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- PDB-3sla: X-ray structure of first four repeats of human beta-catenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sla
タイトルX-ray structure of first four repeats of human beta-catenin
要素Catenin beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta Catenin / Armadillo repeat / Key component of the Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions ...positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / lung epithelial cell differentiation / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / hair cell differentiation / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / histone methyltransferase binding / alpha-catenin binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / male genitalia development / Formation of definitive endoderm / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of smooth muscle cell proliferation / catenin complex / beta-catenin destruction complex / embryonic brain development / oocyte development / lung-associated mesenchyme development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / establishment of blood-brain barrier / Formation of axial mesoderm / negative regulation of protein sumoylation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gupta, D. / Bienz, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: An intrinsically labile alpha-helix abutting the BCL9-binding site of beta-catenin is required for its inhibition by carnosic acid.
著者: de la Roche, M. / Rutherford, T.J. / Gupta, D. / Veprintsev, D.B. / Saxty, B. / Freund, S.M. / Bienz, M.
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
B: Catenin beta-1
C: Catenin beta-1
D: Catenin beta-1
E: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,47915
ポリマ－91,6975
非ポリマー78310
水1,54986
1
A: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7085
ポリマ－18,3391
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Catenin beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3391
ポリマ－18,3391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Catenin beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3391
ポリマ－18,3391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5243
ポリマ－18,3391
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5705
ポリマ－18,3391
非ポリマー2304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.790, 90.790, 364.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 18339.348 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Beta catenin, CTNNB, CTNNB1, OK/SW-cl.35, PRO2286
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P35222
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.98M sodium acetate trihydrate, 30% glycerol, 0.07M sodium cacodylate, 30% w/v galactose , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月27日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→64.51 Å / Num. obs: 50802 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique all: 53715 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.869 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27705 2719 5.1 %RANDOM
Rwork0.21823 ---
obs0.22115 50802 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5938 0 50 86 6074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.9738179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4185795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.26624.524210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.946151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1311530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.74153979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.87366359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.47752068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3037.51820
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 210 -
Rwork0.338 3644 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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