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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sso | ||||||
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タイトル | MycE Methyltransferase from the Mycinamycin Biosynthetic Pathway in Complex with Mg and SAH, Crystal form 2 | ||||||
![]() | Methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / macrolide / natural product / Rossmann Fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase / mycinamicin VI 2''-O-methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methylation / protein homotetramerization / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akey, D.L. / Smith, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A new structural form in the SAM/metal-dependent o‑methyltransferase family: MycE from the mycinamicin biosynthetic pathway. 著者: Akey, D.L. / Li, S. / Konwerski, J.R. / Confer, L.A. / Bernard, S.M. / Anzai, Y. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 900.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47035.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mycE / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q83WF2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20%-25% PEG 3350, 0.15 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.895→50 Å / Num. all: 225078 / Num. obs: 216642 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.782 / Net I/σ(I): 9.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.85 Å2 / Biso mean: 28.8522 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.895→49.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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