PDB-3skj: Structural And Functional Characterization of an Agonistic Anti-H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3skj

タイトル

Structural And Functional Characterization of an Agonistic Anti-Human EphA2 Monoclonal Antibody

要素

Antibody, heavy chain
Antibody, light chain
Ephrin type-A receptor 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / receptor / Ig fold / ephrin receptor / antibody / antigen / extra-cellular

機能・相同性

機能・相同性情報

notochord cell development / notochord formation / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / lens fiber cell morphogenesis / axial mesoderm formation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / pericyte cell differentiation / ephrin receptor activity ...notochord cell development / notochord formation / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / lens fiber cell morphogenesis / axial mesoderm formation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / pericyte cell differentiation / ephrin receptor activity / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / response to growth factor / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / bone remodeling / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / central nervous system neuron differentiation / tight junction / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / neural tube development / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / growth factor binding / EPHA-mediated growth cone collapse / regulation of cell adhesion mediated by integrin / RHOU GTPase cycle / lamellipodium membrane / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of angiogenesis / ephrin receptor signaling pathway / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / vasculogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / osteoclast differentiation / negative regulation of angiogenesis / molecular function activator activity / skeletal system development / protein localization to plasma membrane / cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell motility / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / osteoblast differentiation / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / angiogenesis / receptor complex / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / cadherin binding / inflammatory response / focal adhesion / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Oganesyan, V.Y. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional characterization of an agonistic anti-human EphA2 monoclonal antibody.
著者: Peng, L. / Oganesyan, V. / Damschroder, M.M. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F.

履歴

登録	2011年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年5月31日	Group: Structure summary
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3skj.ent.gz	375.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3skj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3skj_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3skj_full_validation.pdf.gz	500.1 KB	表示
XML形式データ	3skj_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	3skj_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7klg-1 6meh-d 7klh-2 4xrc-2 4ij3-d 3so3-d 5yve-d 4xrc-1 6q0h-d 3phf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#21 - 2001年9月
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類似性 (1)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Antibody, light chain

H: Antibody, heavy chain

M: Antibody, light chain

I: Antibody, heavy chain

E: Ephrin type-A receptor 2

F: Ephrin type-A receptor 2

143 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Antibody, light chain

H: Antibody, heavy chain

E: Ephrin type-A receptor 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 3 ポリマー
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2

M: Antibody, light chain

I: Antibody, heavy chain

F: Ephrin type-A receptor 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.940, 120.859, 286.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Two biological ensembles are presented in the asymmetric unit.

#1: 抗体	Antibody, light chain 分子量: 23482.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体	Antibody, heavy chain 分子量: 24420.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: タンパク質	Ephrin type-A receptor 2 / Epithelial cell kinase / Tyrosine-protein kinase receptor ECK 分子量: 23568.516 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 23-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月10日
放射	モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 67446 / Num. obs: 60701 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 23.24 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.569 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27131	2278	5 %	RANDOM
R_work	0.21592	-	-	-
obs	0.21868	43686	94.41 %	-
all	-	48540	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.433 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8770	0	0	43	8813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	8992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.948	12215
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3.003	14669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.475	5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.536	24.133	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.229	15	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.152	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	5737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	5031
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.841	1.5	7186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.136	1.5	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.05	2	9146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.729	3	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.454	4.5	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.484→2.548 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.472	127	-
R_work	0.318	2586	-
obs	-	-	76.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8279	-1.6516	1.712	2.8729	0.0237	6.1137	0.1496	1.1455	0.244	-0.5273	0.0481	0.0033	-0.0696	0.0315	-0.1976	0.2461	0.0292	0.0443	0.1869	-0.0889	0.0632	60.736	11.647	137.476
2	3.8989	-0.976	1.3769	3.3714	-0.2181	1.9101	-0.0506	-0.0042	0.0266	-0.1432	0.0417	0.0872	-0.1281	0.105	0.0088	0.1235	-0.0261	-0.0048	0.1087	-0.0349	-0.0466	56.729	17.508	142.525
3	6.1074	-4.6498	1.5395	9.4375	-0.972	2.8976	-0.0312	-0.3246	-0.027	0.6154	0.1605	0.2719	0.0261	-0.1295	-0.1294	0.0802	-0.0719	-0.0106	0.1583	-0.034	-0.0859	59.965	13.67	151.361
4	2.3185	3.0218	-1.8142	11.9229	-1.9803	1.4382	-0.3013	0.8417	1.4439	-0.3144	-0.0317	0.718	-0.5668	-0.2991	0.333	0.2317	0.0235	-0.0633	0.2673	0.058	0.2363	47.29	30.361	132.716
5	5.2905	-1.7912	-0.1403	3.7403	-0.2503	2.4332	-0.0002	0.3927	0.4257	-0.0594	-0.1049	-0.5136	-0.2046	0.2554	0.1051	0.1114	-0.0563	-0.0001	0.1422	-0.0294	0.0176	64.358	17.958	143.793
6	4.2053	2.6498	6.0089	12.1161	0.1479	48.9931	-1.0809	0.144	1.195	-0.2504	0.1981	1.0357	0.544	0.0573	0.8827	0.269	-0.0562	-0.2608	0.3218	0.1294	0.3109	53.201	41.727	86.334
7	7.1746	-1.7569	3.4678	5.6667	-2.0676	12.5951	-0.1132	0.9938	0.0622	-1.1059	0.0704	0.2284	0.13	0.4103	0.0428	0.5616	-0.2353	-0.2279	0.491	0.1819	0.1475	57.596	37.912	72.155
8	5.8592	-0.7687	1.3639	13.2816	-7.7083	11.6844	-0.7206	1.1789	0.1855	-1.6444	-0.2397	-1.0148	0.0555	1.2677	0.9603	0.5623	-0.2636	0.0286	0.5407	0.08	0.2123	67.903	36.009	75.561
9	19.9572	12.3176	2.7252	70.4248	-37.6217	57.7908	-1.1885	0.7268	1.4518	-0.8643	-0.1377	-1.8602	-0.1759	0.58	1.3261	0.2987	-0.0166	0.0148	0.3019	-0.0069	0.3011	66.023	42.732	84.728
10	2.5536	-7.4225	6.8605	36.0368	-7.6249	28.9216	-0.5098	0.0117	0.7857	-1.2039	-0.7732	-0.4689	-0.4521	-0.249	1.283	0.34	-0.1854	-0.0551	0.3791	0.0988	0.31	58.284	43.833	77.806
11	2.8317	1.0757	0.3612	0.6712	0.1289	0.4534	-0.1911	0.3346	0.0156	-0.109	0.1608	0.0183	-0.0111	-0.0372	0.0304	0.2017	0.0003	-0.0236	0.2256	-0.004	0.0238	15.177	15.161	117.335
12	3.9117	0.4899	-1.1658	3.0953	-2.5548	6.6559	-0.246	0.3635	-0.1448	-0.7631	-0.1909	-0.2846	0.3635	0.4143	0.4369	0.3947	-0.0861	-0.037	0.2535	-0.065	0.0206	66.187	13.921	98.623
13	5.2462	-1.0761	4.9051	0.7118	0.5098	9.2654	0.7907	-0.6983	-0.0364	-0.0312	-0.4136	0.1605	-0.3762	-0.283	-0.3771	0.3647	-0.0445	-0.1164	0.2602	0.076	0.31	59.101	21.207	100.107
14	1.7819	0.3831	1.2397	3.093	-3.4015	5.3316	-0.0761	0.1152	0.0757	0.0755	0.0467	-0.0955	-0.2611	0.1795	0.0294	0.3474	-0.0952	-0.0895	0.2201	-0.0169	-0.0187	62.986	21.103	98.722
15	3.2482	1.9855	1.5306	4.0066	1.6933	2.2465	-0.1431	0.3629	-0.466	-0.3526	0.2036	0.0896	0.2014	0.0052	-0.0605	0.2961	-0.0802	-0.0404	0.4384	-0.1094	0.1895	48.994	-10.62	102.616
16	18.0065	12.3715	6.5565	20.1332	9.3081	9.0447	0.718	-0.0527	-1.8513	0.3044	-0.5239	-0.1755	1.0473	0.1177	-0.194	0.3098	-0.0403	-0.0774	0.298	-0.0605	0.3106	53.566	-16.983	105.451
17	3.7749	0.1224	-1.4067	2.1269	-0.5808	2.8864	-0.0009	0.049	-0.3892	-0.0883	0.0675	-0.0418	0.172	0.0741	-0.0667	0.107	-0.0068	0.004	0.0836	-0.0006	0.0603	33.411	5.739	130.398
18	4.4974	1.9534	1.4491	1.4644	0.9138	0.7928	-0.2276	0.4314	-0.4957	-0.2349	0.1588	-0.0613	0.0943	0.0057	0.0688	0.2333	-0.0315	0.0377	0.2454	-0.0766	0.1949	18.047	1.1	117.831
19	3.8042	1.9399	1.8846	1.2151	2.281	8.6477	-0.1296	0.6301	-1.1318	0.0632	0.267	-0.7371	0.2314	0.8993	-0.1374	0.4004	-0.0544	0.2164	0.3486	-0.0411	0.4841	10.272	-9.58	114.73
20	3.9086	0.287	2.9181	3.8997	0.532	5.9853	-0.0707	0.5405	-0.7215	-0.7218	0.1386	-0.2483	0.3943	-0.1277	-0.068	0.3083	-0.0896	0.168	0.3802	-0.2095	0.4096	6.265	-10.849	108.629
21	4.403	2.3695	1.712	7.3457	-0.4898	3.2367	-0.287	0.0629	0.0068	-0.6827	0.4657	0.5213	0.2628	-0.492	-0.1787	0.4056	-0.2294	-0.1566	0.3517	0.0472	-0.0083	45.45	19.56	85.627
22	0.4172	1.4042	-0.7352	5.2942	-2.3117	1.3423	-0.1184	0.1633	-0.1077	-0.2313	0.4291	0.3056	0.0683	-0.3173	-0.3107	0.338	-0.1586	-0.1697	0.4064	0.0364	0.2067	42.293	8.484	94.362
23	3.4428	2.6796	-0.3816	5.5953	-2.4798	7.9764	-0.0765	-0.021	0.0145	-0.0054	0.0455	0.4501	-0.1156	0.076	0.031	0.1921	-0.0751	-0.1017	0.3246	-0.0102	0.2884	35.019	-9.563	106.462
24	5.0484	1.7441	3.0023	13.8817	-9.0886	16.212	0.1776	0.3418	-0.3618	-0.6691	0.0862	1.1217	0.6973	0.1329	-0.2638	0.3629	-0.0921	-0.0329	0.3762	-0.0242	0.3479	26.735	-14.25	102.643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	E	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	E	36 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	92 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	126 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	135 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	28 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	44 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	80 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	133 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	163 - 170
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	1 - 213
12	X-RAY DIFFRACTION	12	I	1 - 38
13	X-RAY DIFFRACTION	13	I	39 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	14	I	58 - 119
15	X-RAY DIFFRACTION	15	I	120 - 213
16	X-RAY DIFFRACTION	16	I	215 - 221
17	X-RAY DIFFRACTION	17	L	1 - 84
18	X-RAY DIFFRACTION	18	L	85 - 129
19	X-RAY DIFFRACTION	19	L	130 - 148
20	X-RAY DIFFRACTION	20	L	149 - 214
21	X-RAY DIFFRACTION	21	M	1 - 84
22	X-RAY DIFFRACTION	22	M	85 - 121
23	X-RAY DIFFRACTION	23	M	122 - 193
24	X-RAY DIFFRACTION	24	M	194 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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