386
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6F11 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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