PDB-3ssu: Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ssu

タイトル

Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment

要素

Vimentin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / intermediate filament / alpha-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / microtubule organizing center / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Nicolet, S. / Chernyatina, A.A. / Strelkov, S.V.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Atomic structure of the vimentin central alpha-helical domain and its implications for intermediate filament assembly.
著者: Chernyatina, A.A. / Nicolet, S. / Aebi, U. / Herrmann, H. / Strelkov, S.V.

履歴

登録	2011年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ssu.cif.gz	51.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ssu.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ssu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ssu_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ssu_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	3ssu_validation.xml.gz	5 KB	表示
CIF形式データ	3ssu_validation.cif.gz	5.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ssu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ssu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s4rC 3swkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g1j-d 1g1i-d 5f9i-1 3a2a-2 3q69-d 3r62-1 5eqz-d 5a17-d 5x9x-d 3a2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vimentin

B: Vimentin

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.600, 83.497, 118.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Vimentin 分子量: 11138.536 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 99-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLJ36605, VIM / プラスミド: pPEP-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08670

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.55	51.68
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6	0.04M calcium acetate, 0.1M MES pH 6, isopropanol 6%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.5	0.06M calcium acetate, 0.1M MES pH 5.5, isopropanol 6%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06DA	1	0.9786
シンクロトロン	SLS	X06DA	2	0.9392
シンクロトロン	SLS	X06DA	3	0.97625

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2005年7月5日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2005年7月5日
MARMOSAIC 225 mm CCD	3	CCD	2005年4月25日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Bartels Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Bartels Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	Bartels Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9786	1
2	0.9392	1
3	0.97625	1

Reflection

冗長度: 12.8 % / Av σ(I) over netI: 25.15 / 数: 60764 / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 2.22 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 4745 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.13	50	96.4	1	0.054	4.146	9
6.46	8.13	100	1	0.066	3.897	10.9
5.64	6.46	100	1	0.1	3.349	11.8
5.13	5.64	100	1	0.102	3.282	12.4
4.76	5.13	100	1	0.08	3.364	12.4
4.48	4.76	100	1	0.079	3.077	13
4.26	4.48	100	1	0.087	3.027	13.3
4.07	4.26	100	1	0.085	2.552	13.4
3.91	4.07	100	1	0.082	2.228	13.8
3.78	3.91	100	1	0.093	2.176	13.9
3.66	3.78	100	1	0.098	2.065	13.9
3.56	3.66	100	1	0.131	1.612	13.9
3.46	3.56	100	1	0.14	1.608	14.2
3.38	3.46	100	1	0.194	1.513	13.9
3.3	3.38	100	1	0.233	1.28	13.9
3.23	3.3	100	1	0.278	1.201	13.6
3.17	3.23	100	1	0.253	1.211	13.2
3.11	3.17	100	1	0.322	1.199	12.7
3.05	3.11	98.7	1	0.306	1.11	12.4
3	3.05	97.9	1	0.277	1.151	11.1

反射

解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 7261 / Num. obs: 7261 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_sym value: 0.072 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	R_sym value	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	5.6	358	0.599	0.735	1,2,3	100
2.64-2.69	5.5	371	0.643	0.828	1,2,3	100
2.69-2.74	5.7	338	0.496	0.664	1,2,3	100
2.74-2.8	5.6	361	0.374	0.71	1,2,3	100
2.8-2.86	5.6	352	0.303	0.879	1,2,3	100
2.86-2.93	5.6	358	0.282	0.799	1,2,3	100
2.93-3	5.6	348	0.199	0.792	1,2,3	100
3-3.08	5.6	355	0.186	0.852	1,2,3	100
3.08-3.17	5.6	368	0.157	0.771	1,2,3	100
3.17-3.28	5.6	354	0.135	0.822	1,2,3	100
3.28-3.39	5.6	356	0.117	0.79	1,2,3	100
3.39-3.53	5.6	367	0.091	0.943	1,2,3	100
3.53-3.69	5.5	355	0.162	2.269	1,2,3	100
3.69-3.88	5.5	361	0.05	1.054	1,2,3	100
3.88-4.12	5.5	368	0.047	1.154	1,2,3	100
4.12-4.44	5.4	361	0.051	1.387	1,2,3	100
4.44-4.89	5.4	369	0.052	1.768	1,2,3	100
4.89-5.59	5.4	380	0.055	1.655	1,2,3	100
5.59-7.03	5.3	379	0.039	0.962	1,2,3	100
7.03-30	4.8	402	0.016	0.761	1,2,3	98

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 4707

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.49-100	78.7	0.508	501
5.12-6.49	74.1	0.559	501
4.46-5.12	71.5	0.542	502
4.04-4.46	67.8	0.532	501
3.74-4.04	73.2	0.538	501
3.51-3.74	69.3	0.486	502
3.33-3.51	91.2	0.443	506
3.18-3.33	89.9	0.423	504
3.01-3.18	95.6	0.367	689

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
GO.COM		データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.603→24.293 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2719	722	9.97 %
R_work	0.2369	-	-
obs	0.2403	7244	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.365 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 228.09 Å² / B_iso mean: 93.7573 Å² / B_iso min: 32.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.238 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	30.5024 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.2644 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→24.293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	730	0	0	0	730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	106
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	133
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.766	311

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.603-2.8037	0.3942	141	0.3486	1281	1422
2.8037-3.0854	0.2783	141	0.2535	1265	1406
3.0854-3.5306	0.2924	143	0.2588	1299	1442
3.5306-4.4438	0.224	144	0.2003	1301	1445
4.4438-24.2944	0.2776	153	0.2305	1376	1529

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6474	3.0969	7.1683	8.2594	3.9212	2.0045	-0.5853	-0.7988	0.0151	-0.943	-0.0563	-1.0813	0.1193	-1.153	0.6933	0.916	0.0999	0.0564	0.8958	-0.6696	0.7693	1.6542	4.7815	28.7714
2	2.6173	1.4098	1.915	3.1219	0.7159	1.0783	-0.1988	0.5716	-0.14	0.1925	0.3605	-0.0313	-0.0846	0.6203	-0.1723	0.2573	-0.0008	0.0087	0.3703	0.029	0.2299	-1.607	-8.2632	8.8843
3	-0.0103	-0.0994	0.0799	0.4698	0.0633	0.6895	0.2728	2.1419	-0.732	0.029	-0.0535	-0.6583	0.113	1.1631	-0.2003	0.173	0.0271	0.0117	0.9046	-0.1903	0.4279	-6.3381	-24.3759	-11.9603
4	2.7687	-0.9617	0.5886	2.5316	0.384	1.1163	-0.7176	0.1073	0.1609	0.2941	1.2437	0.1511	-0.5271	0.8266	-0.5103	0.8688	0.3092	0.1172	1.1525	-0.1627	0.7911	-10.293	1.6701	22.5953
5	0.55	-1.5209	-0.4621	4.4283	3.1122	3.8506	0.3604	-0.2867	-0.1649	0.1633	-0.616	0.2584	0.0268	-1.2373	0.2591	0.2763	-0.0119	-0.0153	0.5252	-0.0704	0.3111	-8.1778	-16.1984	8.7058
6	6.4846	-2.9949	4.8536	7.3416	-6.0879	6.176	-0.2064	-1.6466	-1.7546	-1.1016	0.1342	2.18	0.0126	-0.9539	0.4255	0.2279	-0.0313	-0.0655	0.4828	-0.3892	0.7529	-4.6852	-32.7508	-3.7825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 144:154)	A	144 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 155:176)	A	155 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 177:189)	A	177 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 147:159)	B	147 - 159
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 160:179)	B	160 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 180:187)	B	180 - 187

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