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- PDB-3stq: Hypothetical protein PA2703 Pseudomonas aeruginosa PAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3stq
タイトルHypothetical protein PA2703 Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTOXIN / coiled-coil / toxin-antitoxin system / Tsi2-Tse2 / T6SS / toxin immunity
機能・相同性Helix Hairpins - #2500 / Tse2 immunity protein Tsi2 / : / : / T6SS, Immune protein Tsi2-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Immune protein Tsi2
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.284 Å
データ登録者Zou, T.T. / Wang, M.T. / Jin, Q. / Cui, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Tsi2 reveals a stably folded superhelical antitoxin
著者: Zou, T.T. / Yao, X. / Qin, B. / Zhang, M. / Cai, L.F. / Shang, W. / Svergun, D.I. / Wang, M.T. / Cui, S. / Jin, Q.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8876
ポリマ－67,8876
非ポリマー00
水3,027168
1
A: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6292
ポリマ－22,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6292
ポリマ－22,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6292
ポリマ－22,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556-x+1/2,y,-z+11
Buried area2820 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
4
D: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6292
ポリマ－22,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_656-x+3/2,y,-z+11
Buried area2840 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.897, 113.265, 143.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein / Tsi2


分子量: 11314.463 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2703 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9I0D9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 100mM Citric acid, 16%(v/v) MPD, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射モノクロメーター: Double Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→88.9 Å / Num. obs: 34226 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.73 % / Biso Wilson estimate: 44.168 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.69
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique all: 10379 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.284→88.899 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8411 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 22.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 1710 5 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.2095 34218 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.367 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.13 Å2 / Biso mean: 47.6666 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3994 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.8293 Å2-0 Å2
3----2.5701 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.284→88.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3926 0 0 168 4094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0965425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0611524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2836-2.35080.24321360.22352573270996
2.3508-2.42660.29331420.214827012843100
2.4266-2.51340.24471400.216126682808100
2.5134-2.6140.2711420.21827012843100
2.614-2.7330.26641410.219926702811100
2.733-2.87710.23941430.214827202863100
2.8771-3.05740.24271420.216726922834100
3.0574-3.29340.26771430.20727192862100
3.2934-3.62490.24571420.203627002842100
3.6249-4.14940.22211440.189727272871100
4.1494-5.22770.19961450.183227602905100
5.2277-88.96670.23051500.229228773027100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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