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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3slq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 2'- Deoxyguanosine riboswitch bound to guanosine-5'-monophosphate | ||||||
要素 | RNA (68-MER) | ||||||
キーワード | RNA / three-way junction / riboswitch / 2'-deoxy guanosine | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / SUCCINIC ACID / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Molrep / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structural principles of nucleoside selectivity in a 2'-deoxyguanosine riboswitch. 著者: Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3slq.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3slq.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3slq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 22018.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcribed RNA #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-SIN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.05 M Na-succinate, ~3.0 M (NH4)2SO4, 0.5 mM spermine and 20 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 14173 / Num. obs: 13677 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 27.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1343 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Molrep / 解像度: 2.5→19.88 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.196 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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