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万見
- PDB-3sm9: Crystal Structure of Metabotropic glutamate receptor 3 precursor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sm9
タイトルCrystal Structure of Metabotropic glutamate receptor 3 precursor in presence of LY341495 antagonist
要素Metabotropic glutamate receptor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Cell membrane / G-protein coupled receptor / Glycoprotein / Membrane / Olfaction / Phosphoprotein / Receptor / Sensory transduction / Transducer / Transmembrane / Transmembrane helix
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / cellular response to stress / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / calcium channel regulator activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / cellular response to stress / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / calcium channel regulator activity / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / scaffold protein binding / G alpha (i) signalling events / gene expression / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z99 / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Dong, A. / Seitova, A. / Crombet, L. / Khutoreskaya, G. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Cossar, D. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Seitova, A. / Crombet, L. / Khutoreskaya, G. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Cossar, D. / Dobrovetsky, E. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Metabotropic glutamate receptor 3 precursor in presence of LY341495 antagonist
著者: Wernimont, A.K. / Dong, A. / Seitova, A. / Crombet, L. / Khutoreskaya, G. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Cossar, D. / Dobrovetsky, E.
履歴
登録2011年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4159
ポリマ－54,5111
非ポリマー9058
水1,838102
1
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子

A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,83018
ポリマ－109,0212
非ポリマー1,80916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area37610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.402, 98.633, 203.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 3 / mGluR3


分子量: 54510.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPRC1C, GRM3, MGLUR3 / プラスミド: pFHMSP-LIC-C / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14832
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-Z99 / 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine / (1S,2S)-2-[(2S)-2-amino-1-hydroxy-1-oxo-3-(9H-xanthen-9-yl)propan-2-yl]cyclopropane-1-carboxylic acid / LY-491395


分子量: 353.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19NO5 / コメント: 抗うつ薬, アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate 0.1 M BisTris Propane pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 39532 / Num. obs: 39493 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.77 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.295.60.8762.0819501.37299.8
2.29-2.335.70.7682.5119251.37999.8
2.33-2.385.70.6719491.41899.7
2.38-2.425.70.6119511.36799.9
2.42-2.485.70.51719631.369100
2.48-2.535.80.46919571.49899.9
2.53-2.65.80.38919481.39799.9
2.6-2.675.80.31519461.51699.9
2.67-2.755.80.27219691.541100
2.75-2.835.90.22119561.533100
2.83-2.945.90.16919701.595100
2.94-3.055.90.13119771.614100
3.05-3.195.90.11419541.72100
3.19-3.365.90.08819661.853100
3.36-3.575.90.06919922.12100
3.57-3.855.80.06119812.513100
3.85-4.235.80.0519922.59699.9
4.23-4.855.80.04320102.519100
4.85-6.15.70.0420382.235100
6.1-505.30.03420992.14498.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mq4

3mq4


解像度: 2.26→32.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9221 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9076 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 1984 5.04 %RANDOM
Rwork0.2011 ---
all0.2024 39402 --
obs0.2024 39363 --
原子変位パラメータBiso max: 155.06 Å2 / Biso mean: 60.7113 Å2 / Biso min: 29.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7184 Å20 Å20 Å2
2--13.0832 Å20 Å2
3----23.8015 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.313 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→32.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 53 102 3530
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1195SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes536HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3560HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion461SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3942SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3589HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4885HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.83
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 144 5.46 %
Rwork0.2366 2493 -
all0.2392 2637 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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