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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3soa | ||||||
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タイトル | Full-length human CaMKII | ||||||
要素 | Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha with a beta 7 linker | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / Protein Kinase / Phosphorylation / Calcium/calmodulin / cytosolic / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of neuron migration / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity ...peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of neuron migration / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of neuronal synaptic plasticity / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / cellular response to interferon-beta / glutamate receptor binding / Ion homeostasis / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / response to ischemia / angiotensin-activated signaling pathway / RAF activation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to type II interferon / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / kinase activity / Ca2+ pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidyl-serine phosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / dendritic spine / calmodulin binding / postsynaptic density / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5501 Å | ||||||
データ登録者 | Chao, L.H. / Kuriyan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011 タイトル: A Mechanism for Tunable Autoinhibition in the Structure of a Human Ca(2+)/Calmodulin- Dependent Kinase II Holoenzyme. 著者: Chao, L.H. / Stratton, M.M. / Lee, I.H. / Rosenberg, O.S. / Levitz, J. / Mandell, D.J. / Kortemme, T. / Groves, J.T. / Schulman, H. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3soa.cif.gz | 197.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3soa.ent.gz | 159.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3soa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/3soa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/3soa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50646.004 Da / 分子数: 1 / 変異: K42M, D135N, T306V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: camk2a, camka, kiaa0968, camk2b, camkb / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UQM7, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-DB8 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 1.2 M Ammonium Tartrate, 100 mM bistrispropane, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 288.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.55→50 Å / Num. all: 9966 / Num. obs: 8555 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 3.55→3.73 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2VN9 AND 2UX0 解像度: 3.5501→45.949 Å / SU ML: 1.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 133.447 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5501→45.949 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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