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- PDB-3spa: Crystal Structure of Human Mitochondrial RNA Polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3spa
タイトルCrystal Structure of Human Mitochondrial RNA Polymerase
要素
  • DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
  • Nonamer peptide
キーワードTRANSFERASE / single-subunit DNA-dependent RNA Polymerase in mitochondria / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed RNA polymerase ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ringel, R. / Sologub, M. / Morozov, Y.I. / Litonin, D. / Cramer, P. / Temiakov, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of human mitochondrial RNA polymerase
著者: Ringel, R. / Sologub, M. / Morozov, Y.I. / Litonin, D. / Cramer, P. / Temiakov, D.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999THE AUTHOR STATES THAT CHAINS B IS LIKELY PARTS OF THE N-TERMINI OF CHAINS A. DUD TO DISORDER, IT ...THE AUTHOR STATES THAT CHAINS B IS LIKELY PARTS OF THE N-TERMINI OF CHAINS A. DUD TO DISORDER, IT WAS NOT POSSIBLE TO ACCURATELY ASSIGN THE SIDE CHAINS AND IDENTIFY THE PEPTIDES. SO THEY ARE MODELED AS UNK.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
B: Nonamer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,97810
ポリマ－129,5202
非ポリマー4588
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area42580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.258, 211.258, 60.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial / MtRPOL


分子量: 128736.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAC06147.1, POLRMT / プラスミド: pProExHtb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00411, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド Nonamer peptide


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAC06147.1, POLRMT / プラスミド: pProExHtb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 153分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG4000, 10% Glycerol, 30mM Mes 6.5, 60mM (NH4)2SO4, 40mM Tris 8.0, 20mM DTT in situ proteolysed with ArgC (1:1000 w/w ratio) and micro-seeded, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→58.128 Å / Num. all: 46595 / Num. obs: 46507 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 73.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 6694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QLN, truncated to polyAlanine, residues 246-354, 392-568, 691-741, 766-883 of model used

1qln


解像度: 2.5→58.128 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9494 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9259 / SU R Cruickshank DPI: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 326-360 were refined with correct sequence and afterwards rebuild to poly Alanine because of poor side chain density and possible sequence shifts in this region. PDB includes these ...詳細: Residues 326-360 were refined with correct sequence and afterwards rebuild to poly Alanine because of poor side chain density and possible sequence shifts in this region. PDB includes these residues as UNK. An unconnected helix is build as poly Alanine and also named with UNK residues in the PDB. Residues 1002-1005 possibly have more conformations than built, explaining additional positive density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2378 5.11 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
all0.1878 46507 --
obs0.1878 46505 99.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3566 Å20 Å20 Å2
2--9.3566 Å20 Å2
3----18.7131 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.387 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7457 0 22 145 7624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0097788HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.1210572HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d2730SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1134HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7788HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.41
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion965SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8928SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 160 4.74 %
Rwork0.2372 3215 -
all0.239 3375 -
obs--99.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.3823 Å / Origin y: 41.4659 Å / Origin z: -0.7464 Å
111213212223313233
T-0.1615 Å2-0.0184 Å2-0.0666 Å2--0.2771 Å2-0.0595 Å2---0.075 Å2
L1.221 °20.4029 °20.1228 °2-1.8714 °20.0422 °2--0.4206 °2
S0.0106 Å °0.0802 Å °-0.1549 Å °-0.2354 Å °0.0117 Å °0.3595 Å °0.0873 Å °-0.0767 Å °-0.0223 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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