PDB-3slf: Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and uracil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3slf

タイトル

Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and uracil

要素

Aminoglycoside N3-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of BA2930 in complex with AcCoA and uracil
著者: Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3slf.cif.gz	196.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3slf.ent.gz	152.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3slf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ijwS 3slb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3slb-1 3n0m-d 3ijw-d 3kzl-1 3kzl-2 3slb-2 6jtt-2 6qg9-8 6qgb-1 3n0s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00044

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N3-acetyltransferase

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.716, 109.996, 133.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 264 / Label seq-ID: 4 - 267

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Aminoglycoside N3-acetyltransferase 分子量: 30337.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: aacC7, BA_2930, GBAA2930, GBAA_2930 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) 参照: UniProt: Q81P86, UniProt: A0A3P1UCA6*PLUS, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#4: 化合物	ChemComp-URA / URACIL / ウラシル分子量: 112.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 17% w/v PEG3350, 0.1M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 34755 / Num. obs: 34755 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.124 / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.555 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3IJW

3ijw

解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 9.31 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24547	1733	5 %	RANDOM
R_work	0.18966	-	-	-
obs	0.19237	32867	99.39 %	-
all	-	32867	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.499 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4087	0	115	255	4457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.979	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	7017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.12	5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.582	24.104	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.785	15	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.643	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.55	1.5	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.138	1.5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.069	2	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.207	3	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.31	4.5	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1537	medium positional	0.14	0.5
A	1812	loose positional	0.35	5
B	1537	medium thermal	0.5	2
B	1812	loose thermal	0.58	10

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	140	-
R_work	0.265	2235	-
obs	-	-	94.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0344	0.8454	-0.2792	2.772	-0.4493	1.1308	0.0502	-0.0957	-0.3206	0.1155	-0.2337	-0.3084	0.0643	0.1933	0.1835	0.0205	0.014	-0.0106	0.1215	0.0601	0.1828	14.87	5.531	2.661
2	1.9394	0.9318	-0.4914	2.1988	-0.2282	1.2351	-0.0647	0.1965	-0.36	-0.1305	0.0545	-0.1047	0.0312	-0.0305	0.0102	0.0131	0.011	-0.01	0.0666	-0.0443	0.1209	12.914	8.912	-9.441
3	0.8375	1.0013	0.0106	2.8633	-0.49	3.421	-0.0656	-0.1372	-0.3776	0.0508	-0.196	-0.2565	0.1119	0.4406	0.2616	0.084	-0.0006	0.0122	0.2535	0.1395	0.2523	10.771	-7.463	14.566
4	0.9258	0.3187	-0.56	1.8372	-0.9976	5.3719	0.0066	-0.3894	-0.2592	0.2352	-0.1674	-0.0856	0.0976	0.5631	0.1608	0.0993	-0.0306	-0.0123	0.365	0.1637	0.2291	8.186	-11.188	28.317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	105 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	123 - 264

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関連情報:EMDBヘッダ

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