PDB-3sw3: EDTA-free crystal structure of the mutant C221D of carbapenemase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sw3

タイトル

EDTA-free crystal structure of the mutant C221D of carbapenemase CphA from Aeromonas hydrophila

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: EDTA-free crystal structure of the mutant C221D of carbapenemase CphA from Aeromonas hydrophila
著者: Delbruck, H. / Bebrone, C. / Hoffmann, K.M.V. / Galleni, M.

履歴

登録	2011年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sw3.cif.gz	96.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sw3.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sw3_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sw3_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	3sw3_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	3sw3_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3sw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3sw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x8gS 1x8h 3t9m S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fx7-4 2gxu-d 3nej-2 3oum-d 5tkm-2 2oxc-2 6kus-d 6s1g-d 4hjy-2 3v87-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.622, 65.021, 67.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase / carbapenemase CphA 分子量: 25232.764 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-254 / 変異: C221D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: cphA / プラスミド: pET9a-CphA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P26918, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Beta-lactamase / carbapenemase CphA

分子量: 25232.764 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-254 / 変異: C221D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: cphA / プラスミド: pET9a-CphA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P26918, beta-lactamase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 4.6 詳細: 0.05 M sodium acetate, 0.05 M potassium phosphate monobasic, 20% PEG8000, 2 mM zinc chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月9日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.61 Å / Num. obs: 9845 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.33 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_sym value: 0.264 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X8G

1x8g

解像度: 2.35→19.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 17.893 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	469	4.8 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.192	9323	99 %	-
all	-	9802	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.695 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1613	0	0	110	1723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.958	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.043	3	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.141	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.273	23.919	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.242	15	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.951	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.746	1.5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.209	1.5	417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.27	2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.141	3	645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.217	4.5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	41	-
R_work	0.186	653	-
obs	-	-	97.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7758	0.9	-0.815	2.6571	-1.4315	2.4616	-0.0107	-0.1831	-0.0548	0.1038	0.0463	-0.114	-0.1202	0.2305	-0.0356	0.1364	-0.009	-0.0027	0.2125	-0.0108	0.1835	23.99	4.988	18.303
2	1.2806	0.6992	0.3347	1.5942	1.8516	0.2445	0.0492	-0.038	0.0005	0.031	-0.0341	0.0145	-0.0582	-0.0713	-0.0152	0.1751	0.0082	0.0041	0.1813	-0.0022	0.1646	15.302	7.601	18.711
3	6.5338	0.3743	4.3279	4.3638	4.0191	2.0536	-0.0022	-0.1469	0.2215	-0.3155	-0.1886	0.0601	-0.0761	0.3186	0.1907	0.2668	-0.0356	0.0006	0.1985	-0.0273	0.1145	18.649	17.45	20.756
4	0.8599	0.8328	-0.4678	-0.0735	0.3344	1.801	-0.0604	-0.0285	-0.0085	-0.067	0.1036	0.0591	-0.118	-0.0952	-0.0432	0.1993	0.0315	-0.005	0.1861	-0.0056	0.1563	11.478	4.998	11.96
5	1.888	1.8053	-0.4794	1.3586	-2.8484	4.6363	-0.0355	0.1471	-0.1049	-0.1959	-0.1135	0.0031	0.1703	-0.2605	0.149	0.1426	0.017	-0.0082	0.2149	-0.0271	0.1947	7.009	-2.836	3.619
6	6.5706	-3.6448	3.0685	8.5878	-3.4745	3.6989	-0.0819	-0.4095	-0.3542	0.0279	0.3756	0.176	0.3065	-0.3566	-0.2938	0.1493	-0.0468	0.0091	0.163	-0.0209	0.1243	7.382	-8.988	17.478
7	2.2731	-0.4955	1.2892	2.3905	-0.1029	2.2551	0.314	0.3058	-0.0945	-0.2118	-0.1549	-0.0519	-0.4505	-0.2382	-0.1591	0.2584	0.0442	-0.0244	0.1465	0.0026	0.1229	13.161	8.859	1.165
8	9.0159	2.538	7.3466	19.5203	-22.851	13.2537	-0.3729	0.5182	0.4261	-0.624	-0.1841	-0.6995	-0.1564	0.7889	0.5569	0.2765	-0.0328	0.0477	0.103	0.0296	0.1874	23.724	13.619	2.092
9	-0.823	-1.4013	-0.3804	0.6159	1.2094	1.0662	0.0588	-0.0322	-0.0698	-0.2031	-0.1112	-0.1022	-0.0395	0.1176	0.0524	0.1595	-0.0219	-0.0052	0.202	0.0086	0.1884	24.034	1.516	2.507
10	5.72	-3.1869	-3.7641	9.5697	-2.1531	6.8914	-0.1401	-0.1258	0.0574	0.2855	-0.191	-0.7523	0.2027	0.3693	0.3311	0.0597	-0.0123	-0.0163	0.2091	0.0283	0.2025	32.25	-3.545	6.544
11	3.495	-0.3521	1.8266	2.2157	-1.1002	3.5591	-0.0356	0.3059	-0.1719	-0.1601	0.0632	-0.0796	0.5035	0.2866	-0.0275	0.1373	0.0414	0.0557	0.193	0.0081	0.1702	29.841	-8.509	-1.272
12	5.0786	0.6312	-5.3082	3.1904	-0.0466	14.2015	0.0486	0.0302	-0.1966	0.0991	-0.1517	-0.4309	-0.1813	0.6711	0.1031	-0.0124	-0.0181	0.0056	0.1817	-0.0118	0.2069	31.778	1.233	4.195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	137 - 152
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	153 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	171 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	184 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	190 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	217 - 231
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	232 - 249
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	250 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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