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- PDB-3suc: Crystal structure of the pre-mature bacteriophage phi29 gene prod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3suc
タイトルCrystal structure of the pre-mature bacteriophage phi29 gene product 12
要素Preneck appendage protein
キーワードVIRAL PROTEIN / BETA HELIX / BETA BARREL / ATP BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Insect antifreeze protein / Virus Head Decoration Protein; Chain: A, / Head decoration protein D / Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / succinate dehydrogenase protein domain / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats ...Insect antifreeze protein / Virus Head Decoration Protein; Chain: A, / Head decoration protein D / Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / succinate dehydrogenase protein domain / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Rhinovirus 14, subunit 4 / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Pre-neck appendage protein / Pre-neck appendage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Xiang, Y. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Crystallographic Insights Into the Autocatalytic Assembly Mechanism of a Bacteriophage Tail Spike
著者: Xiang, Y. / G Leiman, P. / Li, L. / Grimes, S. / Anderson, D.L. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年8月3日ID: 3GQN
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0025
ポリマ－82,4061
非ポリマー5964
水1,31573
1
A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子

A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子

A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,00715
ポリマ－247,2193
非ポリマー1,78812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area36770 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area67270 Å2
手法PISA
2
A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,01330
ポリマ－494,4386
非ポリマー3,57524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area74610 Å2
ΔGint-560 kcal/mol
Surface area133470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.889, 95.889, 795.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Preneck appendage protein


分子量: 82406.320 Da / 分子数: 1 / 断片: D1*D2D3D4, RESIDUES 89-854 / 変異: K166R, K627Q, E695Q, D701G, G817S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 遺伝子: 12 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: B3VMP8, UniProt: P20345*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.0 M Sodium Acetate at pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.27 Å / Num. obs: 68349 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 17.143
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / % possible all: 57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3GQ7, 3GQH

3gq7

3gqh


解像度: 2.15→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 12.931 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2533 5 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.262 50808 65.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å21.11 Å20 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3----3.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5746 0 34 73 5853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.958021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84524.598261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.915943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5561533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.22700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1890.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5751.53860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94226074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54632286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.44.51942
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 5 -
Rwork0.295 157 -
obs--2.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.14716.1569-0.57615.6898-0.245236.3394-0.1064-0.53950.36650.4020.01680.0055-0.1122-0.46850.08960.19630.08660.10320.263800.252435.1788-28.7832115.2963
20.7764-0.1149-0.36771.02770.46675.5899-0.0456-0.3721-0.15030.3984-0.03180.15990.6087-0.87890.0774-0.0112-0.16170.06530.1170.04530.056333.5534-37.463475.6968
30.90210.2121-0.0680.4026-0.24414.7220.08650.07360.08470.0093-0.01250.1055-0.2838-0.3448-0.074-0.3780.04180.0053-0.45380.00490.041741.0065-20.479817.2156
43.9066-0.8452-1.6921.07960.95031.8379-0.074-0.0924-0.45320.145-0.09010.02240.4029-0.02360.1642-0.17180.0279-0.0383-0.17250.01340.169549.7157-39.7541-21.3648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2A135 - 547
3X-RAY DIFFRACTION3A548 - 681
4X-RAY DIFFRACTION4A682 - 854

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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