PDB-3sry: Engineered high-affinity halide-binding protein derived from YFP:...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sry

タイトル

Engineered high-affinity halide-binding protein derived from YFP: halide-free

要素

Green fluorescent protein

キーワード

HALIDE BINDING PROTEIN / beta barrel / luminescent protein / yellow fluorescent protein / imaging reagent

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.159 Å

データ登録者

Wang, W. / Grimley, J.S. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Determination of engineered chloride-binding site structures in fluorescent proteins reveals principles of halide recognition
著者: Wang, W. / Grimley, J.S. / Augustine, G.J. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.

履歴

登録	2011年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sry.cif.gz	161.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sry.ent.gz	127.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sry_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sry_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	3sry_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	3sry_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3sry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3sry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ss0C 3sshC 3sskC 3sslC 3sspC 3sstSC 3ssvC 3ssyC 3svbC 3svcC 3svdC 3sveC 3st0 3sv5 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ssh-d 3ssl-d 3ss0-d 3ssk-d 7a7o-d 3ako-1 7a82-d 7a8a-d 5dpg-d 7a8f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.233, 62.506, 69.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 29305.750 Da / 分子数: 1 / 変異: S72A, K79R, Q183A, T203Y, H231L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	UNP RESIDUE SER65 UNDERWENT MUTATION TO GLY. GLY65, TYR66, AND GLY67 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE (CR2).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.39 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 17% PEG3000, 150 mM sodium acetate, 90 mM magnesium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.159→46.53 Å / Num. obs: 73705 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 16.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.16-1.18	2.5	0.45	2228	0.954	1	58
1.18-1.2	3	0.452	2643	0.923	1	68.3
1.2-1.22	3.8	0.413	3053	0.879	1	78.8
1.22-1.25	4.5	0.402	3501	0.859	1	90.5
1.25-1.28	5.8	0.369	3751	0.894	1	97.6
1.28-1.31	7	0.326	3807	0.9	1	98.5
1.31-1.34	7.1	0.281	3819	0.892	1	98.7
1.34-1.38	7.2	0.243	3838	0.913	1	98.8
1.38-1.42	7.2	0.201	3832	0.968	1	98.9
1.42-1.46	7.2	0.168	3852	0.991	1	98.9
1.46-1.51	7.2	0.129	3825	1.06	1	99.1
1.51-1.57	7.2	0.108	3866	1.231	1	99.5
1.57-1.65	7.2	0.091	3913	1.202	1	99.7
1.65-1.73	7.3	0.072	3881	1.194	1	99.6
1.73-1.84	7.2	0.06	3923	1.065	1	99.8
1.84-1.98	7.2	0.05	3907	0.956	1	99.9
1.98-2.18	7.2	0.047	3952	1.01	1	100
2.18-2.5	7.2	0.041	3950	0.937	1	100
2.5-3.15	7.1	0.037	4016	0.812	1	99.9
3.15-50	6.4	0.038	4148	0.945	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SST

3sst

解像度: 1.159→46.53 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1571	3714	5.04 %
R_work	0.1308	-	-
obs	0.1322	73631	94.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.409 Å² / k_sol: 0.444 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.17 Å² / B_iso mean: 17.4484 Å² / B_iso min: 6.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9271 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1435 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2164 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.159→46.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1858	0	0	338	2196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.684	2748
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.773	765

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1594-1.1741	0.3404	67	0.2929	1528	1595	56
1.1741-1.1896	0.3063	87	0.259	1741	1828	64
1.1896-1.2059	0.245	103	0.2394	1970	2073	72
1.2059-1.2231	0.2919	125	0.196	2152	2277	79
1.2231-1.2413	0.2532	110	0.1762	2420	2530	89
1.2413-1.2607	0.2367	141	0.1524	2585	2726	96
1.2607-1.2814	0.1715	127	0.13	2685	2812	97
1.2814-1.3035	0.1597	123	0.1215	2720	2843	99
1.3035-1.3272	0.1577	146	0.1205	2642	2788	99
1.3272-1.3527	0.1777	154	0.1095	2701	2855	98
1.3527-1.3804	0.1658	161	0.1079	2647	2808	99
1.3804-1.4104	0.1256	137	0.1017	2720	2857	99
1.4104-1.4432	0.1467	139	0.1053	2737	2876	99
1.4432-1.4793	0.139	140	0.1017	2685	2825	99
1.4793-1.5193	0.1237	131	0.101	2741	2872	99
1.5193-1.564	0.1386	157	0.1022	2698	2855	99
1.564-1.6145	0.155	149	0.0993	2735	2884	100
1.6145-1.6722	0.1262	146	0.1008	2716	2862	100
1.6722-1.7391	0.1403	149	0.1058	2734	2883	100
1.7391-1.8183	0.1366	157	0.1103	2734	2891	100
1.8183-1.9141	0.1355	168	0.1071	2740	2908	100
1.9141-2.0341	0.1194	154	0.1113	2758	2912	100
2.0341-2.1911	0.1264	134	0.114	2776	2910	100
2.1911-2.4116	0.152	137	0.1257	2813	2950	100
2.4116-2.7605	0.1735	138	0.1389	2802	2940	100
2.7605-3.4778	0.1523	166	0.1401	2826	2992	100
3.4778-46.568	0.1761	168	0.1613	2911	3079	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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