PDB-3st3: Dreiklang - off state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3st3

タイトル

Dreiklang - off state

要素

Dreiklang

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GFP-like / beta barrel / Reversibly switchable fluorescent protein / Anthozoa / fluorescent dyes / luminescent protein

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Brakemann, T. / Weber, G. / Andresen, M. / Stiel, A.C. / Jakobs, S. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2011
タイトル: A reversibly photoswitchable GFP-like protein with fluorescence excitation decoupled from switching.
著者: Brakemann, T. / Stiel, A.C. / Weber, G. / Andresen, M. / Testa, I. / Grotjohann, T. / Leutenegger, M. / Plessmann, U. / Urlaub, H. / Eggeling, C. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Jakobs, S.

履歴

登録	2011年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3st3.cif.gz	315.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3st3.ent.gz	258.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3st3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3st3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3st3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3st2C 3st4C 1huy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3st2-3 3st2-1 4jk8-1 4jk7-1 1e0a-d 3st4-1 4jk9-2 4jkh-2 3st4-2 4jkb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dreiklang

B: Dreiklang

C: Dreiklang

ヘテロ分子

86.9 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Dreiklang

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dreiklang

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dreiklang

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.030, 135.340, 81.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-555- HOH
2	1	A-786- HOH
3	1	B-774- HOH

#1: タンパク質	Dreiklang 分子量: 28558.262 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15 % (w/v) PEG 3350, 0.2M KH2PO4, 3% (w/v) D-trehalose dihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 83041 / Num. obs: 82517 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.79 / Observed criterion σ(I): 1.79 / R_merge(I) obs: 0.071
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique all: 12905 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_353)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.702→41.292 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1911	4126	5 %	random
R_work	0.1591	-	-	-
obs	0.1608	82512	99.71 %	-
all	-	82517	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.508 Å² / k_sol: 0.356 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0843 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7145 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.702→41.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5614	0	65	718	6397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.352	8306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.54	2329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1082

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.702-1.722	0.3294	137	0.2794	2612	X-RAY DIFFRACTION	97
1.722-1.743	0.2725	140	0.256	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
1.743-1.7651	0.2454	140	0.2236	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7651-1.7883	0.2601	141	0.2153	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7883-1.8128	0.2484	140	0.2053	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8128-1.8387	0.2521	141	0.206	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8387-1.8662	0.2618	140	0.1953	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8662-1.8953	0.2249	143	0.1804	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8953-1.9264	0.211	140	0.1719	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9264-1.9596	0.2402	141	0.1674	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9596-1.9952	0.236	141	0.1621	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9952-2.0336	0.211	141	0.1615	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0336-2.0751	0.1855	142	0.1508	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0751-2.1203	0.1824	141	0.1434	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1203-2.1696	0.1665	142	0.1341	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1696-2.2238	0.1745	141	0.1382	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2238-2.2839	0.1842	141	0.1364	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2839-2.3511	0.1891	143	0.1506	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3511-2.427	0.2093	142	0.1519	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.5138	0.1977	143	0.1462	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5138-2.6144	0.1771	142	0.1449	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6144-2.7334	0.1829	142	0.1491	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7334-2.8774	0.1998	144	0.1533	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8774-3.0577	0.182	142	0.1588	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0577-3.2936	0.1652	144	0.1456	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2936-3.6249	0.1541	145	0.1394	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6249-4.149	0.1511	145	0.128	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.149-5.2257	0.1311	148	0.1192	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2257-41.3045	0.2125	154	0.1871	2915	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7355	-0.0059	-0.1451	0.9463	0.596	1.0789	0.028	-0.0457	0.0362	0.0569	0.0061	-0.099	-0.0054	0.0906	-0.0457	0.0667	-0.0142	-0.0108	0.0719	-0.0127	0.088	14.5431	0.4055	38.9117
2	0.8363	-0.0011	0.2882	1.0758	-0.146	0.5961	0.1424	0.0367	-0.1005	-0.0335	-0.0883	-0.0924	0.1066	0.0406	-0.0542	0.0764	0.03	-0.0269	0.0652	-0.0132	0.0565	26.0977	22.1708	62.1371
3	0.7255	0.0323	-0.2444	1.3813	-0.1875	0.996	0.0799	0.0118	0.0411	0.0645	-0.014	0.2389	-0.0105	-0.0872	-0.0587	0.0506	0.0029	0.0259	0.0825	0.0133	0.083	7.3983	43.6779	67.0019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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