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- PDB-3sov: The structure of a beta propeller domain in complex with peptide S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sov
タイトルThe structure of a beta propeller domain in complex with peptide S
要素
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
  • Sclerostin
キーワードProtein Binding/Antagonist / beta propeller / Protein Binding-Antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Signaling by RNF43 mutants / neural crest formation / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / BMP binding / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / low-density lipoprotein particle receptor activity ...Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Signaling by RNF43 mutants / neural crest formation / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / BMP binding / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt receptor activity / cellular response to cholesterol / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Wnt-protein binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / negative regulation of ossification / neural crest cell differentiation / Wnt signalosome / cellular response to parathyroid hormone stimulus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / molecular function inhibitor activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of BMP signaling pathway / localization / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / BMP signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / response to mechanical stimulus / Regulation of FZD by ubiquitination / ossification / TCF dependent signaling in response to WNT / protein localization to plasma membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / response to peptide hormone / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell-cell adhesion / heparin binding / early endosome membrane / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / chemical synaptic transmission / DNA-binding transcription factor binding / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sclerostin/Sclerostin domain-containing protein 1 / Sclerostin (SOST) / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain ...Sclerostin/Sclerostin domain-containing protein 1 / Sclerostin (SOST) / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / Cystine-knot cytokine / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Sclerostin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Wang, W. / Bourhis, E. / Zhang, Y. / Rouge, L. / Wu, Y. / Franke, Y. / Cochran, A.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Wnt antagonists bind through a short peptide to the first beta-propeller domain of LRP5/6.
著者: Bourhis, E. / Wang, W. / Tam, C. / Hwang, J. / Zhang, Y. / Spittler, D. / Huang, O.W. / Gong, Y. / Estevez, A. / Zilberleyb, I. / Rouge, L. / Chiu, C. / Wu, Y. / Costa, M. / Hannoush, R.N. / ...著者: Bourhis, E. / Wang, W. / Tam, C. / Hwang, J. / Zhang, Y. / Spittler, D. / Huang, O.W. / Gong, Y. / Estevez, A. / Zilberleyb, I. / Rouge, L. / Chiu, C. / Wu, Y. / Costa, M. / Hannoush, R.N. / Franke, Y. / Cochran, A.G.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
Z: Sclerostin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,82611
ポリマ－36,4512
非ポリマー1,3759
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.567, 47.090, 68.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-930-

HOH

21A-931-

HOH

31A-932-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AZ

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 35685.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質・ペプチド Sclerostin


分子量: 764.917 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-121 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide S / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQB4

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 342分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M potassium thiocyanate and 30% (w/v) PEG MME 2000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→30 Å / Num. all: 91213 / Num. obs: 89480 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.27→26.773 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1797 4276 5.04 %
Rwork0.1528 --
obs0.1541 84804 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.483 Å2 / ksol: 0.474 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5381 Å2-0 Å23.7299 Å2
2---0.2615 Å2-0 Å2
3---0.4412 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→26.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2471 0 86 339 2896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7853812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9161038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.27-1.28470.35681200.30682551X-RAY DIFFRACTION94
1.2847-1.29990.33341500.27422593X-RAY DIFFRACTION96
1.2999-1.31570.26951440.25252621X-RAY DIFFRACTION97
1.3157-1.33240.27261320.23222646X-RAY DIFFRACTION97
1.3324-1.34990.2461530.22032668X-RAY DIFFRACTION97
1.3499-1.36840.25071420.20112626X-RAY DIFFRACTION97
1.3684-1.38790.24951340.18962691X-RAY DIFFRACTION97
1.3879-1.40870.20421460.16812613X-RAY DIFFRACTION97
1.4087-1.43070.23161360.16532651X-RAY DIFFRACTION97
1.4307-1.45410.1941580.15812642X-RAY DIFFRACTION98
1.4541-1.47920.22391370.15342646X-RAY DIFFRACTION98
1.4792-1.50610.20491590.15412634X-RAY DIFFRACTION98
1.5061-1.53510.18571510.13792701X-RAY DIFFRACTION98
1.5351-1.56640.19171580.13162647X-RAY DIFFRACTION98
1.5664-1.60040.17561320.13432672X-RAY DIFFRACTION98
1.6004-1.63770.19191580.13482695X-RAY DIFFRACTION98
1.6377-1.67860.18761400.13292700X-RAY DIFFRACTION98
1.6786-1.7240.18191230.12772711X-RAY DIFFRACTION98
1.724-1.77470.18721600.12672667X-RAY DIFFRACTION99
1.7747-1.8320.17471290.12952710X-RAY DIFFRACTION99
1.832-1.89740.13171310.1212743X-RAY DIFFRACTION99
1.8974-1.97340.17571340.12392710X-RAY DIFFRACTION99
1.9734-2.06320.15411410.1292716X-RAY DIFFRACTION99
2.0632-2.17190.1521580.13122697X-RAY DIFFRACTION99
2.1719-2.30790.1581360.13192762X-RAY DIFFRACTION100
2.3079-2.4860.1611430.13822739X-RAY DIFFRACTION99
2.486-2.73590.15811210.14982786X-RAY DIFFRACTION100
2.7359-3.13130.17061520.15482766X-RAY DIFFRACTION100
3.1313-3.94310.17711430.15352766X-RAY DIFFRACTION100
3.9431-26.77920.18821550.18452758X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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