PDB-3swk: Crystal structure of vimentin coil1B fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3swk

タイトル

Crystal structure of vimentin coil1B fragment

要素

Vimentin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / intermediate filament / alpha-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / microtubule organizing center / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chernyatina, A.A. / Strelkov, S.V.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Atomic structure of the vimentin central alpha-helical domain and its implications for intermediate filament assembly.
著者: Chernyatina, A.A. / Nicolet, S. / Aebi, U. / Herrmann, H. / Strelkov, S.V.

履歴

登録	2011年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3swk.cif.gz	88.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3swk.ent.gz	68.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3swk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3swk_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3swk_full_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示
XML形式データ	3swk_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	3swk_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3swk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3swk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s4rC 3ssuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oi7-d 4bwn-d 5k7b-2 5k9l-2 6yek-d 5wlq-d 5wlq-1 5hhe-2 7bji-2 3f89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vimentin

B: Vimentin

20.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.150, 54.460, 44.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Vimentin 分子量: 10397.688 Da / 分子数: 2 / 断片: coil 1B fragment (UNP residues 153-238) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLJ36605, VIM / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: P08670
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: protein in 10 mM Tris pH 8, 38 mM NaCl + PEG 3350 25% w/v, 0.2M ammonium acetate, BIS-TRIS 0.1M pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97895 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97895 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 187035 / R_merge(I) obs: 0.068 / D res high: 1.7 Å / Num. obs: 38320 / % possible obs: 98.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
5.06	34.3	1428	96.3	1	0.034
3.29	5.06	3846	98.9	1	0.04
2.94	3.29	2129	100	1	0.048
2.55	2.94	3974	99.5	1	0.06
2.28	2.55	4585	99.9	1	0.082
2.08	2.28	5068	99.7	1	0.127
1.93	2.08	5302	99.8	1	0.239
1.8	1.93	6148	99.5	1	0.482
1.7	1.8	5840	96.1	1	0.778

反射

解像度: 1.7→34.3 Å / Num. all: 38296 / Num. obs: 36328 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.574 Å² / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 13.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
1.7-1.8	4.64	2.59	27144	5840	0.778	96.1
1.8-1.93		4.23	30665	6148	0.482	99.5
1.93-2.08		7.36	26514	5302	0.239	99.8
2.08-2.28		11.87	25358	5068	0.127	99.7
2.28-2.55		16.1	22926	4585	0.082	99.9
2.55-2.94		20.53	19633	3974	0.06	99.5
2.94-3.29		24.1	10200	2129	0.048	100
3.29-5.06		29.97	17960	3846	0.04	98.9
5.06-34.3		32.06	6635	1428	0.034	96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→34.299 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2723	1968	5.14 %	RANDOM
R_work	0.2315	-	-	-
obs	0.2335	36328	99.08 %	-
all	-	38296	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.908 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.91 Å² / B_iso mean: 38.8169 Å² / B_iso min: 13.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.1576 Å²	0 Å²	12.0176 Å²
2-	-	-1.816 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.9737 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1440	0	0	247	1687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.644	1923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.875	603

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7002-1.761	0.4337	191	0.3706	3429	3620	94
1.761-1.8315	0.3973	206	0.3176	3678	3884	100
1.8315-1.9149	0.3201	207	0.2923	3643	3850	100
1.9149-2.0158	0.316	168	0.2773	3687	3855	100
2.0158-2.1421	0.2791	206	0.2484	3637	3843	100
2.1421-2.3074	0.2427	188	0.2235	3676	3864	100
2.3074-2.5396	0.2788	223	0.2376	3628	3851	100
2.5396-2.9069	0.2731	216	0.2296	3645	3861	100
2.9069-3.6617	0.2479	206	0.2063	3674	3880	100
3.6617-34.3058	0.2348	157	0.2024	3631	3788	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0701	0.1095	0.0599	-0.0505	0.0001	0.0827	0.0939	-0.0523	-0.103	0.0823	-0.0805	-0.0148	-0.1237	0.0698	0	0.1008	-0.0032	-0.006	0.1021	0.0243	0.1024	47.0928	26.5643	21.042
2	0.0047	0.011	-0.0025	0.0008	0.0114	0.0187	-0.206	0.0443	-0.0574	0.1082	-0.0066	-0.1202	-0.1347	-0.077	-0	0.1097	-0.0391	0.024	0.1001	-0.0259	0.125	-9.6001	6.2751	47.891
3	0.0009	0.0014	-0.0138	0.0042	-0.0076	-0.001	-0.0777	0.1003	0.121	0.1555	0.0913	0.1161	0.0721	0.2263	0	0.155	-0.0447	0.0986	0.1275	-0.031	0.3261	-26.022	6.2339	55.8823
4	0.0021	-0.0138	-0.0098	-0.0181	0.0039	-0.0106	-0.041	-0.0304	-0.0352	0.1611	-0.0814	-0.1708	0.0835	0.0271	0	0.3183	0.0658	0.2077	0.2259	0.2097	0.7939	73.1532	28.2833	8.0838
5	-0.0799	0.1399	-0.2829	0.3624	0.076	-0.1457	-0.0007	0.1833	-0.1495	0.0014	-0.0179	-0.0346	-0.0872	-0.122	-0	0.0721	0.0057	-0.0244	0.1541	0.034	0.1105	35.2027	22.2197	20.9355
6	-0.0047	-0.0265	-0.0523	0.0262	0.0407	-0.0204	0.1662	-0.0378	0.198	-0.0382	-0.088	-0.1198	0.1343	-0.0138	-0	0.1309	-0.0314	-0.0082	0.0922	-0.0165	0.0922	0.8347	15.9171	47.4238
7	0.0193	-0.013	0.0115	-0.0076	-0.0146	0.0189	-0.0368	0.0348	0.0606	0.0965	-0.2303	0.0548	-0.0185	0.0203	0	0.2706	-0.1286	0.0888	0.1432	-0.0973	0.0401	-17.301	10.6052	61.2482
8	-0.004	-0.0077	0.0033	0.0172	0.0015	0.0211	-0.1416	-0.2852	-0.2055	-0.1601	0.0081	0.0951	-0.2282	-0.0586	0	0.1696	-0.0383	0.0473	0.1532	0.0342	0.3337	9.2377	5.965	41.3922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 153:204)	A	153 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 216:229)	A	216 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 230:238)	A	230 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 153:165)	B	153 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 166:206)	B	166 - 206
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 207:224)	B	207 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 225:237)	B	225 - 237
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 205:215)	A	205 - 215

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関連情報:EMDBヘッダ

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