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万見
- PDB-3slu: Crystal structure of NMB0315 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3slu
タイトルCrystal structure of NMB0315
要素M23 peptidase domain protein
キーワードHYDROLASE / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #350 / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Peptidase, M23 family
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Shen, Y. / Wang, X. / Yang, X. / Xu, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of outer membrane protein NMB0315 from Neisseria meningitidis.
著者: Wang, X. / Yang, X. / Yang, C. / Wu, Z. / Xu, H. / Shen, Y.
履歴
登録2011年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M23 peptidase domain protein
B: M23 peptidase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7764
ポリマ－79,6592
非ポリマー1172
水1,36976
1
A: M23 peptidase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8882
ポリマ－39,8301
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: M23 peptidase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8882
ポリマ－39,8301
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.68, 75.50, 81.64
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 M23 peptidase domain protein / outer membrane protein NMB0315


分子量: 39829.512 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 54-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: ATCC 13091 / 遺伝子: HMPREF0602_0018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0N688
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 7% PEG 20000, 0.1M Tris-HCl, 2% 1,4-Dioxane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9794
シンクロトロンSSRF BL17U20.9794
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年5月22日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年11月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 38289 / Num. obs: 38278 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 50.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.41→37.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2335835.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1916 5 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.255 31954 82.7 %-
all-38289 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.0085 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.9 Å20 Å24.83 Å2
2--47.2 Å20 Å2
3----27.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→37.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5364 0 2 76 5442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 198 5.1 %
Rwork0.432 3648 -
obs--49.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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