PDB-3slg: Crystal structure of PbgP3 protein from Burkholderia pseudomallei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3slg

タイトル

Crystal structure of PbgP3 protein from Burkholderia pseudomallei

要素

PbgP3 protein

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / melioidosis / glanders / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PbgP3 protein from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2011年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3slg.cif.gz	762 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3slg.ent.gz	628.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3slg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3slg_validation.pdf.gz	481 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3slg_full_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示
XML形式データ	3slg_validation.xml.gz	73.3 KB	表示
CIF形式データ	3slg_validation.cif.gz	104.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z7eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q93-d 1z73-2 4ndz-2 1z75-2 6ecf-d 3elq-1 3n4f-d 5a04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.17401.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PbgP3 protein

B: PbgP3 protein

C: PbgP3 protein

D: PbgP3 protein

E: PbgP3 protein

F: PbgP3 protein

ヘテロ分子

252 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: PbgP3 protein

F: PbgP3 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: PbgP3 protein

C: PbgP3 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: PbgP3 protein

E: PbgP3 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.570, 91.550, 147.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PbgP3 protein 分子量: 41954.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_2404 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JRK4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein at 8.2 mg/mL against PACT screen condition C10, 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes, 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 129532 / Num. obs: 128239 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.447 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.1-2.15		2.8	0.428	2.23	26139	9518	9461	99.4
2.15-2.21			0.358	2.71	25612		9262	99.2
2.21-2.28			0.294	3.25	24696		8924	99.3
2.28-2.35			0.251	3.83	24254		8761	99.3
2.35-2.42			0.212	4.56	23412		8455	99.5
2.42-2.51			0.172	5.53	22636		8166	99.2
2.51-2.6			0.152	6.39	21880		7893	99.3
2.6-2.71			0.125	7.63	21156		7613	99.3
2.71-2.83			0.097	9.83	20231		7296	99.2
2.83-2.97			0.083	11.56	19356		6978	99.2
2.97-3.13			0.066	14.24	18432		6640	99.2
3.13-3.32			0.047	19.08	17288		6238	98.9
3.32-3.55			0.035	24.99	16451		5928	98.9
3.55-3.83			0.029	30.46	15073		5472	98.7
3.83-4.2			0.024	35.91	13780		5029	98.1
4.2-4.7			0.022	39.62	12439		4557	98.3
4.7-5.42			0.022	39.91	10756		4010	97.6
5.42-6.64			0.024	35.17	9328		3402	98.2
6.64-9.39			0.018	46.1	7431		2671	98
	9.39		0.013	53.95	4037		1483	96.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 51.88 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	49.07 Å
Translation	3 Å	49.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1z7e

1z7e

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.1933 / WR_factor R_work: 0.1595 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8531 / SU B: 10.538 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.2031 / SU R_free: 0.1734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2213	6444	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.1793	128096	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.83 Å² / B_iso mean: 30.9176 Å² / B_iso min: 6.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9 Å²	0 Å²	1.27 Å²
2-	-	-0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15337	0	12	881	16230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	15713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.946	21348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.687	5	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.611	24.132	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.424	15	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.778	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.703	1.5	9792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.269	2	15705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.132	3	5921
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.413	4.5	5642

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	480	-
R_work	0.251	8951	-
all	-	9431	-
obs	-	-	99.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4309	0.095	-0.0573	0.6968	0.1835	0.2898	0.0188	-0.0081	0.0272	0.0938	-0.0109	-0.0588	0.0057	0.0159	-0.0079	0.076	-0.017	-0.0208	0.0368	0.0042	0.0294	-0.5495	-7.0842	-13.3773
2	0.4364	0.0215	0.1247	0.7539	0.1721	0.5633	0.0023	-0.0137	-0.02	-0.0377	-0.0107	0.1431	0.112	-0.0206	0.0084	0.0811	-0.0442	0.0196	0.0399	-0.0024	0.0813	-37.7247	-51.1976	-37.7147
3	0.3426	0.1062	0.2465	0.3979	-0.1786	0.3537	0.0303	0.0375	-0.047	-0.0298	-0.0238	-0.0705	0.0363	0.0429	-0.0065	0.0466	0.0094	0.0404	0.0558	-0.006	0.0588	1.2648	-48.8982	-37.3527
4	0.5316	-0.1055	-0.1295	0.3664	-0.1619	0.9397	-0.0182	0.0645	0.0187	-0.0787	-0.0415	-0.0327	-0.1077	0.1241	0.0597	0.1296	-0.07	0.0114	0.0722	0.0185	0.0145	-2.4771	-7.6523	-61.3343
5	0.6063	-0.1818	-0.1298	0.5845	-0.1074	0.1464	0.0018	0.0508	-0.0324	-0.1053	-0.0138	0.1013	-0.0487	-0.0108	0.0121	0.1142	-0.0153	-0.0623	0.0357	0.0009	0.0372	-41.7034	-8.597	-59.0758
6	0.6153	-0.0106	0.1575	0.2369	0.221	0.7873	0.0221	-0.036	-0.0106	0.063	-0.0386	0.0626	-0.0082	-0.1192	0.0165	0.0682	0.0068	0.0414	0.0454	-0.0182	0.0458	-39.5185	-10.105	-13.1271

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 348
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	352 - 353
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	354 - 874
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	352 - 353
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	354 - 840
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 348
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	352 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	354 - 844
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 348
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	352 - 353
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	354 - 860
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 348
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	352 - 353
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	354 - 862
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 345
17	X-RAY DIFFRACTION	6	F	352 - 353
18	X-RAY DIFFRACTION	6	F	354 - 881

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)