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- PDB-3srb: Structure of Pseudomonas aeruginosa PvdQ bound to SMER28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3srb
タイトルStructure of Pseudomonas aeruginosa PvdQ bound to SMER28
要素(Acyl-homoserine lactone acylase ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nrps tailoring / acylase / liganded / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-homoserine-lactone acylase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / pyoverdine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / quorum sensing / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...acyl-homoserine-lactone acylase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / pyoverdine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / quorum sensing / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob ...Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-bromo-N-(prop-2-en-1-yl)quinazolin-4-amine / Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Drake, E.J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization and High-Throughput Screening of Inhibitors of PvdQ, an NTN Hydrolase Involved in Pyoverdine Synthesis.
著者: Drake, E.J. / Gulick, A.M.
履歴
登録2011年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ
B: Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,17613
ポリマ－78,2572
非ポリマー91911
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.961, 166.746, 93.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Acyl-homoserine lactone acylase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ / AHL acylase pvdQ / Acyl-HSL acylase pvdQ


分子量: 17766.896 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha subunit (UNP residues 29-191) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2385, PA2385 PvdQ, qsc112 / プラスミド: pED485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質 Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ / AHL acylase pvdQ / Acyl-HSL acylase pvdQ


分子量: 60489.918 Da / 分子数: 1 / 断片: beta subunit (UNP residues 217-762) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2385, PA2385 PvdQ, qsc112 / プラスミド: pED485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase

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非ポリマー , 4種, 475分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-28S / 6-bromo-N-(prop-2-en-1-yl)quinazolin-4-amine / SMER28 / SMER26


分子量: 264.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10BrN3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-15% PEG4000, 50-100 mM rubidium chloride, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35 Å / Num. all: 95503 / Num. obs: 94858 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.249 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L91

3l91


解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.975 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20338 4386 5 %RANDOM
Rwork0.18808 ---
all0.18887 87481 --
obs0.18887 83095 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å2-0 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 56 464 5962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0531.9617701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.275719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8323.396268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.14915851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3561553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4691.53552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89225661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34832106
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3444.52035
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 307 -
Rwork0.225 6089 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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