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- PDB-3sv9: Crystal structure of NS3/4A protease variant A156T in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sv9
タイトルCrystal structure of NS3/4A protease variant A156T in complex with Telaprevir
要素NS3 protease, NS4A protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / serine protease / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / : / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Hepatitis C virus NS3 protease / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SV6 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Romano, K.P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: The Molecular Basis of Drug Resistance against Hepatitis C Virus NS3/4A Protease Inhibitors.
著者: Romano, K.P. / Ali, A. / Aydin, C. / Soumana, D. / Ozen, A. / Deveau, L.M. / Silver, C. / Cao, H. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease, NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4695
ポリマ－21,5331
非ポリマー9354
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.837, 58.676, 60.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NS3 protease, NS4A protein


分子量: 21533.355 Da / 分子数: 1
断片: NS4A (UNP residues 1674-1688), NS3 (UNP residues 1027-1208)
変異: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, I1044E, L1047Q, A1066T, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S, C1679S, V1686I, I1687N, A1156T
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: subtype 1a, BID-V318 / 遺伝子: NS3-NS4A / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8DG50

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非ポリマー , 5種, 139分子

#2: 化合物 ChemComp-SV6 / (1S,3aR,6aS)-2-[(2S)-2-({(2S)-2-cyclohexyl-2-[(pyrazin-2-ylcarbonyl)amino]acetyl}amino)-3,3-dimethylbutanoyl]-N-[(2R,3S)-1-(cyclopropylamino)-2-hydroxy-1-oxohexan-3-yl]octahydrocyclopenta[c]pyrrole-1-carboxamide / TELAPREVIR, bound form


タイプ: peptide-like / 分子量: 681.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H55N7O6
コメント: 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細TELAPREVIR IS A LINEAR, PEPTIDOMIMETIC HCV NS3/4A PROTEASE INHIBITOR FROM VERTEX. TELAPREVIR WAS ...TELAPREVIR IS A LINEAR, PEPTIDOMIMETIC HCV NS3/4A PROTEASE INHIBITOR FROM VERTEX. TELAPREVIR WAS FDA APPROVED FOR CLINICAL USE IN HUMANS. THE DRUG MIMICS THE PEPTIDE BACKBONE OF PROTEINS, ALTHOUGH THE DRUG MOIETIES CANNOT BE SEQUENCED USING AMINO ACID NOMENCLATURE. THE A156T MUTATION STERICALLY HINDERS THE EFFICIENT BINDING OF TELAPREVIR. THUS THE ELECTRON DENSITY FOR TELAPREVIR IS SUBOPTIMAL IN SECTIONS, MOST NOTABLY AT THE CYCLOHEXYL AND PYRAZINE DRUG MOIETIES. THIS OBSERVATION EXPLAINS THE HIGH REAL SPACE R-VALUE OF THIS DATASET, AND IS ALSO CONSISTENT WITH THE AUTHORS MOLECULAR INTERPRETATIONS. THE A156T MUTATION CONFERS DRAMATIC TELAPREVIR RESISTANCE DUE TO DIRECT STERIC EFFECTS IMPEDING BINDING
配列の詳細THE COFACTOR 4A RESIDUES 986-1000 (MET LYS LYS LYS GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN ...THE COFACTOR 4A RESIDUES 986-1000 (MET LYS LYS LYS GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY CORRESPOND TO RESIDUES NUMBERING 1674-1688 OF DATABASE SEQUENCE REFERENCE (UNP A8DG50). THIS PEPTIDE IS COVALENTLY LINKED TO THE N-TERMINUS OF NS3. C1679S MUTATION WAS ENGINEERED TO PREVENT DISULFIDE FORMATION. THE V1686I AND I1687N WERE ENGINEERED TO OPTIMIZE THE LINKER BETWEEN THE COFACTOR 4A AND NS3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1M MES (pH 6.5), 4% ammonium sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器日付: 2011年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 26564 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.665.60.53326011.0021100
1.66-1.725.60.4126231.0021100
1.72-1.85.60.29826121.0011100
1.8-1.95.60.21626360.9991100
1.9-2.025.60.159264211100
2.02-2.175.60.11926381.0021100
2.17-2.395.60.09826431.002199.9
2.39-2.745.50.08226720.997199.9
2.74-3.455.50.05326951199.9
3.45-505.30.03428021.001198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.2187 / WRfactor Rwork: 0.1878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8869 / SU B: 3.079 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0833 / SU Rfree: 0.0821 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1974 1331 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.1733 26419 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.49 Å2 / Biso mean: 26.4839 Å2 / Biso min: 11.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å20 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 61 135 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211531
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9892094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8433.0072394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.75122.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16215219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3571511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6371.5995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1671.5412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16221601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7213536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7764.5488
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.638 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 90 -
Rwork0.204 1728 -
all-1818 -
obs--93.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.78193.079-9.595451.476510.488515.65611.7451-1.6647-1.3529-2.3889-1.0571-0.6916-0.3706-0.5466-0.68790.5393-0.1381-0.08470.21330.2530.3528.2767-22.7134-4.4087
21.48830.4209-1.94154.44220.37192.924-0.20.184-0.06-0.36140.089-0.04870.14430.11410.1110.089-0.00610.02510.13530.00270.09345.1832-9.574511.5921
33.76270.1795-0.79914.1997-0.30261.7193-0.0013-0.4770.32230.6424-0.0484-0.0271-0.18290.20160.04970.2146-0.01920.01290.1472-0.02320.12830.73995.92226.4446
40.7243-0.9032-2.07469.37254.6523.4602-0.0548-0.07240.031-0.43860.0292-0.1981-0.03180.14060.02560.15690.01950.03650.13260.04390.12917.85760.519611.1748
54.6288-0.56431.20047.45122.53412.14860.00930.11460.1022-0.3731-0.155-0.2785-0.14370.27450.14570.06070.00740.07650.09270.03040.12612.2822-7.29411.6996
621.40483.1789-5.58894.5750.02755.46060.0465-0.36580.46430.1911-0.0651-0.3597-0.22080.25590.01870.103-0.0354-0.01810.06290.01250.12655.9831-1.710826.1655
72.3199-1.0740.5363.9425-0.569411.12590.250.1986-0.0893-0.3423-0.1157-0.03170.3-0.4119-0.13430.08890.0090.01130.12620.02170.0857-0.3603-5.211812.9872
81.2223-0.2442-0.52281.15250.51190.33310.03270.0189-0.0434-0.0005-0.0392-0.014-0.0058-0.00280.00650.08740.0067-0.00030.08880.00560.0878-2.0002-11.844921.4769
92.38221.2388-0.77561.9518-0.35571.27350.0312-0.0892-0.1041-0.0793-0.1007-0.17560.07810.12550.06950.0730.01610.00370.0920.01090.11686.374-16.232418.3215
101.74220.82080.69591.88291.47741.99790.0501-0.0609-0.06230.0687-0.1195-0.05890.03490.03950.06930.080.0098-0.00390.09110.01460.1010.3189-13.561424.0743
112.8422-0.6124-0.52621.4909-1.51942.76510.0478-0.29730.24350.0804-0.06710.0208-0.01640.09540.01930.0869-0.01080.02270.1449-0.04680.0854-11.8095-5.392935.8044
127.38024.5565-4.22864.8641-2.928415.53110.1360.12590.5295-0.3551-0.01850.3889-0.11530.2122-0.11760.12590.01990.01460.09260.01370.1786-7.07593.243720.9136
133.15840.7204-1.36782.6662-1.18721.38090.1394-0.02580.22980.0748-0.01560.0043-0.0601-0.0235-0.12380.06110.00420.02670.1192-0.00050.0941-18.2139-4.847430.1116
146.1349-4.71681.72229.9592-6.69843.40720.32250.15860.0116-0.3317-0.12170.33030.09480.0163-0.20070.16930.0416-0.00120.13610.00570.1264-21.2672-1.461325.4801
1513.7321-9.68445.58759.5565-6.60864.2376-0.2294-0.01470.42710.28820.2772-0.1576-0.2027-0.1914-0.04780.13340.02430.00840.13720.03980.1275-13.62730.858716.7282
163.88510.4018-3.8481.47293.62414.28570.2197-0.240.33940.032-0.01220.0865-0.05350.1724-0.20750.1005-0.00990.0310.1331-0.03090.1178-8.3937-3.642933.5832
174.1923-2.4226-0.02560.8292-1.31237.2869-0.02930.11650.1045-0.0477-0.1368-0.04010.27690.02840.1660.0932-0.02630.01190.11550.00460.1038-10.6088-9.190625.4993
188.94020.1286.33316.1936-6.56438.75390.21310.6711-0.4986-0.27260.41410.58640.5505-0.1387-0.62720.09170.0009-0.01710.37750.04880.1189-21.66-4.909115.8658
195.0594-2.56221.22663.0672-2.49312.40690.11270.2119-0.1459-0.02120.06120.2195-0.0531-0.1356-0.17380.12360.03110.00260.15180.02120.0935-17.8119-6.78322.5511
2011.4819-4.5403-4.74295.5-1.06033.8437-0.3543-0.5155-0.49980.15270.12940.18650.21750.17170.22480.1754-0.0135-0.0110.12580.04780.1027-6.6973-17.8231.3271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A982 - 987
2X-RAY DIFFRACTION2A988 - 995
3X-RAY DIFFRACTION3A996 - 1008
4X-RAY DIFFRACTION4A1009 - 1017
5X-RAY DIFFRACTION5A1018 - 1027
6X-RAY DIFFRACTION6A1028 - 1033
7X-RAY DIFFRACTION7A1034 - 1042
8X-RAY DIFFRACTION8A1043 - 1061
9X-RAY DIFFRACTION9A1062 - 1077
10X-RAY DIFFRACTION10A1078 - 1094
11X-RAY DIFFRACTION11A1095 - 1106
12X-RAY DIFFRACTION12A1107 - 1112
13X-RAY DIFFRACTION13A1113 - 1122
14X-RAY DIFFRACTION14A1123 - 1129
15X-RAY DIFFRACTION15A1130 - 1140
16X-RAY DIFFRACTION16A1141 - 1149
17X-RAY DIFFRACTION17A1150 - 1155
18X-RAY DIFFRACTION18A1156 - 1162
19X-RAY DIFFRACTION19A1163 - 1170
20X-RAY DIFFRACTION20A1171 - 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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