[日本語] English
万見
- PDB-3swn: Structure of the LSm657 Complex: An Assembly Intermediate of the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3swn
タイトルStructure of the LSm657 Complex: An Assembly Intermediate of the LSm1 7 and LSm2 8 Rings
要素
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Sm / rna metabolism / rna / nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / poly(U) RNA binding ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / tRNA processing / telomerase holoenzyme complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. ...Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LSM complex subunit lsm5 / LSM complex subunit lsm7 / LSM complex subunit lsm6
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mund, M. / Neu, A. / Ullmann, J.L. / Neu, U. / Sprangers, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the LSm657 complex: an assembly intermediate of the LSm1-7 and LSm2-8 rings.
著者: Mund, M. / Neu, A. / Ullmann, J. / Neu, U. / Sprangers, R.
履歴
登録2011年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
O: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
P: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
Q: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
R: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
S: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
T: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,59428
ポリマ－121,54712
非ポリマー1,04716
水43224
1
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,29714
ポリマ－60,7746
非ポリマー5238
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10330 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
O: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
P: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
Q: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
R: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
S: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
T: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,29714
ポリマ－60,7746
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.530, 63.100, 92.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 18:24 or resseq 27:36 or resseq 42:51 or resseq 54:65 or resseq 70:75)
211chain P and (resseq 18:24 or resseq 27:36 or resseq 42:51 or resseq 54:65 or resseq 70:75)
112chain B and (resseq 16:22 or resseq 26:34 or resseq 40:49 or resseq 52:62 or resseq 67:72)
212chain Q and (resseq 16:22 or resseq 26:34 or resseq 40:49 or resseq 52:62 or resseq 67:72)
113chain C and (resseq 35:41 or resseq 45:53 or resseq 59:67 or resseq 75:88 or resseq 93:98)
213chain O and (resseq 35:41 or resseq 45:53 or resseq 59:67 or resseq 75:88 or resseq 93:98)
114chain D and (resseq 18:24 or resseq 27:36 or resseq 42:51 or resseq 54:65 or resseq 70:75)
214chain S and (resseq 18:24 or resseq 27:36 or resseq 42:51 or resseq 54:65 or resseq 70:75)
115chain E and (resseq 16:22 or resseq 26:34 or resseq 40:49 or resseq 52:62 or resseq 67:72)
215chain T and (resseq 16:22 or resseq 26:34 or resseq 40:49 or resseq 52:62 or resseq 67:72)
116chain F and (resseq 35:41 or resseq 45:53 or resseq 59:67 or resseq 75:88 or resseq 93:98)
216chain R and (resseq 35:41 or resseq 45:53 or resseq 59:67 or resseq 75:88 or resseq 93:98)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 12804.556 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: lsm7, SPCC285.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74499
#2: タンパク質
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 9048.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: lsm5, SPBC20F10.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O42978
#3: タンパク質
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 8533.728 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: lsm6, SPAC2F3.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUI1
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM zinc acetate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月9日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 62580 / Num. obs: 60656 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
go.comデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.38 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.81 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 3095 5.1 %
Rwork0.2182 --
obs0.2209 60648 96.93 %
all-62580 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.844 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.859 Å20 Å2-0.0136 Å2
2--5.7509 Å20 Å2
3----2.892 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6746 0 16 24 6786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0329193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0782551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041164
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A359X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12P359X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
21B344X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22Q344X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
31C335X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32O335X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
41D359X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42S359X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
51E344X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52T344X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
61F344X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62R344X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.53640.45591360.35472166X-RAY DIFFRACTION81
2.5364-2.57790.38311430.33112614X-RAY DIFFRACTION98
2.5779-2.62240.37031440.31122697X-RAY DIFFRACTION98
2.6224-2.67010.35581330.31922707X-RAY DIFFRACTION98
2.6701-2.72140.38491610.3112574X-RAY DIFFRACTION98
2.7214-2.7770.41171610.28882602X-RAY DIFFRACTION98
2.777-2.83730.3551330.3162666X-RAY DIFFRACTION97
2.8373-2.90330.33771340.29832602X-RAY DIFFRACTION97
2.9033-2.97590.34391280.28042675X-RAY DIFFRACTION98
2.9759-3.05640.34561480.2412646X-RAY DIFFRACTION98
3.0564-3.14630.29351290.22612668X-RAY DIFFRACTION98
3.1463-3.24780.32531390.2432630X-RAY DIFFRACTION98
3.2478-3.36390.31191150.22432693X-RAY DIFFRACTION98
3.3639-3.49850.23711320.22532668X-RAY DIFFRACTION98
3.4985-3.65770.25821490.19682620X-RAY DIFFRACTION98
3.6577-3.85040.25381630.222604X-RAY DIFFRACTION98
3.8504-4.09150.29091250.19912603X-RAY DIFFRACTION96
4.0915-4.40720.21681530.17552611X-RAY DIFFRACTION96
4.4072-4.85030.19861290.14122656X-RAY DIFFRACTION98
4.8503-5.55120.22481440.18262637X-RAY DIFFRACTION98
5.5512-6.990.2111310.23562635X-RAY DIFFRACTION97
6.99-46.3880.27451650.22532579X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る