PDB-3spe: Crystal structure of the tail sheath protein protease resistant f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3spe

タイトル

Crystal structure of the tail sheath protein protease resistant fragment from bacteriophage phiKZ

要素

PHIKZ029

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

: / Bacteriophage phiKZ, gp29PR / PHOSPHATE ION / PHIKZ029

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3996 Å

データ登録者

Aksyuk, A.A. / Kurochkina, L.P. / Fokine, A. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural conservation of the myoviridae phage tail sheath protein fold.
著者: Anastasia A Aksyuk / Lidia P Kurochkina / Andrei Fokine / Farhad Forouhar / Vadim V Mesyanzhinov / Liang Tong / Michael G Rossmann /

要旨: Bacteriophage phiKZ is a giant phage that infects Pseudomonas aeruginosa, a human pathogen. The phiKZ virion consists of a 1450 Å diameter icosahedral head and a 2000 Å-long contractile tail. The ...

履歴

登録	2011年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3spe.cif.gz	213.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3spe.ent.gz	172.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3spe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/3spe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/3spe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5331C 5332C 3j0hC 3j0iC 3hxl 3lml C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4huo-d 7new-1 4qua-d 4ucc-2 4mx5-d 4hup-d 3srp-d 6g05-1 5ntn-2 5yp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHIKZ029

B: PHIKZ029

ヘテロ分子

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHIKZ029

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PHIKZ029

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.892, 156.715, 61.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	SER	SER	chain B and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	B	B	147 - 177	52 - 82
1	2	SER	SER	ALA	ALA	chain B and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	B	B	184 - 214	89 - 119
1	3	PHE	PHE	GLU	GLU	chain B and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	B	B	219 - 238	124 - 143
1	4	VAL	VAL	ASP	ASP	chain B and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	B	B	247 - 287	152 - 192
1	5	PRO	PRO	ASP	ASP	chain B and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	B	B	300 - 350	205 - 255
2	1	LYS	LYS	SER	SER	chain A and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	A	A	147 - 177	52 - 82
2	2	SER	SER	ALA	ALA	chain A and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	A	A	184 - 214	89 - 119
2	3	PHE	PHE	GLU	GLU	chain A and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	A	A	219 - 238	124 - 143
2	4	VAL	VAL	ASP	ASP	chain A and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	A	A	247 - 287	152 - 192
2	5	PRO	PRO	ASP	ASP	chain A and (resid 147:177 or resid 184:214 or resid 219:238 or resid 247:287 or resid 300:350)	A	A	300 - 350	205 - 255

詳細

This structure is a protease resistant fragment, gp29PR, that is a part of a larger full length protein gp29 (this structure is 96-390 out of 1-695). The dimer surface between monomers forming the crystal dimer (identified by PISA) would be not available for interaction in the full length gp29 protein. Therefore, the full length protein cannot form a similar dimer due to steric clashes. So this dimer seems to be an artifact present only for the smaller fragment, gp29PR, and is not biologically relevant.

#1: タンパク質	PHIKZ029 分子量: 32531.383 Da / 分子数: 2 断片: Protease Resistant Fragment of Gene Product 29 (GP29PR) (UNP residues 96-390) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) 遺伝子: bacteriophage phiKZ, gene product 29, ORF029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SDD3
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.8 M Na/K Phosphate, pH 5.0 with 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97948, 0.97962, 0.94949

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97948	1
2	0.97962	1
3	0.94949	1

反射

解像度: 2.3996→30 Å / Num. all: 27334 / Num. obs: 26951 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.107

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3996-2.49	0.646	1	99.7
5.16-30	0.059	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3996→28.424 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7531 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2865	2534	5.02 %	RANDOM
R_work	0.256	-	-	-
obs	0.2579	26888	98.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.008 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 276.91 Å² / B_iso mean: 44.6903 Å² / B_iso min: 7.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.0725 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.4414 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.3689 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3996→28.424 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3895	0	16	99	4010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.294	5492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.131	1461

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	1376	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	2	A	1376	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3996-2.4457	0.417	130	0.3924	2627	2757	96
2.4457-2.4956	0.5158	173	0.393	2603	2776	100
2.4956-2.5498	0.406	127	0.3643	2774	2901	100
2.5498-2.6091	0.4207	141	0.3334	2696	2837	100
2.6091-2.6743	0.4132	164	0.3422	2691	2855	100
2.6743-2.7466	0.3798	134	0.3091	2728	2862	100
2.7466-2.8273	0.2861	133	0.293	2697	2830	100
2.8273-2.9185	0.3179	134	0.2948	2733	2867	100
2.9185-3.0227	0.3433	139	0.2872	2706	2845	100
3.0227-3.1435	0.272	153	0.282	2704	2857	100
3.1435-3.2864	0.2687	136	0.2558	2690	2826	100
3.2864-3.4594	0.3183	148	0.2465	2704	2852	100
3.4594-3.6757	0.3148	137	0.2632	2314	2451	86
3.6757-3.9588	0.261	95	0.2304	2415	2510	88
3.9588-4.356	0.2518	152	0.1919	2710	2862	100
4.356-4.9833	0.1988	150	0.169	2707	2857	100
4.9833-6.2674	0.2452	152	0.1993	2702	2854	100
6.2674-28.4259	0.2064	136	0.2008	2705	2841	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6023	0.3934	-0.0432	0.2909	0.2088	0.3643	-0.1212	0.0244	-0.1478	-0.1007	0.025	-0.0534	0.1275	0.1505	-0.1017	0.1435	0.0575	0.0182	0.1251	0.0335	0.0802	-9.5878	-39.7778	-48.4362
2	0.6097	0.3598	0.4401	0.752	-0.2414	0.781	-0.2078	-0.4589	0.5178	0.3602	-0.3294	0.4281	-0.3599	0.0479	-0.5623	0.049	-0.0478	0.0726	-0.0289	0.0663	-0.0898	-11.3265	-34.1068	-49.7955
3	0.1305	0.0838	-0.0037	0.1466	-0.0494	0.177	0.0707	-0.1045	0.1265	0.3047	0.0323	0.0456	0.0855	0.152	0.2371	0.8533	0.3142	0.3603	0.4841	0.3167	0.5319	-21.2267	-38.111	-25.8927
4	0.7139	0.4271	0.2959	1.1531	-0.0968	0.4283	-0.3382	-0.172	-0.1796	0.3312	0.1874	-0.2536	-0.2295	0.1044	0.0419	0.3643	-0.0176	0.0041	0.308	0.0507	0.2639	-11.363	-25.9392	-35.7633
5	1.2497	0.2216	-0.243	0.9676	-0.2508	0.0879	-0.0819	-1.0849	0.0453	0.7293	0.1946	0.3149	-0.1048	-0.0189	0.056	0.3295	0.116	0.0989	0.4301	0.0288	0.1215	-23.3581	-27.2758	-32.1435
6	0.233	-0.0419	0.2186	0.1747	-0.0354	0.2168	-0.151	-0.1403	-0.2088	0.0085	0.111	0.3141	-0.0172	-0.1172	0.0218	0.3639	0.0789	0.1957	0.202	0.0559	0.3128	-26.359	-26.2074	-36.3011
7	1.2292	0.1455	-0.7228	0.5967	-0.7863	1.393	0.3612	-0.314	0.4504	0.5542	-0.0369	0.0819	-0.9136	0.1046	-0.1369	0.0886	0.1883	0.1724	0.1697	0.0624	0.3623	-23.9651	-17.3866	-41.5942
8	0.0784	-0.1213	-0.0165	0.1692	-0.0099	-0.0109	-0.245	-0.1476	-0.3718	0.1591	-0.021	-0.1206	0.2035	0.0195	0.051	0.2877	0.0178	0.0897	0.1611	0.0641	0.3623	-18.4912	-48.8258	-42.6903
9	0.3908	-0.1348	-0.2719	0.0592	0.105	0.4245	-0.4999	-0.4218	-0.9157	0.5752	0.1763	-0.1122	0.4637	0.1033	-0.1983	0.5404	0.0963	0.0634	0.2874	0.2095	0.2354	-12.0077	-46.1653	-35.298
10	0.8863	-0.0622	-0.3682	0.0333	0.0091	0.9898	-0.1272	-0.3479	-0.2023	-0.2437	0.3119	-0.1127	0.1321	0.259	0.0816	0.2337	-0.0567	0.0085	0.1031	-0.0546	0.0358	-6.974	-26.47	-44.8931
11	1.2907	0.3075	-0.1976	0.337	-0.0773	0.9221	0.1294	-0.482	0.3604	0.1734	0.0934	0.079	-0.174	-0.0009	0.2093	0.0985	-0.0058	0.0037	0.0665	0.0451	0.1164	-13.8214	13.0447	-41.5279
12	0.4113	0.1093	0.0301	0.5909	-0.1746	0.0646	-0.1499	-0.0101	0.2837	-0.1694	0.061	-0.0625	-0.2339	0.2673	-0.0414	0.338	-0.2687	-0.0776	0.3134	-0.0632	0.1457	-9.3842	24.8986	-48.9602
13	1.0073	0.2967	-0.1478	0.3816	-0.0505	0.106	0.1747	-0.4621	0.1377	0.3956	-0.2291	0.1472	-0.1495	0.5031	0.0179	0.646	-0.1485	0.0859	0.3733	0.0098	0.3015	-14.6283	15.6131	-35.6306
14	0.7659	0.1937	-0.4553	1.5081	0.4868	0.5492	-0.1901	0.0299	-0.5282	0.8148	-0.1531	-0.1985	0.3045	0.5013	-0.3248	0.3149	-0.1082	0.0749	0.0288	-0.0444	0.3663	-15.193	1.5099	-45.0525
15	0.3888	0.3624	0.0499	1.8649	-0.411	0.6626	-0.0226	0.1919	-0.046	-0.2676	-0.1061	-0.6124	-0.0924	0.7186	0.1346	0.0154	-0.3102	0.1115	0.1674	0.1372	0.0529	-23.9226	12.5047	-65.8694
16	0.2364	-0.0599	-0.111	0.6883	0.0439	0.5769	0.0896	-0.2296	-0.4055	0.1881	0.3789	-0.6414	0.7596	0.64	0.7109	-0.798	-0.1642	0.4063	0.2436	0.0261	0.2717	-12.9285	0.9905	-55.4106
17	0.2579	0.127	0.18	0.2365	0.1813	0.1347	-0.5746	0.5043	0.0272	-0.4066	0.098	0.2058	0.0247	-0.0465	-0.7248	-0.3942	-0.7004	0.3109	0.138	0.008	0.3292	-24.8269	1.4668	-59.7657
18	0.8194	-0.3392	0.5375	0.3379	0.1135	0.9861	-0.1963	-0.019	0.3279	-0.2877	0.2003	0.798	-0.0337	-0.3757	0.0352	0.1771	-0.1089	-0.0575	0.2344	0.0121	0.3201	-27.7988	0.0632	-55.6839
19	0.7459	-0.3744	0.7795	0.1926	-0.3831	0.7538	0.3557	-0.0591	-0.2563	-0.2984	-0.0916	0.0052	0.2878	-0.0083	-0.0868	0.294	-0.0607	-0.0092	0.1604	0.0202	0.2537	-24.4862	-8.4595	-50.0117
20	1.0023	0.0361	0.1195	0.2121	0.175	0.4946	-0.2319	-0.4348	0.2217	0.2443	0.0611	0.2049	0.0802	0.0007	-0.1539	0.0823	-0.0367	0.0295	0.0877	-0.0182	0.2165	-22.6734	23.4076	-49.0913
21	0.1177	0.0544	-0.061	0.0306	-0.012	0.0369	-0.2877	0.203	0.4274	-0.1842	0.0975	-0.1584	0.1938	0.0511	-0.118	0.162	-0.1401	0.0224	0.0166	0.1197	0.1694	-15.7542	21.4943	-56.2655
22	0.6296	-0.5193	-0.1336	1.3804	0.7438	1.0313	-0.0464	-0.076	-0.4087	0.3956	0.4038	-0.3387	0.1484	0.3451	0.0222	0.1239	0.0089	-0.016	0.2233	-0.0483	0.3884	-8.621	2.4922	-46.8491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 102:167)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 168:210)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 211:227)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 228:248)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 249:270)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 271:285)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 286:307)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 308:325)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 326:362)	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 363:381)	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 103:117)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 118:157)	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 158:184)	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 185:210)	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 211:227)	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 228:248)	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 249:270)	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 271:285)	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 286:307)	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 308:325)	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 326:362)	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resseq 363:381)	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)