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- PDB-3spl: Crystal structure of aprataxin ortholog Hnt3 in complex with DNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3spl
タイトルCrystal structure of aprataxin ortholog Hnt3 in complex with DNA and AMP
要素
  • Aprataxin-like protein
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / HIT domain / Zinc Finger / DNA deadenylase / DNA binding / AMP binding / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / mismatch repair ...guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / mismatch repair / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / HIT domain / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Aprataxin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Gong, Y. / Zhu, D. / Ding, J. / Dou, C. / Ren, X. / Jiang, T. / Wang, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of aprataxin ortholog Hnt3 reveal the mechanism for reversal of 5'-adenylated DNA
著者: Gong, Y. / Zhu, D. / Ding, J. / Dou, C. / Ren, X. / Gu, L. / Jiang, T. / Wang, D.
履歴
登録2011年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aprataxin-like protein
B: Aprataxin-like protein
C: Aprataxin-like protein
D: Aprataxin-like protein
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,29132
ポリマ－114,1038
非ポリマー3,18824
水15,169842
1
A: Aprataxin-like protein
B: Aprataxin-like protein
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,64516
ポリマ－57,0524
非ポリマー1,59412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
2
C: Aprataxin-like protein
D: Aprataxin-like protein
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,64516
ポリマ－57,0524
非ポリマー1,59412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.956, 220.956, 135.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-235-

HOH

21A-297-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aprataxin-like protein / Hnt3 protein / Hit family protein 3


分子量: 23608.061 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 33-232 / 変異: C130A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: hnt3, SPCC18.09c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O74859

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4583.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA oligonucleotides were synthesized from Shanghai Sangon Biotechnology Company (Shanghai, China)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')


分子量: 5251.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA oligonucleotides were synthesized from Shanghai Sangon Biotechnology Company (Shanghai, China)

-
非ポリマー , 4種, 866分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 73299 / Num. obs: 73299 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 7289 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SPD

3spd


解像度: 2.101→36.798 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / SU ML: 1.84 / σ(F): 0.23 / σ(I): 0.23 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 3553 5.04 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.1778 70458 96.13 %-
all-70474 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.921 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.57 Å2 / Biso mean: 29.3326 Å2 / Biso min: 11.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→36.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6516 1138 176 842 8672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96511282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1923030
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1006-2.12940.26621280.1987253691
2.1294-2.15980.22681540.177256693
2.1598-2.19210.23111420.1616254293
2.1921-2.22630.21341400.1707255392
2.2263-2.26280.20831390.1658265695
2.2628-2.30180.24681410.1625253392
2.3018-2.34370.24541210.1811259193
2.3437-2.38870.22791400.1705259794
2.3887-2.43750.22321260.1748263795
2.4375-2.49050.23021390.1761263995
2.4905-2.54840.20321360.1802267896
2.5484-2.61210.21851410.1913264196
2.6121-2.68270.26321460.2015266396
2.6827-2.76160.23761370.2045270197
2.7616-2.85070.26351490.2156267097
2.8507-2.95260.23321300.1936275198
2.9526-3.07080.24141520.1908273798
3.0708-3.21040.21091610.1914274099
3.2104-3.37960.18421690.1741273199
3.3796-3.59120.21061480.1634273699
3.5912-3.86820.19381380.1515281599
3.8682-4.25690.16951430.1483276399
4.2569-4.87170.17081360.1413278599
4.8717-6.13320.21331660.17222810100
6.1332-36.80380.22981310.1829283497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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