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- PDB-3so2: Chlorella dUTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3so2
タイトルChlorella dUTPase
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / Deoxyuridine triphosphatase / dUTPase / chlorella / cancer marker
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella variabilis (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6428 Å
データ登録者Badalucco, L. / Poudel, I. / Natarajan, c. / Yamanishi, M. / Moriyama, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization of Chlorella deoxyuridine triphosphatase.
著者: Badalucco, L. / Poudel, I. / Yamanishi, M. / Natarajan, C. / Moriyama, H.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3801
ポリマ－15,3801
非ポリマー00
水2,198122
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1413
ポリマ－46,1413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.910, 66.910, 93.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-149-

HOH

21A-161-

HOH

31A-162-

HOH

41A-181-

HOH

51A-210-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 15380.247 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 28-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 遺伝子: CHLNCDRAFT_27939 / Plasmid details: Codon optimized / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1ZRW6, dUTP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 1 mM magnesium chloride, 50 mM TRIS buffer pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 118 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.678 Å / Num. all: 19105 / Num. obs: 18497 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EHW

3ehw


解像度: 1.6428→27.678 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 1846 9.98 %RANDOM
Rwork0.2497 ---
obs0.2512 18497 97.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.39 Å2 / ksol: 0.452 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2012 Å2-0 Å20 Å2
2---0.2012 Å2-0 Å2
3---0.4025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6428→27.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 0 0 122 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4451411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.455380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6428-1.68720.47941320.4271186X-RAY DIFFRACTION92
1.6872-1.73680.41831460.33221298X-RAY DIFFRACTION97
1.7368-1.79290.34331420.29461291X-RAY DIFFRACTION98
1.7929-1.85690.30891470.25561294X-RAY DIFFRACTION98
1.8569-1.93130.31121350.25381271X-RAY DIFFRACTION95
1.9313-2.01910.28521450.24471284X-RAY DIFFRACTION99
2.0191-2.12560.30981440.24451326X-RAY DIFFRACTION100
2.1256-2.25870.2851260.24821145X-RAY DIFFRACTION86
2.2587-2.4330.25561450.23351269X-RAY DIFFRACTION97
2.433-2.67760.24271460.23061334X-RAY DIFFRACTION100
2.6776-3.06470.24531500.24321316X-RAY DIFFRACTION100
3.0647-3.85950.25171460.23861316X-RAY DIFFRACTION100
3.8595-27.6820.22541420.25151321X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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