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- PDB-3sno: Crystal structure of a putative aminotransferase (NCgl2491) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sno
タイトルCrystal structure of a putative aminotransferase (NCgl2491) from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 at 1.60 A resolution
要素Hypothetical aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / D-aminoacid aminotransferase-like PLP-dependent enzymes / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Branched-chain amino acid aminotransferase/4-amino-4-deoxychorismate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical aminotransferase (NCgl2491) from CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 KITASATO at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4334
ポリマ－34,2471
非ポリマー1863
水3,369187
1
A: Hypothetical aminotransferase
ヘテロ分子

A: Hypothetical aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8678
ポリマ－68,4942
非ポリマー3726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.899, 52.586, 37.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY IN COMBINATION WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical aminotransferase / Branched-chain amino acid aminotransferase/4-amino-4-deoxychorismate lyase


分子量: 34247.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13032 KITASATO / 遺伝子: Cgl2580 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q8NMJ3, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R MERGE, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.64
詳細: 10.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M citric acid pH 3.64, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97949,0.97932
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979491
30.979321
反射解像度: 1.6→28.757 Å / Num. obs: 34491 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.711 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 12.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.6-1.660.4561.77588573679.5
1.66-1.720.37727739574391.5
1.72-1.80.23338879660192.2
1.8-1.90.1454.69136679793.3
1.9-2.020.0767.78778656893.5
2.02-2.170.0511.28305624094.4
2.17-2.390.035158870668495.3
2.39-2.730.02719.78591649795.2
2.73-3.440.01926.48912674396.2
3.440.01831.38533651593

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEJanuary 30, 2009データスケーリング
BUSTER-TNT2.8.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.757 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9227 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. 1,2 ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTANT HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 4. RAMACHANDRAN OUTLIER AT RESIDUE 294 IS IN A REGION OF SUB-OPTIMAL ELECTRON DENSITY. 5. THE STRUCTURE HAS SEVERAL UNMODELED REGIONS WHICH HAVE ELECTRON DENSITY THAT COULD NOT BE RELIABLY INTERPRETED. IN ADDITION, THERE ARE THREE REGIONS OF SUB-OPTIMAL MODEL FIT IN WHICH THE MOST STRUCTURALLY SIMILAR PROTEIN (AS DETERMINED BY THE PROGRAM SSM), PDB ID 5DAA, WAS USED TO GUIDE THE MODELING. THESE INCLUDE RESIDUES 143-150, 204-221 AND 291-295. 6. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED WITH THE MAD PHASES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 1737 5.04 %RANDOM
Rwork0.2309 ---
obs0.232 34490 --
原子変位パラメータBiso max: 111.64 Å2 / Biso mean: 38.1043 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6766 Å20 Å2-0.3661 Å2
2---7.1797 Å20 Å2
3---0.5031 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 12 187 2033
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d956SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1996HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion274SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2391SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1996HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2729HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.52
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 111 4.2 %
Rwork0.2342 2535 -
all0.234 2646 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.3026 Å / Origin y: 35.0874 Å / Origin z: -3.323 Å
111213212223313233
T-0.1001 Å20.004 Å20.0097 Å2--0.0982 Å20.0178 Å2---0.0445 Å2
L1.7657 °21.0792 °2-0.1063 °2-1.6581 °2-0.0924 °2--0.5035 °2
S-0.1551 Å °0.0186 Å °-0.1213 Å °-0.2014 Å °0.0473 Å °-0.0408 Å °0.0754 Å °-0.0052 Å °0.1078 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|10 - A|314 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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