[日本語] English
万見
- PDB-3sw1: Structure of a full-length bacterial LOV protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sw1
タイトルStructure of a full-length bacterial LOV protein
要素Sensory box protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / light-oxygen-voltage / LOV / PAS
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Granzin, J. / Batra-Safferling, R. / Jaeger, K.-E. / Drepper, T. / Krauss, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Slow Dark Recovery of a Full-Length LOV Protein from Pseudomonas putida.
著者: Circolone, F. / Granzin, J. / Jentzsch, K. / Drepper, T. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Krauss, U. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensory box protein
B: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1484
ポリマ－37,2362
非ポリマー9132
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.067, 55.067, 221.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:134 )
211chain B and (resseq 1:134 )

-
要素

#1: タンパク質 Sensory box protein / light-oxygen-voltage (LOV) photoreceptor


分子量: 18617.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
株: KT2440 / 遺伝子: PP4629 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris, 8-18% w/v PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月6日
詳細: Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry as the focusing system
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→55.5 Å / Num. all: 11307 / Num. obs: 11307 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 63.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 506 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_632)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N9L

1n9l


解像度: 2.63→46.626 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 541 4.82 %RANDOM
Rwork0.2104 ---
all0.2118 11307 --
obs0.2118 11233 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.826 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1026 Å20 Å2-0 Å2
2--2.1026 Å2-0 Å2
3----4.2053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→46.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 62 15 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3162986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.191900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005389
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6301-2.89480.37941130.31212684279799
2.8948-3.31350.27541530.245126462799100
3.3135-4.17430.231420.191426732815100
4.1743-46.63290.21151330.19392689282299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る