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- PDB-3sms: Human Pantothenate kinase 3 in complex with a pantothenate analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sms
タイトルHuman Pantothenate kinase 3 in complex with a pantothenate analog
要素Pantothenate kinase 3
キーワードTRANSFERASE / structural genomics consortium / sgc
機能・相同性
機能・相同性情報


Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-RNH / Pantothenate kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mottaghi, K. / Tempel, W. / Hong, B. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Mottaghi, K. / Tempel, W. / Hong, B. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Human Pantothenate kinase 3 in complex with a pantothenate analog
著者: Mottaghi, K. / Tempel, W. / Hong, B. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月20日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,10414
ポリマ－42,3601
非ポリマー74413
水2,324129
1
A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子

A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,20728
ポリマ－84,7202
非ポリマー1,48726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area7380 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area27750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.630, 99.630, 69.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Pantothenate kinase 3 / hPanK3 / Pantothenic acid kinase 3


分子量: 42359.996 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK3 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R / 参照: UniProt: Q9H999, pantothenate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-RNH / (2R)-N-[3-(heptylamino)-3-oxopropyl]-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanamide / N-heptylpantothenamide / N-ヘプチルパントテンアミド


分子量: 316.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32N2O4
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Hepes, 0.005 M of each of ATP, magnesium chloride and N-heptylpantothenamide were also added, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 20590 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.333 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 16.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.260.6474.316126152499.8
2.26-2.320.8343.315492144899.9
2.32-2.390.6214.3152971421100
2.39-2.460.4925.4149011378100
2.46-2.540.4146.3146331352100
2.54-2.630.3247.9141001301100
2.63-2.730.2899136051253100
2.73-2.840.23810.5133231222100
2.84-2.970.18113.4127051166100
2.97-3.110.14816.2122671122100
3.11-3.280.11320.4115111058100
3.28-3.480.09324.6108871008100
3.48-3.720.08926.31012893899.6
3.72-4.020.0731.3960688899.9
4.02-4.40.05836.28936824100
4.4-4.920.05139.88064745100
4.92-5.680.05437.47223669100
5.68-6.960.05437.26072569100
6.96-9.840.03347.84712450100
9.840.02261.3244725492.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2i7p

2i7p


解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.632 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED. arp/warp, coot and the molprobity server were also used during refinement. N-heptylpantothenamide restraints were ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED. arp/warp, coot and the molprobity server were also used during refinement. N-heptylpantothenamide restraints were obtained on the prodrg server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 1044 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1926 20508 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.3 Å2 / Biso mean: 25.5015 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.38 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 60 129 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9873870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9043.0024686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9455356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96923.388121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67815474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1461518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6011.51749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1351.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12922804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76531107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7724.51064
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 69 -
Rwork0.271 1422 -
all-1491 -
obs--99.07 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.2802 Å / Origin y: 7.6218 Å / Origin z: 5.033 Å
111213212223313233
T0.059 Å20.0038 Å2-0.0001 Å2-0.0323 Å20.0027 Å2--0.0185 Å2
L0.7948 °20.1474 °20.216 °2-1.95 °20.8499 °2--1.494 °2
S-0.0174 Å °-0.0719 Å °0.0842 Å °0.2824 Å °-0.0045 Å °-0.0292 Å °0.0814 Å °0.1049 Å °0.0219 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 368
3X-RAY DIFFRACTION1A375 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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