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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3svw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the P107V-MauG/pre-Methylamine Dehydrogenase Complex | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / MauG / methylamine dehydrogenase / c-heme / quinone cofactor / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jensen, L.M.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Proline 107 is a major determinant in maintaining the structure of the distal pocket and reactivity of the high-spin heme of MauG. 著者: Feng, M. / Jensen, L.M. / Yukl, E.T. / Wei, X. / Liu, A. / Wilmot, C.M. / Davidson, V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 714.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 581.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 86.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 130.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 41148.645 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-387 / 変異: P107V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG, Pden_4736 / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 15025.595 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-188 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Immature MADH (preMADH) was produced in the absence of the mauG gene. Trp57 is monohydroxylated at the C7 position. 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauA / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 42449.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-417 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Immature MADH (preMADH) was produced in the absence of the mauG gene. The alpha subunit has the wild-type sequence. 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 2126分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
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![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-HEC / #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-ACT / | #11: 化合物 | ChemComp-MES / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: Drops contained 1uL protein with 3uL reservoir solution. Protein solution: 100uM P107V-MauG and 50uM preMADH in 10mM potassium phosphate pH 7.5. Reservoir solution contained: 23% w/v PEG ...詳細: Drops contained 1uL protein with 3uL reservoir solution. Protein solution: 100uM P107V-MauG and 50uM preMADH in 10mM potassium phosphate pH 7.5. Reservoir solution contained: 23% w/v PEG 8000, 0.1M sodium acetate, 0.1M MES pH 6.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月29日 / 詳細: Biomorph mirrors (Kirkpatrick-Baez configuration) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 149957 / Num. obs: 145458 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 7530 / Rsym value: 0.118 / % possible all: 86.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3L4M 解像度: 1.86→33.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.965 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.366 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→33.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.862→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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