PDB-3skq: Mdm38 is a 14-3-3-like receptor and associates with the protein s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3skq

タイトル

Mdm38 is a 14-3-3-like receptor and associates with the protein synthesis machinery at the inner mitochondrial membrane

要素

Mitochondrial distribution and morphology protein 38

キーワード

METAL TRANSPORT / 14-3-3-like membrane protein / mitochondrial ribosome / respiratory chain biogenesis / Letm1 homolog / 14-3-3 like fold / Ribosome binding receptor / Ribosomes / Mitochondrial inner membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

: / protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix / mitochondrial ribosome binding / intracellular potassium ion homeostasis / positive regulation of mitochondrial translation / proton transmembrane transport / potassium ion transport / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lupo, D. / Tews, I. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: Traffic / 年: 2011
タイトル: Mdm38 is a 14-3-3-Like Receptor and Associates with the Protein Synthesis Machinery at the Inner Mitochondrial Membrane.
著者: Lupo, D. / Vollmer, C. / Deckers, M. / Mick, D.U. / Tews, I. / Sinning, I. / Rehling, P.

履歴

登録	2011年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3skq.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3skq.ent.gz	84.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3skq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3skq_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3skq_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	3skq_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	3skq_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xab-d 6ihw-d 5wmt-3 2pk0-4 2zke-d 3tr6-d 3vc2-8 3vc2-10 6uqz-2 2zkf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitochondrial distribution and morphology protein 38

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.527, 52.033, 47.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-3- IOD

#1: タンパク質	Mitochondrial distribution and morphology protein 38 分子量: 28873.141 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 160-408 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MDM38, YOL027C / プラスミド: pGEX4t3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus R (DE3) -Ril / 参照: UniProt: Q08179
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.25M KI and 21% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 44933 / Num. obs: 16561 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 35.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 2141 / R_sym value: 0.405 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2266	831	5.02 %	Random
R_work	0.1947	-	-	-
all	0.1964	44933	-	-
obs	0.1964	16560	97.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.288 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2477 Å²	0 Å²	-4.9634 Å²
2-	-	9.9026 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.6549 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1849	0	9	149	2007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1881
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.967	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.263	731
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.2316	0.3309	133	0.2671	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2316-2.4039	0.2897	135	0.2295	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4039-2.6458	0.2784	140	0.2301	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6458-3.0285	0.2621	123	0.1961	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0285-3.8152	0.211	146	0.1787	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8152-42.8686	0.179	154	0.1713	2622	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.639	-0.508	0.4731	1.4613	-0.9268	1.7898	-0.0931	-0.2205	0.7949	0.2603	-0.2923	-0.3176	-0.3213	0.4594	-0.2655	0.2833	-0.0077	-0.0541	0.1668	-0.1021	0.2402	47.2004	19.6851	20.1424
2	0.39	-0.5418	0.337	0.9451	-0.1769	0.9609	0.122	0.6437	0.0754	-0	-0.0947	-0.2433	0.2197	0.6376	-0.0291	0.2366	0.1252	0.0364	0.3813	0.0022	0.2136	53.3384	4.1719	-0.1542
3	1.4802	0.0784	0.679	1.4046	-0.1783	1.3672	0.0147	-0.1706	0.0243	0.1384	-0.1554	-0.1045	0.0088	0.0824	0.0332	0.1605	0.0313	0.0017	0.1486	-0.0199	0.179	45.7469	10.1853	11.1934
4	1.0285	0.0481	0.0196	1.3567	-0.1612	1.2456	0.2133	-0.3213	-0.3387	0.2193	0.0023	0.3363	0.1252	-0.3789	-0.0536	0.2073	-0.0297	0.0315	0.2432	0.0106	0.2389	32.2663	4.1207	17.9688
5	0.7021	-0.0024	0.1845	0.4792	-0.0308	0.2797	-0.0879	-0.1544	0.0864	0.3219	0.0032	0.5384	-0.3091	-0.3519	0.0503	0.2172	0.0915	0.078	0.4099	-0.058	0.3306	24.1098	17.3265	15.3595
6	0.6101	-0.1597	0.0802	0.4253	-0.2574	0.7527	-0.0701	-0.0659	0.2121	-0.1455	0.1375	0.0383	-0.3076	-0.2394	0.0109	0.2225	0.0643	0.0002	0.1912	-0.0162	0.2923	29.5687	18.4521	9.5037
7	1.108	-0.1865	0.4392	0.2649	-0.404	0.7809	0.0456	0.2727	0.0989	-0.0147	0.0974	0.0985	0.0175	-0.0321	0.0172	0.1592	0.0078	0.013	0.1389	0.007	0.1815	39.5275	11.3358	8.9213
8	1.2546	0.4253	0.1145	0.6581	-0.643	0.9672	0.0726	0.1457	0.2683	0.2809	0.2784	-0.0075	-0.4762	0.1898	0.1167	0.485	-0.1054	0.0931	0.4512	0.0823	0.4226	49.8101	24.2831	7.5491
9	1.1858	-0.0946	0.9597	0.9655	-0.5122	1.38	-0.0567	0.3391	0.1916	-0.2143	-0.2108	0.091	-0.2351	0.2164	0.073	0.177	0.0485	-0.0224	0.2298	-0.0151	0.2004	35.55	20.911	-8.3317
10	0.359	0.6394	0.0078	1.114	-0.093	1.4207	-0.0191	-0.1831	0.2992	-0.1053	-0.0469	-0.1664	-0.0553	0.1585	0.052	0.1903	0.0045	0.0251	0.1632	0.0021	0.1862	45.3645	15.3593	3.6501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 182:200)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 201:227)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 228:276)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 277:301)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 302:318)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 319:342)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 343:358)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 359:367)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 368:382)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 383:408)

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