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万見
- PDB-3sta: Crystal structure of ClpP in tetradecameric form from Staphylococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sta
タイトルCrystal structure of ClpP in tetradecameric form from Staphylococcus aureus
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / ATPase-dependent Clp protease
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zhang, J. / Ye, F. / Lan, L. / Jiang, H. / Luo, C. / Yang, C.-G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural switching of Staphylococcus aureus Clp protease: a key to understanding protease dynamics
著者: Zhang, J. / Ye, F. / Lan, L. / Jiang, H. / Luo, C. / Yang, C.-G.
履歴
登録2011年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,52914
ポリマ－303,52914
非ポリマー00
水12,358686
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53480 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area90810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.572, 96.292, 192.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 21680.662 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MW2 / 遺伝子: clpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63786, endopeptidase Clp
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 3000, 100mM cacodylate, 200mM magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 163120 / Num. obs: 155453 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1.2 / Observed criterion σ(I): 1.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 7.765 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.2 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26946 6877 5 %RANDOM
Rwork0.22414 ---
obs0.22641 129699 97.31 %-
all-133284 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.67 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19976 0 0 686 20662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02220342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9931.97427476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.06752605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7725.358909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.785153747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.42315113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.23196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0215067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.29604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.214120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.331.513379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.566220763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74337770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2724.56696
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.338 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 446 -
Rwork0.282 8407 -
obs--86.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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