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- PDB-3slf: Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and uracil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3slf
タイトルCrystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and uracil
要素Aminoglycoside N3-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / ウラシル / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and uracil
著者: Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6249
ポリマ－60,6742
非ポリマー1,9507
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.716, 109.996, 133.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 264 / Label seq-ID: 4 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside N3-acetyltransferase


分子量: 30337.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: aacC7, BA_2930, GBAA2930, GBAA_2930 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)
参照: UniProt: Q81P86, UniProt: A0A3P1UCA6*PLUS, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#4: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 17% w/v PEG3350, 0.1M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 34755 / Num. obs: 34755 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3IJW

3ijw


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 9.31 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24547 1733 5 %RANDOM
Rwork0.18966 ---
obs0.19237 32867 99.39 %-
all-32867 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4087 0 115 255 4457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9795861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85937017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.125529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58224.104173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78515714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6431525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.52632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1381.51074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06924278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20731673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.314.51583
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1537medium positional0.140.5
A1812loose positional0.355
B1537medium thermal0.52
B1812loose thermal0.5810
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 140 -
Rwork0.265 2235 -
obs--94.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03440.8454-0.27922.772-0.44931.13080.0502-0.0957-0.32060.1155-0.2337-0.30840.06430.19330.18350.02050.014-0.01060.12150.06010.182814.875.5312.661
21.93940.9318-0.49142.1988-0.22821.2351-0.06470.1965-0.36-0.13050.0545-0.10470.0312-0.03050.01020.01310.011-0.010.0666-0.04430.120912.9148.912-9.441
30.83751.00130.01062.8633-0.493.421-0.0656-0.1372-0.37760.0508-0.196-0.25650.11190.44060.26160.084-0.00060.01220.25350.13950.252310.771-7.46314.566
40.92580.3187-0.561.8372-0.99765.37190.0066-0.3894-0.25920.2352-0.1674-0.08560.09760.56310.16080.0993-0.0306-0.01230.3650.16370.22918.186-11.18828.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4B123 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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