PDB-3sw5: Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Bartonella he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sw5

タイトル

Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Bartonella henselae

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Bartonella henselae
著者: SSGCID / Gardberg, A. / Clifton, M.C. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2011年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sw5.cif.gz	408.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sw5.ent.gz	335.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3sw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3sw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fq3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ld3-1 1qez-d 1ude-1 3emj-1 1ygz-2 3d53-d 2bqx-1 3emj-2 2au7-1 2prd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.00347.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase

D: Inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase

F: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

123 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.860, 68.960, 74.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.37, 113.38, 119.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 200 / Label seq-ID: 1 - 200

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase 分子量: 20351.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 遺伝子: ppa, BH01690 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6G4Y0, UniProt: A0A0H3M4F9*PLUS, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.79 詳細: Internal tracking number 223591H12. Focus screen based on PACT D6. 100 mM MMT Buffer pH 9.79, 27.04 (%w/v) Polyethylene glycol 1500 BaheA00347aA1_PS00395 at 66.9 mg/ml., VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Internal tracking number 223591H12. Focus screen based on PACT D6. 100 mM MMT Buffer pH 9.79, 27.04 (%w/v) Polyethylene glycol 1500 BaheA00347aA1_PS00395 at 66.9 mg/ml., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.79
詳細: Internal tracking number 223591H12. Focus screen based on PACT D6. 100 mM MMT Buffer pH 9.79, 27.04 (%w/v) Polyethylene glycol 1500 BaheA00347aA1_PS00395 at 66.9 mg/ml., VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 68367 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.91

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2-2.05	3	0.404	2.6	14974	5016	95.2
2.05-2.11		0.297	3.7	14277	4836	93.4
2.11-2.17		0.235	4.3	14440	4833	95.6
2.17-2.24		0.201	5	13748	4617	95.3
2.24-2.31		0.152	6.9	13010	4419	92.8
2.31-2.39		0.133	7.2	13061	4387	96.1
2.39-2.48		0.111	8.6	12563	4219	96.7
2.48-2.58		0.095	9.9	12053	4044	96.3
2.58-2.7		0.088	10.9	11575	3900	96.2
2.7-2.83		0.071	13	11173	3774	96.6
2.83-2.98		0.055	16.2	10656	3625	96.9
2.98-3.16		0.048	18.3	9817	3350	96.6
3.16-3.38		0.041	21.3	9240	3174	96.7
3.38-3.65		0.037	24.3	8475	2943	95.6
3.65-4		0.034	26.4	7663	2662	95.8
4-4.47		0.03	28.4	7054	2429	96
4.47-5.16		0.03	29.3	6291	2167	96.6
5.16-6.32		0.031	28.6	5428	1878	97.2
6.32-8.94		0.032	29.7	4018	1397	96.7
8.94-50		0.033	30	1885	697	85.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	50.43 Å
Translation	2.5 Å	50.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FQ3

3fq3

解像度: 2→36.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.512 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	3442	5 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.187	68364	95.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.502 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0.2 Å²	1.38 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0.21 Å²
3-	-	-	2.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7936	0	54	296	8286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.972	11298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.886	3	13194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.793	5	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.922	24.89	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.48	15	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.01	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.771	1.5	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.186	1.5	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.429	2	8398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.238	3	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.598	4.5	2888

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2103 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
B	LOOSE POSITIONAL	0.2	5
C	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
D	LOOSE POSITIONAL	0.21	5
E	LOOSE POSITIONAL	0.27	5
F	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
A	LOOSE THERMAL	2.29	10
B	LOOSE THERMAL	1.49	10
C	LOOSE THERMAL	1.49	10
D	LOOSE THERMAL	1.58	10
E	LOOSE THERMAL	2.03	10
F	LOOSE THERMAL	1.61	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	246	-
R_work	0.261	4759	-
all	-	5005	-
obs	-	-	95.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1061	-0.0105	0.0386	1.3797	0.2067	0.7321	-0.0235	-0.1108	0.1701	0.0706	-0.0083	0.0604	-0.0177	-0.0734	0.0318	0.0457	0.0281	0.0079	0.0435	-0.0456	0.115	-14.338	39.475	-21.736
2	1.8658	-0.0711	-0.1774	1.04	0.577	1.0622	0.0442	0.3863	-0.1205	-0.0519	-0.1463	0.2123	-0.0791	-0.1723	0.1021	0.0177	0.0058	-0.0086	0.1745	-0.0979	0.1082	-22.061	18.406	-46.79
3	1.5503	-0.4159	0.0138	0.9726	-0.3862	0.8895	-0.0071	-0.1827	0.2679	0.0599	-0.0093	-0.1666	-0.0697	0.0566	0.0164	0.014	0.0011	-0.0122	0.0755	-0.0548	0.1313	17.415	29.693	-22.916
4	0.9342	-0.2714	-0.4418	1.0399	-0.0156	1.4872	0.0101	0.1176	-0.1544	-0.1548	-0.0919	0.0006	0.1361	-0.0444	0.0818	0.0557	0.0285	0.0196	0.0636	-0.0419	0.0841	9.438	7.653	-47.846
5	1.302	-0.1864	0.4405	0.8768	-0.0091	1.2407	0.042	0.3574	0.3138	-0.1619	-0.0848	-0.1642	-0.0672	0.0917	0.0429	0.1044	0.0455	0.055	0.1124	0.088	0.1505	2.646	39.953	-51.372
6	1.3938	-0.2064	-0.36	0.8343	0.3213	0.9646	-0.0993	-0.1775	-0.2891	0.1629	0.015	0.0832	0.1346	0.0209	0.0842	0.0783	-0.0094	0.0547	0.047	0.0353	0.1339	-6.873	7.45	-17.907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 174
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 174

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)