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万見
- PDB-3smv: X-ray Crystal Structure of L-Azetidine-2-Carboxylate Hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3smv
タイトルX-ray Crystal Structure of L-Azetidine-2-Carboxylate Hydrolase
要素(S)-2-haloacid dehalogenase
キーワードHYDROLASE / haloacid dehalogenase superfamily / L-Azetidine-2-carboxylate
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #750 / : / L-2-Haloacid dehalogenase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...DNA polymerase; domain 1 - #750 / : / L-2-Haloacid dehalogenase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / (S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. A2C (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Toyoda, M. / Mikami, B. / Jitsumori, K. / Wackett, L.P. / Esaki, N. / Kurihara, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L-Azetidine-2-carboxylate hydrolase from Pseudomonas sp. strain A2C
著者: Jitsumori, K. / Toyoda, M. / Mikami, B. / Wackett, L.P. / Kurihara, T. / Esaki, N.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月1日Group: Advisory / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.32024年6月12日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-2-haloacid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,04411
ポリマ－27,1471
非ポリマー89810
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.612, 63.588, 54.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 (S)-2-haloacid dehalogenase / 2-haloalkanoic acid dehalogenase / Halocarboxylic acid halidohydrolase / L-2-haloacid dehalogenase


分子量: 27146.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. A2C (バクテリア)
株: A2C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2Z3V8, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M imidazole, 0.1M magnesium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 48244 / Num. obs: 47231 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Num. unique all: 4167 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→20.28 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1577 2385 5.07 %RANDOM
Rwork0.1217 ---
obs0.1235 47036 97.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.164 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7505 Å20 Å21.0009 Å2
2---0.1814 Å20 Å2
3---1.9319 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→20.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 59 379 2303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1022970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.159869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3803-1.40850.28631090.2442205677
1.4085-1.43910.23651300.1918248293
1.4391-1.47260.20691390.141263598
1.4726-1.50940.1541380.1144259798
1.5094-1.55020.15611450.1078269999
1.5502-1.59580.1511190.0953262699
1.5958-1.64720.14641390.094268199
1.6472-1.70610.15091480.0877266599
1.7061-1.77440.14021530.0898265799
1.7744-1.85510.15381460.0912265499
1.8551-1.95280.14291390.097267799
1.9528-2.0750.12991520.10622673100
2.075-2.23510.14711540.11192677100
2.2351-2.45960.15681290.11842704100
2.4596-2.81470.17421530.12842709100
2.8147-3.54320.14581270.12682741100
3.5432-20.28240.15961650.1497271899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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