[日本語] English
万見
- PDB-3sri: Crystal structure of Plasmodium falciparum AMA1 in complex with a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sri
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum AMA1 in complex with a 29aa PfRON2 peptide
要素
  • Apical membrane antigen 1
  • Rhoptry neck protein 2
キーワードCELL INVASION / AMA1 / Plasmodium falciparum / RON2 / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry neck / : / membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Rhoptry neck protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional insights into the malaria parasite moving junction complex.
著者: Vulliez-Le Normand, B. / Tonkin, M.L. / Lamarque, M.H. / Langer, S. / Hoos, S. / Roques, M. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. / Boulanger, M.J. / Lebrun, M.
履歴
登録2011年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
B: Rhoptry neck protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7012
ポリマ－46,7012
非ポリマー00
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.724, 38.137, 72.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1 / Merozoite surface antigen


分子量: 43664.867 Da / 分子数: 1 / 断片: AMA1 / 変異: N162K, T288V, S373D, N422D, S423K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: CAMP/Malaysia / 遺伝子: AMA-1, PF83 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P50489
#2: タンパク質・ペプチド Rhoptry neck protein 2


分子量: 3036.505 Da / 分子数: 1 / 断片: RON2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKV6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M Tris/HCL, 0.1M sodium acetate, 20% isopropanol, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.95367 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95367 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.97 Å / Num. all: 48207 / Num. obs: 48207 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6821 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z40

1z40


解像度: 1.6→35.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9517 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9475 / SU R Cruickshank DPI: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1948 2462 5.11 %RANDOM
Rwork0.1763 ---
all0.1772 48205 --
obs0.1772 48205 94.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9819 Å20 Å2-0.9063 Å2
2---0.6906 Å20 Å2
3---5.6725 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2460 0 0 265 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012571HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.043493HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.45
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 147 4.22 %
Rwork0.2296 3337 -
all0.2304 3484 -
obs-3834 94.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る