PDB-3sld: Structural characterization of a GII.4 2004 norovirus variant (TC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sld

タイトル

Structural characterization of a GII.4 2004 norovirus variant (TCH05) bound to A trisaccharide

要素

Capsid

キーワード

VIRAL PROTEIN / HBGA binding domain / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.4/2004/NL (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.679 Å

データ登録者

Shanker, S. / Choi, J.-M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.V.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Histo-Blood Group Antigen Binding Specificity in a Norovirus GII.4 Epidemic Variant: Implications for Epochal Evolution.
著者: Shanker, S. / Choi, J.M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2011年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月29日	Group: Structure summary
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sld.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sld.ent.gz	979.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sld_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sld_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	3sld_validation.xml.gz	116 KB	表示
CIF形式データ	3sld_validation.cif.gz	161.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sejC 3sjpSC 3skbC 3slnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3skb-2 4wzl-d 6z9g-4 4wze-d 4op7-d 4opo-d 5j3o-d 4wzk-d 5iyr-d 5j35-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid

B: Capsid

C: Capsid

D: Capsid

E: Capsid

F: Capsid

G: Capsid

H: Capsid

I: Capsid

J: Capsid

ヘテロ分子

348 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid

C: Capsid

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Capsid

E: Capsid

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Capsid

F: Capsid

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Capsid

J: Capsid

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 2 ポリマー
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5

H: Capsid

ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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6

I: Capsid

ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	244.537, 341.456, 124.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	J
1	2	H
2	2	I

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	225 - 270	5 - 50
2	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	225 - 270	5 - 50
3	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	225 - 270	5 - 50
4	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	225 - 270	5 - 50
5	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	E	E	225 - 270	5 - 50
6	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	F	F	225 - 270	5 - 50
7	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	G	G	225 - 270	5 - 50
8	1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	J	J	225 - 270	5 - 50
1	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	272 - 304	52 - 84
2	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	272 - 304	52 - 84
3	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	272 - 304	52 - 84
4	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	D	D	272 - 304	52 - 84
5	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	E	E	272 - 304	52 - 84
6	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	F	F	272 - 304	52 - 84
7	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	G	G	272 - 304	52 - 84
8	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	J	J	272 - 304	52 - 84
1	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	A	A	306 - 411	86 - 191
2	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	B	B	306 - 411	86 - 191
3	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	C	C	306 - 411	86 - 191
4	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	D	D	306 - 411	86 - 191
5	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	E	E	306 - 411	86 - 191
6	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	F	F	306 - 411	86 - 191
7	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	G	G	306 - 411	86 - 191
8	3	1	GLN	GLN	ARG	ARG	J	J	306 - 411	86 - 191
1	4	1	SER	SER	MET	MET	A	A	413 - 530	193 - 310
2	4	1	SER	SER	MET	MET	B	B	413 - 530	193 - 310
3	4	1	SER	SER	MET	MET	C	C	413 - 530	193 - 310
4	4	1	SER	SER	MET	MET	D	D	413 - 530	193 - 310
5	4	1	SER	SER	MET	MET	E	E	413 - 530	193 - 310
6	4	1	SER	SER	MET	MET	F	F	413 - 530	193 - 310
7	4	1	SER	SER	MET	MET	G	G	413 - 530	193 - 310
8	4	1	SER	SER	MET	MET	J	J	413 - 530	193 - 310
1	1	2	SER	SER	PRO	PRO	H	H	222 - 230	2 - 10
2	1	2	SER	SER	PRO	PRO	I	I	222 - 230	2 - 10
1	2	2	LEU	LEU	PRO	PRO	H	H	232 - 243	12 - 23
2	2	2	LEU	LEU	PRO	PRO	I	I	232 - 243	12 - 23
1	3	2	THR	THR	GLY	GLY	H	H	300 - 332	80 - 112
2	3	2	THR	THR	GLY	GLY	I	I	300 - 332	80 - 112
1	4	2	LEU	LEU	ASP	ASP	H	H	334 - 341	114 - 121
2	4	2	LEU	LEU	ASP	ASP	I	I	334 - 341	114 - 121
1	5	2	ALA	ALA	THR	THR	H	H	349 - 369	129 - 149
2	5	2	ALA	ALA	THR	THR	I	I	349 - 369	129 - 149
1	6	2	ALA	ALA	ALA	ALA	H	H	419 - 421	199 - 201
2	6	2	ALA	ALA	ALA	ALA	I	I	419 - 421	199 - 201
1	7	2	LEU	LEU	PRO	PRO	H	H	431 - 439	211 - 219
2	7	2	LEU	LEU	PRO	PRO	I	I	431 - 439	211 - 219
1	8	2	LEU	LEU	TYR	TYR	H	H	449 - 496	229 - 276
2	8	2	LEU	LEU	TYR	TYR	I	I	449 - 496	229 - 276
1	9	2	ALA	ALA	HIS	HIS	H	H	500 - 505	280 - 285
2	9	2	ALA	ALA	HIS	HIS	I	I	500 - 505	280 - 285

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

Capsid

分子量: 34331.117 Da / 分子数: 10 / 断片: Protruding Domain (UNP Residues 221-531) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII.4/2004/NL (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EGK8

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THESE MUTATIONS ARE STRAIN SPECIFIC AS UNP DOES NOT HAVE THE STRAIN SPECIFIC SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.57 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8M potassium sodium tartarate, 100mM Tris, 0.5% w/v PEG monomethyl ether 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→50 Å / Num. all: 144302 / Num. obs: 143411 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.106 / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.68
反射シェル	解像度: 2.67→2.72 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / R_sym value: 0.377 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SJP

3sjp

解像度: 2.679→41.655 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 19.903 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23029	7204	5 %	RANDOM
R_work	0.18098	-	-	-
obs	0.18343	136204	98.13 %	-
all	-	136204	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.679→41.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23612	0	288	707	24607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	24595
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.986	1.961	33689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.368	5	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.747	24.307	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.788	15	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.323	15	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.022	19145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.936	1.5	15223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.787	2	24851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.674	3	9372
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.437	4.5	8838
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
1	2	B	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
1	3	C	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	4	D	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	5	E	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
1	6	F	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	7	G	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	8	J	2320	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
1	1	A	2320	MEDIUM THERMAL	1.64	2
1	2	B	2320	MEDIUM THERMAL	1.67	2
1	3	C	2320	MEDIUM THERMAL	1.36	2
1	4	D	2320	MEDIUM THERMAL	1.27	2
1	5	E	2320	MEDIUM THERMAL	1.2	2
1	6	F	2320	MEDIUM THERMAL	1.43	2
1	7	G	2320	MEDIUM THERMAL	1.42	2
1	8	J	2320	MEDIUM THERMAL	1.4	2
2	1	H	1164	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
2	1	H	1164	MEDIUM THERMAL	2.05	2

LS精密化シェル

解像度: 2.679→2.749 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	440	-
R_work	0.296	8358	-
obs	-	-	82.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3095	0.0852	-0.1008	0.0241	-0.0268	0.0357	-0.0041	0.0092	-0.0089	-0.0044	0.0009	-0.0018	-0.0023	0.0045	0.0033	0.0283	0.0082	-0.0014	0.0292	0.0071	0.0026	93.5488	59.9087	-13.5367
2	3.5437	0.2063	-1.0213	0.5703	0.1056	1.4363	-0.0029	-0.0627	-0.0772	0.0993	-0.0985	0.0727	0.0085	0.0247	0.1014	0.0362	-0.0108	0.026	0.0204	-0.005	0.0252	79.6388	53.1585	-1.1606
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44	5.9148	-5.5271	-2.7268	10.3732	9.2067	9.7722	0.287	0.2404	0.3382	-0.0995	-0.1066	-0.3616	0.0675	0.0212	-0.1804	0.0356	0.0012	-0.0318	0.0792	-0.0051	0.1825	36.7745	-6.5291	-40.5723
45	0.9788	-0.2392	-0.4998	0.7794	-0.0184	2.1839	-0.0401	0.0437	0.0824	0.0887	0.0815	0.1843	-0.1481	-0.2873	-0.0414	0.0947	0.0501	-0.0835	0.1141	-0.0418	0.2235	10.408	-16.2884	-15.9382
46	0.2657	-0.1151	-0.1174	0.9099	0.612	0.7391	0.0044	0.0367	-0.0464	-0.0317	0.0107	0.0373	-0.0475	0.0032	-0.0151	0.0703	-0.0117	0.0294	0.0191	-0.0221	0.0376	60.1043	0.0174	-26.0735
47	4.4165	0.7799	-0.735	0.1612	-0.2537	0.9964	-0.014	0.1548	-0.0308	-0.0179	0.0158	0.0037	-0.0477	-0.0962	-0.0018	0.1861	0.0089	-0.0029	0.0681	-0.0415	0.0287	63.4501	13.6281	-47.8511
48	0.0326	-0.0029	-0.0943	0.1718	-0.1038	0.5543	0.0564	-0.0055	0.0216	-0.0734	0.0115	0.0232	-0.101	0.0107	-0.0679	0.1505	-0.0191	0.041	0.0073	-0.0077	0.0268	68.0686	12.592	-42.0338
49	0.1799	-0.1041	-0.189	0.0734	0.1434	0.293	0.0209	0.0365	-0.0164	-0.0312	-0.0098	-0.0042	-0.0636	-0.0148	-0.0111	0.0662	-0.0092	0.0247	0.0221	-0.0198	0.0228	62.0997	7.2629	-28.0138
50	1.1017	0.0501	-0.5393	0.4186	0.3069	0.6769	-0.0568	-0.074	-0.0597	-0.0121	-0.009	0.0067	0.1201	0.0612	0.0658	0.0761	0.0173	0.0319	0.0176	-0.0005	0.0244	56.3187	-6.0343	-11.9285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	223 - 331
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	332 - 382
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	383 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	475 - 513
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	514 - 531
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	224 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	305 - 365
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	366 - 382
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	383 - 515
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	516 - 531
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	221 - 286
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	287 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	316 - 351
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	352 - 382
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	383 - 531
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	225 - 286
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	287 - 315
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	316 - 375
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	376 - 483
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	484 - 531
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	222 - 279
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	280 - 352
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	353 - 382
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	383 - 503
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	504 - 530
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	224 - 279
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	280 - 345
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	346 - 382
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	383 - 503
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	504 - 531
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	224 - 286
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	287 - 315
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	316 - 365
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	366 - 382
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	383 - 531
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	221 - 331
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	332 - 348
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	349 - 374
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	375 - 516
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	517 - 531
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	221 - 279
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	280 - 316
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	317 - 374
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	375 - 382
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	383 - 530
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	225 - 286
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	287 - 315
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	316 - 358
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	359 - 483
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	484 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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