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- PDB-3swm: The NAC domain of ANAC019 in complex with DNA, gold derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3swm
タイトルThe NAC domain of ANAC019 in complex with DNA, gold derivative
要素
  • NAC domain-containing protein 19
  • oligonucleotide forward
  • oligonucleotide reverse
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / mostly beta-sheet / transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


system development / response to water deprivation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
NAC domain / NAC domain superfamily / No apical meristem (NAM) protein / NAC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / NAC domain-containing protein 19
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Welner, D. / Lo Leggio, L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: DNA binding by the plant-specific NAC transcription factors in crystal and solution: a firm link to WRKY and GCM transcription factors.
著者: Welner, D.H. / Lindemose, S. / Grossmann, J.G. / Mollegaard, N.E. / Olsen, A.N. / Helgstrand, C. / Skriver, K. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2011年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAC domain-containing protein 19
B: NAC domain-containing protein 19
C: NAC domain-containing protein 19
D: NAC domain-containing protein 19
E: oligonucleotide forward
F: oligonucleotide reverse
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,05815
ポリマ－97,2856
非ポリマー1,7739
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.530, 109.070, 173.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 17:76 or resseq 86:142 or resseq 153:163 )
211chain C and (resseq 17:76 or resseq 86:142 or resseq 153:163 )
112chain B and (resseq 8:37 or resseq 40:77 or resseq 86:141 or resseq 153:161 )
212chain D and (resseq 8:37 or resseq 40:77 or resseq 86:141 or resseq 153:161 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
NAC domain-containing protein 19 / ANAC019 / Abscicic-acid-responsive NAC / ANAC


分子量: 20327.270 Da / 分子数: 4 / 断片: NAC domain (UNP residues 1-168) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NAC019, ANAC, At1g52890, F14G24.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C932
#2: DNA鎖 oligonucleotide forward


分子量: 8028.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 oligonucleotide reverse


分子量: 7948.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01 M magnesium sulfate, 0.05 M MES, pH 6.5, 0.5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.038 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.25→46.203 Å / Num. all: 9600 / Num. obs: 9600 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2
反射 シェル解像度: 4.25→4.45 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PXSOFTデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UT7 + B-DNA model

1ut7


解像度: 4.25→46.203 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3092 1763 10.03 %
Rwork0.2502 --
obs0.2562 9600 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 175.159 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--31.7042 Å20 Å2-0 Å2
2--33.6151 Å20 Å2
3----1.9109 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.25→46.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4601 1066 9 0 5676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2858239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1982236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01845
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1078X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1078X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
21B1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2501-4.3650.37881310.32361195X-RAY DIFFRACTION99
4.365-4.49330.34961380.3011220X-RAY DIFFRACTION99
4.4933-4.63820.28641340.27361228X-RAY DIFFRACTION100
4.6382-4.80380.2931350.24161214X-RAY DIFFRACTION99
4.8038-4.99590.30761380.2491226X-RAY DIFFRACTION100
4.9959-5.2230.30121360.241208X-RAY DIFFRACTION99
5.223-5.4980.29061300.22691227X-RAY DIFFRACTION99
5.498-5.84180.26381390.22311226X-RAY DIFFRACTION99
5.8418-6.29180.22641390.23491221X-RAY DIFFRACTION100
6.2918-6.92310.31491370.20861223X-RAY DIFFRACTION100
6.9231-7.92060.26981380.24341210X-RAY DIFFRACTION100
7.9206-9.96260.29681380.20811225X-RAY DIFFRACTION99
9.9626-46.20560.31991300.26111193X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3111-0.1181-2.20848.95331.05751.023-0.28191.2804-0.6263-0.02650.24590.21990.06790.12210.21220.9467-0.2772-0.0610.7112-0.20870.825320.5564-20.859-35.9018
21.6952-0.04451.2098.24274.1712.9771-0.9269-1.9672-0.20174.07520.6297-1.08841.70640.2687-0.37282.77840.6175-0.45132.07710.12630.808124.7868-19.8406-3.4432
36.3958-5.35250.59524.9522-0.97580.53781.11920.9003-1.5678-1.2944-0.19430.7131-0.0259-0.6998-0.73321.1649-0.21730.00061.6250.00491.741613.667724.8504-48.4718
45.23143.3484-0.27696.4791-5.16085.71690.1723-1.5104-0.58922.67070.52390.5212-1.71021.4366-0.04972.39630.2136-0.02822.40270.5972.27519.547221.3201-16.7608
51.1423-1.6137-1.4622.29062.06551.8710.3104-0.50930.17520.95980.6427-1.052-0.099-1.1599-0.90482.8307-0.1693-0.35342.3830.17431.428317.9631-0.3288-14.4287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E or chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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